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El EPU es una gran oportunidad para que México reconozca que uno de los problemas de derechos humanos más graves que enfrenta el país es la impunidad por las graves violaciones de derechos humanos cometidas por militares. Es sumamente preocupante que México no haya aceptado las recomendaciones relacionadas con este problema acuciante que fueron hechas por los estados en el marco del EPU.
Desde que el Presidente Calderón desplegó a miles de soldados en todo el país para participar en la lucha contra el narcotráfico, se ha registrado un drástico incremento de las denuncias de abusos militares. El disfuncional sistema de justicia militar mexicano asume sistemáticamente la investigación de incluso los abusos más aberrantes, como presuntas violaciones sexuales, asesinatos, detenciones arbitrarias y tortura, al adoptar una definición excesivamente amplia de qué constituye un "acto de servicio". Este sistema fallido ha generado impunidad. Hasta abril de 2009, el Procurador General de Justicia Militar no había podido proporcionar ni un sólo ejemplo de los últimos 10 años en el cual los tribunales militares hayan condenado a un miembro de las fuerzas armadas acusado de cometer una violación de derechos humanos.
El gobierno mexicano ha señalado en su propia presentación para el EPU que uno de los compromisos de su Programa Nacional de Derechos Humanos "es impulsar reformas en materia de procuración e impartición de justicia militar acordes con los compromisos internacionales del país en materia de derechos humanos". También apoyó las recomendaciones de Irlanda, Canadá y Azerbaiyán para que México revise el Código de Justicia Militar, investigue exhaustivamente los abusos cometidos por el Ejército y ponga fin al clima de impunidad.
Este compromiso jamás podrá cumplirse si los militares mexicanos continúan considerando que tienen jurisdicción para investigar graves violaciones de derechos humanos a través de un sistema de justicia militar que carece de garantías básicas para asegurar la independencia y la imparcialidad. En México, el Secretario de la Defensa ejerce a la vez poderes ejecutivos y judiciales sobre las fuerzas armadas, los jueces y magistrados militares no gozan de estabilidad en sus cargos, la revisión civil de las decisiones de tribunales militares es muy limitada y prácticamente no existe ningún escrutinio público de las investigaciones y los juicios militares.
Para terminar con este patrón de impunidad y cumplir con las recomendaciones emitidas por diversos estados durante el EPU así como por distintos organismos internacionales de derechos humanos durante la última década, México debe asegurarse de que aquellos casos en los cuales militares son acusados de cometer violaciones de derechos humanos contra civiles sean remitidos inmediatamente a los agentes del ministerio público estatal o federal.
