Human Rights Watch comenzó en 1978 con la creación de Helsinki Watch, cuyo objetivo era ayudar a los grupos ciudadanos formados en todo el bloque soviético a verificar el cumplimiento gubernamental de los Acuerdos de Helsinki de 1975. Helsinki Watch adoptó una metodología de "nombrar y avergonzar" públicamente a los gobiernos abusivos mediante la cobertura mediática e intercambios directos con los diseñadores de políticas. Al concentrar la atención internacional sobre las violaciones de los derechos humanos en la Unión Soviética y Europa del Este, Helsinki Watch contribuyó a las drásticas transformaciones democráticas de finales de los ochenta.

Americas Watch se fundó en 1981 cuando Centroamérica estaba inmersa en guerras civiles sangrientas. Gracias a las extensas averiguaciones sobre el terreno, Americas Watch no sólo abordó los abusos cometidos por las fuerzas gubernamentales, sino que también aplicó el derecho internacional humanitario a la investigación y la denuncia de los crímenes de guerra cometidos por grupos rebeldes. Además de plantear sus preocupaciones en los países afectados, Americas Watch también examinó de manera crítica el papel desempeñado por los gobiernos extranjeros, especialmente Estados Unidos, al ofrecer asistencia militar y política a gobiernos abusivos.

En los ochenta se crearon rápida y sucesivamente Asia Watch (1985), Africa Watch (1988) y Middle East Watch (1989), que se sumaron a lo que entonces se conocía como "The Watch Committees" (Comités de Observación). En 1988, la organización adoptó formalmente el nombre incluyente de Human Rights Watch.

Los nuevos retos para los derechos humanos en los noventa provocaron importantes innovaciones en el trabajo de Human Rights Watch. Sus informes sobre la Guerra del Golfo Pérsico de 1991 se ocuparon por primera vez de las violaciones de las leyes de la guerra en las campañas de bombardeos. Se ampliaron los objetivos de la incidencia política para prestar mayor atención a las Naciones Unidas y los organismos regionales como la Unión Europea. La "limpieza étnica" y el genocidio en Ruanda y los Balcanes generaron la necesidad de informar en tiempo real sobre las atrocidades y documentar en profundidad los casos para promover enjuiciamientos internacionales, los cuales se hicieron posibles por primera vez en los noventa. Human Rights Watch ha respaldado y criticado la labor de los tribunales internacionales para la antigua Yugoslavia y Ruanda, reclamado el procesamiento de líderes abusivos como Augusto Pinochet de Chile e Hissène Habré de Chad, y desempeñado un papel destacado en la redacción del Tratado de Roma para la creación de la Corte Penal Internacional.

Al mismo tiempo, Human Rights Watch amplió y reforzó su trabajo sobre los derechos de las mujeres, los niños, los refugiados y los trabajadores migrantes, incorporando la perspectiva de los derechos humanos a cuestiones tales como la violencia doméstica, el tráfico de personas, la violación como crimen de guerra y los niños soldados. La organización encontró nuevas maneras de investigar los abusos contra los derechos humanos en sociedades cerradas como la de Arabia Saudita y Corea del Norte. Contribuyó a destacar temas antes ignorados como los derechos de gays y lesbianas. Examinó el comercio internacional de armas y el papel de las empresas en los derechos humanos, y elaboró estudios sin precedentes, por ejemplo, sobre los abusos contra los derechos humanos en las industrias del petróleo, el oro y el empacado de carne.

En 1997, Human Rights Watch compartió el Premio Nobel de la Paz como miembro fundador de la Campaña para la Prohibición de las Minas Terrestres, y desempeñó un papel destacado en el tratado de 2008 para la prohibición de las municiones de racimo.

El siglo XXI ha traído nuevos desafíos. Los atentados del 11 de septiembre de 2001 y sus efectos posteriores subrayaron la necesidad de aplicar nuevas formas de presión sobre los grupos terroristas y sus simpatizantes, y seguir estrechamente las leyes, políticas y prácticas antiterroristas que vulneran los derechos humanos fundamentales. La pandemia del VIH/SIDA llevó a la creación de un programa sobre derechos humanos y salud dentro de Human Rights Watch. 

Human Rights Watch aplica cada vez más su metodología de investigación a los derechos económicos, sociales y culturales, especialmente en áreas como educación y vivienda. También ha empezado a utilizar nuevas metodologías como estudios estadísticos, imágenes satelitales y análisis de datos sobre bombas. La combinación de su labor tradicional de averiguación sobre el terreno con las nuevas tecnologías y la incidencia política innovadora sitúa a Human Rights Watch a la vanguardia de la promoción del respeto por los derechos humanos en todo el mundo.