A detenção indefinida e prolongada sem julgamento de suspeitos de terrorismo na Baía de Guantámo viola as obrigações dos Estados Unidos de acordo com o direito internacional. O governo Bush declarou poder irrestrito para deter pessoas com base no papel do presidente como comandante em chefe, o que foi rejeitado pela Suprema Corte em 2008 no caso Boumediene vs Bush. O governo Obama tentou justificar a detenção por tempo indeterminado sem julgamento prévio recorrendo à Autorização para o Uso de Força Militar (AUMF), promulgada em 2001, que concede ao presidente autoridade para usar toda a força necessária e apropriada contra a AL Qaeda e contra qualquer outra organização e pessoas envolvidas com os ataques de 11 de setembro. O governo também declarou que suas políticas de detenção são "informadas por princípios do direito da guerra".

O direito de guerra dispõe sobre a detenção de prisioneiros de guerra e de civis que representem um grande risco à segurança durante conflitos internacionais armados - ou seja, conflitos entre estados.Os prisioneiros de Guantánamo capturados durante o conflito internacional armado no Afeganistão, que começou em 2001, deveriam ter sido tratados de acordo com as Convenções de Genebra de 1949 e repatriados para o Afeganistão após a criação do governo Karzai em 2002, pondo um ponto final no conflito internacional, ou deveriam ter sido julgados por crimes de guerra. O Direito Internacional dos direitos humanos também deve ser aplicado durante situações de conflito armado, mas o direito de guerra pode ter precedência por ser um direito mais específico (lex specialis).

Durante conflitos armados de escopo local, como a guerra civil no Afeganistão, ou qualquer outra luta entre grupos armados de estados e não-estados, ou pessoas insurgentes ou que estejam de alguma maneira envolvidas em rebeliões podem ser detidas e processadas de acordo com as leis internas do país. Estas pessoas têm direito às garantias do devido processo legal de acordo com Direito Internacional dos direitos humanos, que permite reduzir proteções durante situações de emergência pública.

Muito embora o governo Obama tenha deixado de lado a frase "guerra global ao terror", ele continua a reivindicar a autoridade para buscar e apreender qualquer indivíduo em qualquer parte do mundo de acordo com o direito de guerra. Entretanto, as pessoas que forem detidas em situações que não deflagrem conflito armado, ou seja, que estejam fora de um campo de batalha tradicional, não se enquadram no âmbito do direito de guerra. Elas, por outro lado, devem ser detidas e julgadas conforme as leis internas dos diversos países e de acordo com o direito internacional dos direitos humanos.

O direito internacional dos direitos humanos, notadamente o Pacto Internacional de Direitos Civis e Políticos, que foi ratificado pelos Estados Unidos em 1992, proíbe a prisão arbitrária. De acordo com o Comitê de Direitos Humanos das Nações Unidas, o organismo internacional que monitora a aplicação do pacto, detenções são consideradas arbitrárias quando não estão de acordo com um devido processo legal ou são claramente desproporcionais, injustas ou imprevisíveis. A detenção deve ser compatível com os processos normais usados para processar qualquer indivíduo envolvido em um crime, incluindo acusações de envolvimento com terrorismo. Os detidos devem ser acusados de crimes reconhecidos e devem ser rapidamente levados a um julgamento justo. Em vez disto, a prática americana tem sido de delegar poderes a algumas autoridades para prender pessoas indefinidamente, sem necessidade de apresentar provas diante de um tribunal ou provar a responsabilidade criminal.

Embora os atuais prisioneiros de Guantánamo tenham depois de muitos anos o direito de pleitear habeas corpus, sua detenção indefinida e prolongada sem o amparo de um julgamento justo contornou arbitrariamente o processo legal e negou-lhes o direito a um julgamento sem demora indevida. Os prisioneiros que ainda permanecem em Guantánamo deverão ser julgados de acordo com os padrões internacionais de um julgamento justo, ou deverão ser repatriados com segurança para seus países natal ou encaminhados para um terceiro país.