A Human Rights Watch foi fundada em 1978 com a Helsinki Watch, criada para apoiar grupos de cidadãos que se organizavam em todo o bloco soviético para monitorar o cumprimento dos Acordos de Helsinque de 1975. A Helsinki Watch adotou uma metodologia que publicizava os abusos de governos, por meio de sua exposição na mídia e do diálogo com formuladores de políticas. Ao chamar a atenção internacional para as violações dos direitos humanos na União Soviética e na Europa Oriental, a Helsinki Watch contribuiu para as grandes transformações democráticas do final dos anos 1980.

A Americas Watch foi fundada em 1981, quando  sangrentas guerras civis devastavam a América Central. Contando com uma extensa apuração de fatos in loco, a  Americas Watch, não só apontava os abusos pelas forças de segurança dos governos, mas aplicava o direito humanitário internacional para investigar e expor os crimes de guerra cometidos por grupos rebeldes. Além de revelar preocupações nos países afetados, a Americas Watch também analisava criticamente o papel desempenhado pelos governos estrangeiros, particularmente os Estados Unidos, na prestação de apoio político e militar aos regimes abusivos.

Em rápida sucessão na década de 1980, a Asia Watch (1985), a Africa Watch (1988), e a Middle East Watch (1989) foram adicionadas aos então conhecidos como "The Watch Committes”. Em 1988, a organização adotou formalmente o abragente nome de Human Rights Watch.

Novos desafios de direitos humanos na década de 1990 levaram a inovações importantes no trabalho da Human Rights Watch. O relato da Human Rights Watch sobre a Guerra do Golfo em 1991 abordou de forma inédita as violações das leis de guerra em campanhas de bombardeio. O foco nos agentes de defesa de direitos foi ampliado, dando maior atenção às Nações Unidas e a organismos regionais, como a União Europeia. A "limpeza étnica" e o genocídio em Ruanda e nos Bálcãs mostraram a necessidade tanto de relato das atrocidades em tempo real, como de profunda documentação de casos para pressionar por responsabilização criminal no âmbito internacional – o que era inédito na década de 1990. A Human Rights Watch apoiou e analisou criticamente os julgamentos internacionais da antiga Iugoslávia e Ruanda, colaborou para o julgamento de ditadores que cometeram graves abusos como Augusto Pinochet, do Chile, e Hissène Habré, do Chade, e desempenhou um papel de destaque na elaboração do Estatuto de Roma para criar o Tribunal Penal Internacional.

Ao mesmo tempo, a Human Rights Watch ampliou e fortaleceu o seu trabalho sobre os direitos das mulheres, crianças, refugiados e trabalhadores migrantes, trazendo uma perspectiva de direitos humanos a questões como a violência doméstica, tráfico de pessoas, estupro como um crime de guerra, e crianças recrutadas como soldados. A organização encontrou novas maneiras de investigar as violações de direitos em sociedades fechadas, como Arábia Saudita e Coreia do Norte; ajudou evidenciar temas até então ignorados, como os direitos da população LGBT; examinou o comércio internacional de armas e a responsabilidade de empresas em matéria de direitos humanos, produzindo estudos inovadores, por exemplo, sobre as violações de direitos nas indústrias de petróleo, ouro, e frigorífica.

Em 1997, a Human Rights Watch compartilhou o Prêmio Nobel da Paz como uma das idealizadoras da Campanha Internacional para a Eliminação das Minas Terrestres e desempenhou um papel de liderança no tratado de 2008 que proíbe bombas de fragmentação.

O século XXI trouxe novos desafios. Os ataques de 11 de setembro de 2001 e suas consequências revelaram a necessidade de novas formas de pressão sobre os grupos terroristas e seus simpatizantes, bem como o acompanhamento das leis de combate ao terrorismo, políticas e práticas que infringem os direitos humanos básicos. A pandemia do HIV / AIDS levou à criação de um programa da Human Rights Watch dedicado aos direitos humanos e saúde.

A Human Rights Watch busca cada vez mais aplicar sua metodologia de pesquisa aos direitos econômicos, sociais e culturais, principalmente nas áreas de educação e habitação. A Human Rights Watch também começou a usar pesquisas estatísticas, fotografias de satélite e estudos de uso de bombas, entre outros novos métodos. Combinando sua tradicional metodologia de investigação factual in loco com as novas tecnologias e formas de intervenção, a Human Rights Watch se mantém na vanguarda da promoção do respeito pelos direitos humanos em todo o mundo.