日本政府已采取某些积极措施，加强保障女同性恋、男同性恋、双性恋和跨性别（LGBT）人士的权利。但该国法定性别认定程序──跨性别人士根据自己的性别认同办理登记的法规──仍是日本人权纪录的一大污点。
在日本，跨性别人士若欲办理合法性别变更，必须依照2003年法律第111号向家事法庭（家庭裁判所）提出请求。该法律的制定有如一道分水岭，开启了日本对性和性别少数议题的公共讨论。
然而，性别变更程序带有歧视性，它要求申请人必须是单身状态，没有未满20岁子女，并经心理评鉴确诊为“性别认同障碍”（性同一性障害），而且要完成绝育手术。
该法要求申请人必须“性腺永久失能”才能依法登记，无异于强迫绝育。这是一种全球各大健康与人权机构，包括联合国世界卫生组织，一致谴责的措施。联合国酷刑问题特别报告员曾于2013年指出，以“接受通常并非自愿的绝育手术”做为跨性别人士“性别偏好获得法律认可的前提”是一种人权侵犯，并呼吁各国政府禁绝这种措施。
2016年，日本参议院跨党派小组曾考虑修正法律第111号，放宽法定性别认定的条件──但始终未获审议。同年，为答覆联合国健康权和酷刑问题特别报告员针对法律第111号的来函，日本厚生劳动省回函表示，该国在LGBT权利方面的进步值得骄傲。但日本政府为其医疗模式辩护，表面上的理由是需要“客观且确定不变”的标准，以决定当事人是否确属跨性别而得变更性别登记。
强迫人们为取得身份证件而接受非自愿手术，既违反日本的人权义务，也有损其大力倡导LGBT权利的美誉。
