Как бывший командующий западной группировкой федеральных сил в Чечне, Шаманов причастен к грубым нарушения прав человека, включая убийства мирных жителей в Алхан-Юрте в 1999 г. и жертвы среди гражданского населения в Катыр-Юрте в 2000 г.
«Администрация Буша не должна иметь дело с теми, кто настолько прямо и очевидно связан с нарушениями прав человека, не говоря уже о том, чтобы принимать их в Овальном кабинете», - заявила Холли Картнер, директор Хьюман Райтс Вотч по Европе и Центральной Азии.
Сегодня Белый дом уведомил Хьюман Райтс Вотч, что признает ошибочность своих действий и что будут приняты соответствующие меры.
В декабре 1999 г. в Алхан-Юрте федеральными силами под командованием Шаманова были убиты по меньшей мере 14 человек при обстоятельствах, позволяющих квалифицировать это как внесудебную казнь. Собранные Хьюман Райтс Вотч факты свидетельствуют о том, что Шаманов знал о нарушениях своих подчиненных, но не принял мер к их пресечению.
В соответствующем докладе Хьюман Райтс Вотч зафиксировано, что несколько жителей села 11 декабря 1999 г. пытались встретиться с Шамановым, находившимся в тот момент неподалеку, чтобы обратить его внимание на произвол. Однако генерал отказался выслушать жителей и, по словам женщины из этой группы, выругался и пригрозил: «Вы, чертовы чеченцы, убирайтесь отсюда, или я вас расстреляю на месте». Свидетели сообщили нам, что жители умоляли Шаманова остановить убийства, но примерно через десять минут генерал заставил их уйти.
В своем решении по делу Исаева против России (февраль 2005 г.) Европейский суд по правам человека признал Шаманова ответственным за «массированное применение неизбирательного оружия», приведшее к жертвам среди гражданского населения в Катыр-Юрте в феврале 2000 г.
На протяжении нескольких месяцев в начале 2000 г. Хьюман Райтс Вотч получала сообщения о нарушениях на военной базе в Танги-Чу со стороны сил под командованием Шаманова. Многочисленные свидетели рассказывали, что задержанные содержались там в ямах и систематически подвергались пыткам и недозволенному обращению. С несколькими бывшими задержанными мы встречались непосредственно: они рассказывали нам о постоянных побоях и электрошоке. Длительный период времени, на протяжении которого совершались эти нарушения, и многочисленность жалоб дают основания полагать, что Шаманов либо знал, либо обязан был знать о нарушениях, но не пресек их и не наказал виновных.
Нарушения, к которым причастны силы под командованием Шаманова (неизбирательные бомбежки и обстрелы, внесудебные казни и пытки), носили в Чечне массовый характер, в особенности на первых этапах «второй чеченской войны». Администрация США выражала в связи с этим озабоченность и, среди прочего, поддержала резолюции по Чечне на Комиссии ООН по правам человека в 2000 и 2001 гг.
Шаманов, который в настоящее время является помощником министра обороны России и возглавляет российскую часть совместной Российско-американской комиссии по военнопленным и пропавшим без вести, прибыл в Вашингтон на заседание комиссии 28 марта. С американской стороны комиссию возглавляет генерал Роберт Фоглсонг. 26 марта Шаманов был принят в Овальном кабинете президентом США, включая протокольную фотосъемку.