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En su quinto informe periódico, el Comité de Derechos Humanos planteó diversos temas importantes que México debe abordar en relación con el uso de las fuerzas armadas para combatir al crimen organizado, dado el impacto que tiene en los derechos humanos consagrados en el Pacto Internacional de Derechos Civiles y Políticos. Es decepcionante que México haya desaprovechado esta oportunidad para reconocer y afrontar la impunidad de las violaciones de derechos humanos cometidas por militares.

Desde que el Presidente Felipe Calderón asignó a miles de soldados a la lucha contra el narcotráfico a partir de diciembre de 2006, se ha registrado un drástico incremento de las denuncias de abusos militares. Entre 2007 y fines de 2009, la Comisión Nacional de los Derechos Humanos de México recibió 3.388 denuncias de violaciones de derechos humanos cometidas por militares. Y ya ha concluido que en al menos 38 de estos casos los responsables de los abusos fueron militares.

Si bien las fuerzas armadas normalmente aceptan las recomendaciones de la Comisión y, en ocasiones, ofrecen una indemnización a las víctimas, la mayoría de estos crímenes quedan impunes. Esto se debe, principalmente, a que el sistema de justicia militar mexicano, que carece de independencia e imparcialidad, asume sistemáticamente la investigación de incluso los abusos más aberrantes, como presuntas violaciones sexuales, ejecuciones, detenciones arbitrarias y tortura, al adoptar una definición excesivamente amplia de qué constituye un "acto de servicio". Según un informe reciente de Human Rights Watch, "Impunidad Uniformada: Uso indebido de la justicia militar en México para investigar abusos cometidos durante operativos contra el narcotráfico y de seguridad pública", esta impunidad tiene su origen en que, en México, el Secretario de la Defensa ejerce a la vez poderes ejecutivos y judiciales sobre las fuerzas armadas, los jueces militares no gozan de la garantía de estabilidad en el cargo, el control civil de las decisiones de los tribunales militares es muy limitado y prácticamente no existe ningún escrutinio público de las investigaciones y los juicios militares.

En los párrafos 92 y 183 del informe presentado por el gobierno de México a este Comité se indica que, desde el año 2000 hasta agosto de 2009, se iniciaron 20 procesos penales contra militares por violaciones de derechos humanos, y que hasta el momento se ha dictado sentencia en 6 de estos casos. No obstante, un análisis más detenido de la escasa información proporcionada por el gobierno sobre estos casos demuestra que sólo tres soldados han sido condenados por violaciones de derechos humanos cometidas durante el gobierno de Calderón. Sin embargo, una de estas condenas estuvo relacionada con un accidente automovilístico y otra fue revertida por un tribunal militar de apelación. Por lo tanto, hay solamente un caso que constituye una condena por violaciones de derechos humanos: el de un soldado que fue condenado a 9 meses de prisión por haber disparado y asesinado a un civil en un retén militar.

Si bien México sostiene que las decisiones adoptadas por tribunales militares pueden ser impugnadas ante el sistema de justicia civil mediante un recurso de amparo, este recurso busca, básicamente, proteger los derechos de debido proceso de los militares que son acusados de algún delito. Las víctimas y sus familiares no tienen la posibilidad cuestionar un aspecto básico como qué sistema de justicia debería resultar competente para investigar violaciones de derechos humanos. En agosto de 2009, la Corte Suprema de Justicia de México determinó que una víctima carecía de legitimación para objetar que los tribunales militares tuvieran competancia para investigar los abusos militares. El caso fue planteado por la esposa de una víctima de una ejecución extrajudicial perpetrada por militares. En la práctica, esta sentencia priva a las víctimas y sus familiares de la posibilidad de cuestionar el uso de la jurisdicción militar en casos de violaciones de derechos humanos.

La práctica de las fuerzas armadas de investigar sus propios actos a través de este deficiente sistema de justicia militar vulnera las obligaciones de México conforme al derecho internacional. El PIDCP obliga a los gobiernos a establecer un recurso efectivo contra los abusos y a reconocer a toda persona el "derecho a ser oída públicamente y con las debidas garantías por un tribunal competente, independiente e imparcial, establecido por la ley". A su vez, en el ámbito regional, la Corte Interamericana de Derechos Humanos emitió una sentencia vinculante en noviembre de 2009 que ordenó a México modificar su Código de Justicia Militar a fin de cumplir con sus obligaciones internacionales. La Corte sostuvo específicamente que "en situaciones que vulneren derechos humanos de civiles bajo ninguna circunstancia puede operar la jurisdicción militar".

Para terminar con este patrón de impunidad y proteger los derechos consagrados en el PIDCP, México debe asegurarse de que aquellos casos en que se acuse a militares de violaciones de derechos humanos contra civiles sean remitidos inmediatamente a los agentes del ministerio público del fuero común o federal.