2025年，以色列军队加剧暴行，包括在加沙对巴勒斯坦人犯下战争罪、危害人类罪和灭绝种族行为以及族群清洗，以及杀害、重伤、强迫迁徙巴勒斯坦人并摧毁其住家、学校和基础设施，规模在以巴近期历史上前所未见。联合国调查委员会9月发表报告确认以色列在加沙实施种族灭绝，可见人权组织与专家对于以色列在加沙实施灭绝种族暴行日益取得共识。据加沙卫生部统计，以色列暴行已导致逾6.9万名巴勒斯坦人丧生，包括逾19,000名儿童，另有逾17万人受伤。
3月18日，以色列当局打破持续约两个月的停火。接下来近七个月，以色列当局每天发动攻击，直到2025年10月10日以色列与哈马斯接受美国斡旋停火。这次停火协议包括释放已被哈马斯和其他巴勒斯坦武装团体扣留在加沙超过两年的幸存人质，以及释放大多未经审判或起诉即被以色列关押的数百名巴勒斯坦人。以色列全年持续对巴勒斯坦人实施战争罪行和危害人类罪行，包括种族隔离和迫害。
国际刑事法院持续调查自2014年起进入该法院管辖范围的犯罪行为。 2025年2月，国际刑事法院法官在证实哈马斯军事组织指挥官戴夫（Mohammed Deif）死亡后终止对他的诉讼程序。戴夫被控在2023年10月7日攻击行动中触犯战争罪和危害人类罪。 7月，国际刑事法院法官驳回以色列提出的撤销请求，维持该法院2024年对以色列总理内塔尼亚胡和前国防部长加兰特（Yoav Gallant）涉嫌在加沙触犯战争罪和危害人类罪的逮捕令。尽管国际刑事法院法官尚未就以色列质疑法院管辖权作出裁决，但他们确认法院对以色列官员签发的逮捕令仍然有效。
加沙
据加沙卫生部统计，以色列军队于3月18日恢复攻击加沙当天造成逾400人丧生，死者多为儿童和女性，此后直到10月10日累计造成逾13,500人丧生。同样据加沙卫生部记录，在为期两个月的首次停火期间有超过350名巴勒斯坦人遇害。根据医师及流行病学家以模型估计发现，加沙卫生部的伤亡统计可能低估敌对行动直接致死人数，也不包含恐达数千名脱水、营养不良和疾病致死或被埋在瓦砾堆下的死者。
从3月初到5月中旬，以色列当局声称以施压哈马斯释放人质为由对加沙实施长达11周的全面封锁，禁止运送一切食物、药品或其他援助物资。自5月中旬起，援助物资仍遭广泛限制，但一个有缺陷的军事化援助分发系统开始在美国支持下由加沙人道基金会（Gaza Humanitarian Foundation）委托私人承包商营运，直到10月停火。
8月，由全球顶尖专家组成的粮食安全阶段综合分类平台（Integrated Phase Classification）宣布加沙市及其周边地区陷入饥荒，并指出全体加沙居民“自2025年8月16日至9月30日正在面临或预期即将面临危机级别以上的突发性粮食不安全。”据加沙卫生部报告，截至10月11日计有463名巴勒斯坦人（含157名儿童）死于营养不良。以色列军方杀害数以百计试图领取食物援助的巴勒斯坦人——据联合国报导，自5月27日至8月19日，共计1,857名巴勒斯坦人在领取食物援助途中遇害，其中1,021人死于加沙人道基金会站点附近。
以色列当局持续剥夺加沙居民生存所需的电力和适足用水，手段包括禁用自来水，强迫各地供水泵、海水淡化厂、废污水处理设施停止运作，禁运发电机所需油料，攻击水务和卫生单位员工及仓库，阻挠维修作业并禁止输入相关设备和零件。根据人道组织自8月17日至9月5日评估，百分之49的居民每日饮用水低于6公升的最低紧急标准。缺乏用水与卫生导致公共卫生灾难，大多数家庭都因卫生条件恶劣和空间拥挤而饱受虱螨侵袭，染患皮疹和疥疮等皮肤病。以色列剥夺加沙巴勒斯坦居民用水构成危害人类罪灭绝行为，并因蓄意使相关人口承受某种生活状况以致其全部或部分消灭而构成灭绝种族罪行为。以色列以维持平民挨饿作为战争武器是一种战争罪行，剥夺基本服务则违反国际法院就其审理中的南非控以色列灭绝种族案所裁定的具拘束力临时措施。
9月，以色列国防部长扬言若哈马斯不释放人质并解除武装就要像夷平拉法市一样摧毁加沙市，并实施拆除加沙残存民用基础设施、进一步集中巴勒斯坦居民的计画，其后，以色列军队下令所有居民离开加沙市及周边地区并发动攻击，摧毁高层公寓和民房。据联合国人道协调厅报导，自3月18日起至10月前被迫流离失所的民众高达120万人，截至9月17日， 加沙地带百分之82面积遭以色列军事化或发布迁移令。以色列军队自2023年10月以来强迫迁移几乎所有加沙居民，许多人被多次迫迁，人权观察认为这些行为构成战争罪和危害人类罪。
以色列军队对尚未军事化或不适用迁移令的地区实施空袭，包括6月30日对海滨咖啡馆al-Baqa的空袭据报造成24至36人丧生。
以色列的攻击行动以及由工兵和军用推土机进行的拆除作业，截至7月8日造成加沙所有建筑物百分之78受损，导致整个地带大部分不适人居，显然构成对加沙大部分地区的族群清洗。
加沙几乎所有学校（百分之97）均遭破坏或摧毁，其中绝大多数（百分之76）遭直接击中，百分之92需要“彻底重建或大规模修复工程才能恢复运作”。以色列军队多次攻击由学校改建的避难所，包括非法无区别攻击，据联合国近东救济工程处报告，截至7月18日共计造成至少836名避难者丧生。
据世界卫生组织报导，截至9月11日，以色列当局对加沙医疗设施实施793次攻击，累计造成983人丧生。 8月25日对纳赛尔医院（Nasser Hospital）的连续空袭造成至少22人死亡，包括医疗工作者、急救队员和五名记者。截至10月12日，只有36所医院中的14所、16间野战医院中的10间、181座医疗保健中心中的64座和359个医疗站中的109个还能部分运作。医疗保健系统崩溃造成加沙约5万名怀孕女性无法获得适当照护，增加怀孕、分娩和产后严重并发症的风险。这种情况也严重限制辅助生育服务的取得。人权观察记录到对医院和救护车的疑似非法攻击，对医护人员的任意拘留与酷刑，对医疗后送的限制，还有以色列军队占领医院期间犯下的战争罪行。时任卡迈勒・阿德万（Kamal Adwan）医院院长的名医胡萨姆・阿布・萨法亚（Hussam Abu Safiya）于2024年12月被以色列军队逮捕，据报在拘留期间遭到殴打。
以色列军队也多次故意杀害巴勒斯坦人记者，包括8月10日空袭造成半岛电视台特派员阿纳斯・谢里夫（Anas al-Sharif）、穆罕默德・奎凯（Mohammad Qreiqeh）和四名其他媒体工作者丧生。据无国界记者组织报导，以色列军队不到两年内在加沙杀害了220名记者。
3月23日，以色列军队在拉法疑似故意杀害15名巴勒斯坦救护员和搜救队员，死者遗体后来在一处乱葬坑被寻获。以军多次在加沙袭击警察、援助车队护卫人员和民政官员，并支持受其控制的巴勒斯坦民兵组织，导致公共秩序崩溃。以军还多次攻击已知的援助工作者站点，并要求所有国际组织重新注册，增加这些组织的运作困难。
以色列军队在停火协议生效后仍继续控制加沙大部分地区，持续拆毁民用基础设施，并对巴勒斯坦人实施致命攻击。
哈马斯和巴勒斯坦武装团体
加沙武装团体在今年大部分时间扣押了48名以色列和其他国籍人质，他们都来自2023年10月被人权观察认定触犯战争罪和危害人类罪的攻击行动所掳获的250名人质。 8月，巴勒斯坦武装团体发布数段人质录影，片中男子形销骨立、露出挨饿迹象。 10月13日，巴勒斯坦武装团体释放20名幸存人质，并在随后几天送回除一人外所有死者遗体。
停火后，哈马斯武装组织疑似对部分被指与以色列军队合作人士实施即决处决。
约旦河西岸
以色列军队自1月对约旦河西岸北部的杰宁（Jenin）、图勒凯尔姆（Tulkarem）和努尔沙姆斯（Nur Shams）等三座难民营展开清空行动，造成约32,000人流离失所。这是约旦河西岸自1967年以来最大规模的强迫迁徙，且除极少数例外均禁止居民返回，这些行为构成战争罪、种族清洗和危害人类罪。
据联合国人道协调厅统计，2025年截至10月7日，以色列军队在约旦河西岸共计杀害182名巴勒斯坦人，累计自2023年10月7日以来共杀害969人。 2025年截至9月8日，巴勒斯坦人在约旦河西岸共计杀害以色列平民11人、士兵6人。
据联合国人道协调厅统计，以色列定居者暴力在2025年创下逾18年来最高纪录，前九个月造成人命伤亡或财物损失的事件（2,660件）为至少2006年以来最多。以色列定居者在此期间共杀害7名巴勒斯坦人，包括7月遇害的奥德・哈塔林（Odeh Hathalin），他曾协助拍摄奥斯卡获奖纪录片《No Other Land》（中国译《唯一的家园》，台湾译《你的国，我的家》，香港译《家不成家——我生于巴勒斯坦》）。
以色列当局仍然鲜少起诉涉嫌对巴勒斯坦人施暴的人士。
以色列当局在被占领的约旦河西岸含东耶路撒冷地区为超过73万名定居者提供安全保障、基础设施和其他服务。
根据以色列团体Peace Now报导，2025年截至9月中旬，以色列当局已开始推动在约旦河西岸定居点兴建总计25,000个住宅单元的计画，数量创下历年新高。 8月，以色列当局确定批准在约旦河西岸核心区兴建3,400个住宅单元，恐加剧巴勒斯坦居民零散化。截至10月中旬，58个定居点“前哨站”（outposts）辟建完成，这些前哨站未经官方批准但在政府和军方支持下夺占约旦河西岸土地。将本国平民迁入被占领土是一种战争罪行。
以色列当局对定居者适用以色列民法，却对约旦河西岸巴勒斯坦居民实施军法，剥夺他们的基本正当程序权并以军事法庭加以审判。
在东耶路撒冷以及约旦河西岸受以色列排他控制的百分之60区域（C区），申办以色列建筑执照十分困难，导致巴勒斯坦人只能冒着违章拆除的风险建造房屋。
据联合国人道协调厅统计，从2024年到2025年前九个月，以色列当局以未取得建筑执照为由，在约旦河西岸含东耶路撒冷地区累计拆毁2,577栋巴勒斯坦人住宅及其他建筑物，但当局刻意造成巴勒斯坦人在以色列排他控制区极难取得建筑执照。同一期间，拆除行动和国家支持的定居者暴力导致近8,000人离家逃难，另有近32,000人在2025年突袭约旦河西岸北部期间被迫流离失所。
迁徙自由
以色列当局于2025年提高对巴勒斯坦人的迁徙限制。联合国人道协调厅于2025年初进行调查，在约旦河西岸各地发现849处永久或间歇限制巴勒斯坦人迁徙的路障。以色列当局持续要求巴勒斯坦身分证持有人须凭不易申请且效期有限的通行证才能进入以色列和约旦河西岸大部分地区，包括东耶路撒冷。以色列持续建造隔离墙，其中百分之85坐落在约旦河西岸，完工后将使西岸百分之9土地遭到孤立。
巴勒斯坦当局的人权侵犯
2025年，巴勒斯坦当局升高对异议人士的镇压，任意逮捕批评者和反对派及对他们施以酷刑而毋须承担罪责。在2025年前8个月，巴勒斯坦法定监察组织独立人权委员会（Independent Commission for Human Rights）收到356件遭巴勒斯坦当局任意逮捕（包括未经起诉或审判即遭拘留）的申诉，以及79件遭巴勒斯坦当局于拘留期间酷刑虐待的申诉。
1月前三周，巴勒斯坦当局持续在杰宁难民营实施始于12月5日的保安行动，杀害并威胁难民营居民生命，限制食物和水电供应，损毁民宅并导致数十人遭受逮捕和其他迫害。巴勒斯坦当局于1月暂停许可半岛电视台在被占领土广播，巴勒斯坦法院则限制居民访问半岛电视台网站。以色列当局也在1月延长对半岛电视台驻约旦河西岸办事处的停业令。
适用于穆斯林和基督徒的个人身分法内容歧视女性，未有任何改变。
以色列
以色列国会制定禁止联合国近东救济工程处在以色列和被占领土运作的法律于2025年初生效实施。此后，以色列当局禁止联合国近东救济工程处外籍工作人员进入加沙，禁止联合国近东救济工程处（当地最大援助供应者）在加沙分发援助物资，并对联合国近东救济工程处设于东耶路撒冷的多所学校发出停课令且禁止于2025年9月开学，影响近800名儿童，部分儿童无法转学其他学校。国际法院于4月至5月举办有40个国家和国际组织出席的公开听证会之后，于10月22日发布咨询意见，确认以色列指责联合国近东救济工程处缺乏公正性并无实据，以色列阻挠联合国近东救济工程处关键业务的行为牴触国际法。
对巴勒斯坦人的拘留、酷刑和不当待遇
以色列当局截至10月1日仍拘押超过11,000名巴勒斯坦人，其中3,544人未经起诉或审判，大多仅凭不公开证据即遭行政拘留，加沙另有2,673名巴勒斯坦人依 “非法战斗员法”遭到形式更严格的行政拘留。 10月10日当天，以色列当局按照停火协议释放近2,000名巴勒斯坦在押人员，大多是遭“非法战斗员法”拘留的加沙居民。截至6月30日，以色列当局共拘留360名巴勒斯坦未成年儿童。以色列自2023年10月7日起拒绝国际红十字会及其他独立机构视察拘留设施。
以色列当局任意拘留巴勒斯坦男女老幼，施以酷刑、性暴力，并剥夺适足食物及医疗照护。自2023年10月7日以来，至少75名巴勒斯坦人死于拘留期间，遗体通常遭以色列扣留。
宗教敌对行为
以色列军队继2024年11月与黎巴嫩各武装团体停火后，于2025年初撤出黎巴嫩南部大部分地区，但仍留下部分兵力驻扎黎巴嫩边境至少五处地点。 2025年，以色列军方对也门、叙利亚、伊朗、卡塔尔和突尼斯等国发动攻击或参与敌对行动。以色列攻击也门胡塞组织控制区造成平民死亡、关键民用基础设施受损或全毁，胡塞组织也对以色列平民目标发动攻击，双方均可能构成战争罪。 2025年6月，据当局报导，以色列与伊朗之间的12天敌对行动造成伊朗逾千名平民死亡，以色列亦有30名平民丧生，双方均及涉严重违反战争法
关键国际行动者
尽管美国居中促成10月10日停火协议，但特朗普政府明示支持以色列军队的战争罪行，并采取行动加深美国在相关犯罪中的共谋作用，使美国成为武装冲突之一方。同时，欧盟委员会审议认定以色列违反《欧盟－以色列联系国协议》人权条款，并据此提议中止该协议，但两项措施均未获足够欧盟成员国支持而遭搁置。英国暂停与以色列的自由贸易谈判。另有数国政府对暴力定居者和以色列高级官员实施制裁，暂停武器运交，或禁止与以色列非法定居点贸易往来。 9月，联合国大会在法国和沙特阿拉伯主导下通过基于“两国解决方案”的《纽约宣言》。宣言附件呼吁各国采取包括针对制裁在内的具体措施、暂停双边协议并禁止定居点贸易，但各国多未按照承诺及义务采取行动阻止以色列对巴勒斯坦人的罪行。
国际司法正义
参与巴勒斯坦调查工作的国际刑事法院检察官和法官面临政治压力、恐吓或美国制裁。在美国与国际刑事法院相关的制裁方案中，美国分别在7月宣布制裁联合国专家以及在9月宣布制裁巴勒斯坦三大人权组织——正义组织（Al-Haq）、迈赞人权中心（Al Mezan Center for Human Rights）和巴勒斯坦人权中心（Palestinian Centre for Human Rights）。 7月，美国又在另一制裁方案中对巴勒斯坦人权团体良知组织（Addameer）实施制裁。
针对以色列军队在加沙涉犯国际罪行，法国、德国、比利时和巴西等多国司法系统已基于普遍管辖权原则展开调查，或受理公民社会团体提出相关刑事控诉。