2025年，以色列軍隊加劇暴行，包括在加沙對巴勒斯坦人犯下戰爭罪、危害人類罪和滅絕種族行為以及族群清洗，以及殺害、重傷、強迫遷徙巴勒斯坦人並摧毀其住家、學校和基礎設施，規模在以巴近期歷史上前所未見。聯合國調查委員會9月發表報告確認以色列在加沙實施種族滅絕，可見人權組織與專家對於以色列在加沙實施滅絕種族暴行日益取得共識。據加沙衛生部統計，以色列暴行已導致逾6.9萬名巴勒斯坦人喪生，包括逾19,000名兒童，另有逾17萬人受傷。
3月18日，以色列當局打破持續約兩個月的停火。接下來近七個月，以色列當局每天發動攻擊，直到2025年10月10日以色列與哈馬斯接受美國斡旋停火。這次停火協議包括釋放已被哈馬斯和其他巴勒斯坦武裝團體扣留在加沙超過兩年的倖存人質，以及釋放大多未經審判或起訴即被以色列關押的數百名巴勒斯坦人。以色列全年持續對巴勒斯坦人實施戰爭罪行和危害人類罪行，包括種族隔離和迫害。
國際刑事法院持續調查自2014年起進入該法院管轄範圍的犯罪行為。2025年2月，國際刑事法院法官在證實哈馬斯軍事組織指揮官戴夫（Mohammed Deif）死亡後終止對他的訴訟程序。戴夫被控在2023年10月7日攻擊行動中觸犯戰爭罪和危害人類罪。7月，國際刑事法院法官駁回以色列提出的撤銷請求，維持該法院2024年對以色列總理內塔尼亞胡和前國防部長加蘭特（Yoav Gallant）涉嫌在加沙觸犯戰爭罪和危害人類罪的逮捕令。儘管國際刑事法院法官尚未就以色列質疑法院管轄權作出裁決，但他們確認法院對以色列官員簽發的逮捕令仍然有效。
加沙
據加沙衛生部統計，以色列軍隊於3月18日恢復攻擊加沙當天造成逾400人喪生，死者多為兒童和女性，此後直到10月10日累計造成逾13,500人喪生。同樣據加沙衛生部記錄，在為期兩個月的首次停火期間有超過350名巴勒斯坦人遇害。根據醫師及流行病學家以模型估計發現，加沙衛生部的傷亡統計可能低估敵對行動直接致死人數，也不包含恐達數千名脫水、營養不良和疾病致死或被埋在瓦礫堆下的死者。
从3月初到5月中旬，以色列当局声称以施压哈马斯释放人质为由对加沙实施长达11周的全面封锁，禁止运送一切食物、药品或其他援助物资。自5月中旬起，援助物资仍遭广泛限制，但一个有缺陷的军事化援助分发系统开始在美国支持下由加沙人道基金会（Gaza Humanitarian Foundation）委托私人承包商营运，直到10月停火。
8月，由全球頂尖專家組成的糧食安全階段綜合分類平台（Integrated Phase Classification）宣佈加沙市及其周邊地區陷入饑荒，並指出全體加沙居民「自2025年8月16日至9月30日正在面臨或預期即將面臨危機級別以上的突發性糧食不安全。」據加沙衛生部報告，截至10月11日計有463名巴勒斯坦人（含157名兒童）死於營養不良。以色列軍方殺害數以百計試圖領取食物援助的巴勒斯坦人——據聯合國報導，自5月27日至8月19日，共計1,857名巴勒斯坦人在領取食物援助途中遇害，其中1,021人死於加沙人道基金會站點附近。
以色列當局持續剝奪加沙居民生存所需的電力和適足用水，手段包括禁用自來水，強迫各地供水泵、海水淡化廠、廢污水處理設施停止運作，禁運發電機所需油料，攻擊水務和衛生單位員工及倉庫，阻撓維修作業並禁止輸入相關設備和零件。根據人道組織自8月17日至9月5日評估，百分之49的居民每日飲用水低於6公升的最低緊急標準。缺乏用水與衛生導致公共衛生災難，大多數家庭都因衛生條件惡劣和空間擁擠而飽受蝨蟎侵襲，染患皮疹和疥瘡等皮膚病。以色列剝奪加沙巴勒斯坦居民用水構成危害人類罪滅絕行為，並因蓄意使相關人口承受某種生活狀況以致其全部或部分消滅而構成滅絕種族罪行為。以色列以維持平民挨餓作為戰爭武器是一種戰爭罪行，剝奪基本服務則違反國際法院就其審理中的南非控以色列滅絕種族案所裁定的具拘束力臨時措施。
9月，以色列國防部長揚言若哈馬斯不釋放人質並解除武裝就要像夷平拉法市一樣摧毀加沙市，並實施拆除加沙殘存民用基礎設施、進一步集中巴勒斯坦居民的計畫，其後，以色列軍隊下令所有居民離開加沙市及周邊地區並發動攻擊，摧毀高層公寓和民房。據聯合國人道協調廳報導，自3月18日起至10月前被迫流離失所的民眾高達120萬人，截至9月17日， 加沙地帶百分之82面積遭以色列軍事化或發佈遷移令。以色列軍隊自2023年10月以來強迫遷移幾乎所有加沙居民，許多人被多次迫遷，人權觀察認為這些行為構成戰爭罪和危害人類罪。
以色列軍隊對尚未軍事化或不適用遷移令的地區實施空襲，包括6月30日對海濱咖啡館al-Baqa的空襲據報造成24至36人喪生。
以色列的攻擊行動以及由工兵和軍用推土機進行的拆除作業，截至7月8日造成加沙所有建築物百分之78受損，導致整個地帶大部分不適人居，顯然構成對加沙大部分地區的族群清洗。
加沙幾乎所有學校（百分之97）均遭破壞或摧毀，其中絕大多數（百分之76）遭直接擊中，百分之92需要「徹底重建或大規模修復工程才能恢復運作」。以色列軍隊多次攻擊由學校改建的避難所，包括非法無區別攻擊，據聯合國近東救濟工程處報告，截至7月18日共計造成至少836名避難者喪生。
據世界衛生組織報導，截至9月11日，以色列當局對加沙醫療設施實施793次攻擊，累計造成983人喪生。8月25日對納賽爾醫院（Nasser Hospital）的連續空襲造成至少22人死亡，包括醫療工作者、急救隊員和五名記者。截至10月12日，只有36所醫院中的14所、16間野戰醫院中的10間、181座醫療保健中心中的64座和359個醫療站中的109個還能部分運作。醫療保健系統崩潰造成加沙約5萬名懷孕女性無法獲得適當照護，增加懷孕、分娩和產後嚴重併發症的風險。這種情況也嚴重限制輔助生育服務的取得。人權觀察記錄到對醫院和救護車的疑似非法攻擊，對醫護人員的任意拘留與酷刑，對醫療後送的限制，還有以色列軍隊佔領醫院期間犯下的戰爭罪行。時任卡邁勒・阿德萬（Kamal Adwan）醫院院長的名醫胡薩姆・阿布・薩法亞（Hussam Abu Safiya）於2024年12月被以色列軍隊逮捕，據報在拘留期間遭到毆打。
以色列軍隊也多次故意殺害巴勒斯坦人記者，包括8月10日空襲造成半島電視台特派員阿納斯・謝里夫（Anas al-Sharif）、穆罕默德・奎凱（Mohammad Qreiqeh）和四名其他媒體工作者喪生。據無國界記者組織報導，以色列軍隊不到兩年內在加沙殺害了220名記者。
3月23日，以色列軍隊在拉法疑似故意殺害15名巴勒斯坦救護員和搜救隊員，死者遺體後來在一處亂葬坑被尋獲。以軍多次在加沙襲擊警察、援助車隊護衛人員和民政官員，並支持受其控制的巴勒斯坦民兵組織，導致公共秩序崩潰。以軍還多次攻擊已知的援助工作者站點，並要求所有國際組織重新註冊，增加這些組織的運作困難。
以色列軍隊在停火協議生效後仍繼續控制加沙大部分地區，持續拆毀民用基礎設施，並對巴勒斯坦人實施致命攻擊。
哈馬斯和巴勒斯坦武裝團體
加沙武裝團體在今年大部分時間扣押了48名以色列和其他國籍人質，他們都來自2023年10月被人權觀察認定觸犯戰爭罪和危害人類罪的攻擊行動所擄獲的250名人質。8月，巴勒斯坦武裝團體發佈數段人質錄影，片中男子形銷骨立、露出挨餓跡象。10月13日，巴勒斯坦武裝團體釋放20名倖存人質，並在隨後幾天送回除一人外所有死者遺體。
停火後，哈馬斯武裝組織疑似對部分被指與以色列軍隊合作人士實施即決處決。
約旦河西岸
以色列軍隊自1月對約旦河西岸北部的傑寧（Jenin）、圖勒凱爾姆（Tulkarem）和努爾沙姆斯（Nur Shams）等三座難民營展開清空行動，造成約32,000人流離失所。這是約旦河西岸自1967年以來最大規模的強迫遷徙，且除極少數例外均禁止居民返回，這些行為構成戰爭罪、種族清洗和危害人類罪。
據聯合國人道協調廳統計，2025年截至10月7日，以色列軍隊在約旦河西岸共計殺害182名巴勒斯坦人，累計自2023年10月7日以來共殺害969人。2025年截至9月8日，巴勒斯坦人在約旦河西岸共計殺害以色列平民11人、士兵6人。
據聯合國人道協調廳統計，以色列定居者暴力在2025年創下逾18年來最高紀錄，前九個月造成人命傷亡或財物損失的事件（2,660件）為至少2006年以來最多。以色列定居者在此期間共殺害7名巴勒斯坦人，包括7月遇害的奧德・哈塔林（Odeh Hathalin），他曾協助拍攝奧斯卡獲獎紀錄片《No Other Land》（台灣譯《你的國，我的家》，香港譯《家不成家——我生於巴勒斯坦》，中國譯《唯一的家園》）。
以色列當局在被佔領的約旦河西岸含東耶路撒冷地區為超過73萬名定居者提供安全保障、基礎設施和其他服務。
根據以色列團體Peace Now報導，2025年截至9月中旬，以色列當局已開始推動在約旦河西岸定居點興建總計25,000個住宅單元的計畫，數量創下歷年新高。8月，以色列當局確定批准在約旦河西岸核心區興建3,400個住宅單元，恐加劇巴勒斯坦居民零散化。截至10月中旬，58個定居點「前哨站」（outposts）闢建完成，這些前哨站未經官方批准但在政府和軍方支持下奪佔約旦河西岸土地。將本國平民遷入被占領土是一種戰爭罪行。
以色列當局對定居者適用以色列民法，卻對約旦河西岸巴勒斯坦居民實施軍法，剝奪他們的基本正當程序權並以軍事法庭加以審判。
在東耶路撒冷以及約旦河西岸受以色列排他控制的百分之60區域（C區），申辦以色列建築執照十分困難，導致巴勒斯坦人只能冒著違章拆除的風險建造房屋。
據聯合國人道協調廳統計，從2024年到2025年前九個月，以色列當局以未取得建築執照為由，在約旦河西岸含東耶路撒冷地區累計拆毀2,577棟巴勒斯坦人住宅及其他建築物，但當局刻意造成巴勒斯坦人在以色列排他控制區極難取得建築執照。同一期間，拆除行動和國家支持的定居者暴力導致近8,000人離家逃難，另有近32,000人在2025年突襲約旦河西岸北部期間被迫流離失所。
遷徙自由
以色列當局於2025年提高對巴勒斯坦人的遷徙限制。聯合國人道協調廳於2025年初進行調查，在約旦河西岸各地發現849處永久或間歇限制巴勒斯坦人遷徙的路障。以色列當局持續要求巴勒斯坦身分證持有人須憑不易申請且效期有限的通行證才能進入以色列和約旦河西岸大部分地區，包括東耶路撒冷。以色列持續建造隔離牆，其中百分之85坐落在約旦河西岸，完工後將使西岸百分之9土地遭到孤立。
巴勒斯坦當局的人權侵犯
2025年，巴勒斯坦當局升高對異議人士的鎮壓，任意逮捕批評者和反對派及對他們施以酷刑而毋須承擔罪責。在2025年前8個月，巴勒斯坦法定監察組織獨立人權委員會（Independent Commission for Human Rights）收到356件遭巴勒斯坦當局任意逮捕（包括未經起訴或審判即遭拘留）的申訴，以及79件遭巴勒斯坦當局於拘留期間酷刑虐待的申訴。
1月前三週，巴勒斯坦當局持續在傑寧難民營實施始於12月5日的保安行動，殺害並威脅難民營居民生命，限制食物和水電供應，損毀民宅並導致數十人遭受逮捕和其他迫害。巴勒斯坦當局於1月暫停許可半島電視台在被占領土廣播，巴勒斯坦法院則限制居民訪問半島電視台網站。以色列當局也在1月延長對半島電視台駐約旦河西岸辦事處的停業令。
適用於穆斯林和基督徒的個人身分法內容歧視女性，未有任何改變。
以色列
以色列國會制定禁止聯合國近東救濟工程處在以色列和被占領土運作的法律於2025年初生效實施。此後，以色列當局禁止聯合國近東救濟工程處外籍工作人員進入加沙，禁止聯合國近東救濟工程處（當地最大援助供應者）在加沙分發援助物資，並對聯合國近東救濟工程處設於東耶路撒冷的多所學校發出停課令且禁止於2025年9月開學，影響近800名兒童，部分兒童無法轉學其他學校。國際法院於4月至5月舉辦有40個國家和國際組織出席的公開聽證會之後，於10月22日發佈諮詢意見，確認以色列指責聯合國近東救濟工程處缺乏公正性並無實據，以色列阻撓聯合國近東救濟工程處關鍵業務的行為牴觸國際法。
對巴勒斯坦人的拘留、酷刑和不當待遇
以色列當局截至10月1日仍拘押超過11,000名巴勒斯坦人，其中3,544人未經起訴或審判，大多僅憑不公開證據即遭行政拘留，加沙另有2,673名巴勒斯坦人依「非法戰鬥員法」遭到形式更嚴格的行政拘留。10月10日當天，以色列當局按照停火協議釋放近2,000名巴勒斯坦在押人員，大多是遭「非法戰鬥員法」拘留的加沙居民。截至6月30日，以色列當局共拘留360名巴勒斯坦未成年兒童。以色列自2023年10月7日起拒絕國際紅十字會及其他獨立機構視察拘留設施。
以色列當局任意拘留巴勒斯坦男女老幼，施以酷刑、性暴力，並剝奪適足食物及醫療照護。自2023年10月7日以來，至少75名巴勒斯坦人死於拘留期間，遺體通常遭以色列扣留。
宗教敵對行為
以色列軍隊繼2024年11月與黎巴嫩各武裝團體停火後，於2025年初撤出黎巴嫩南部大部分地區，但仍留下部分兵力駐紥黎巴嫩邊境至少五處地點。2025年，以色列軍方對也門、敘利亞、伊朗、卡塔爾和突尼斯等國發動攻擊或參與敵對行動。以色列攻擊也門胡塞組織控制區造成平民死亡、關鍵民用基礎設施受損或全毀，胡塞組織也對以色列平民目標發動攻擊，雙方均可能構成戰爭罪。2025年6月，據當局報導，以色列與伊朗之間的12天敵對行動造成伊朗逾千名平民死亡，以色列亦有30名平民喪生，雙方均及涉嚴重違反戰爭法
關鍵國際行動者
儘管美國居中促成10月10日停火協議，但特朗普政府明示支持以色列軍隊的戰爭罪行，並採取行動加深美國在相關犯罪中的共謀作用，使美國成為武裝衝突之一方。同時，歐盟委員會審議認定以色列違反《歐盟－以色列聯繫國協議》人權條款，並據此提議中止該協議，但兩項措施均未獲足夠歐盟成員國支持而遭擱置。英國暫停與以色列的自由貿易談判。另有數國政府對暴力定居者和以色列高級官員實施制裁，暫停武器運交，或禁止與以色列非法定居點貿易往來。9月，聯合國大會在法國和沙特阿拉伯主導下通過基於「兩國解決方案」的《紐約宣言》。宣言附件呼籲各國採取包括針對制裁在內的具體措施、暫停雙邊協議並禁止定居點貿易，但各國多未按照承諾及義務採取行動阻止以色列對巴勒斯坦人的罪行。
國際司法正義
參與巴勒斯坦調查工作的國際刑事法院檢察官和法官面臨政治壓力、恐嚇或美國制裁。在美國與國際刑事法院相關的制裁方案中，美國分別在7月宣佈制裁聯合國專家以及在9月宣佈制裁巴勒斯坦三大人權組織——正義組織（Al-Haq）、邁贊人權中心（Al Mezan Center for Human Rights）和巴勒斯坦人權中心（Palestinian Centre for Human Rights）。7月，美國又在另一制裁方案中對巴勒斯坦人權團體良知組織（Addameer）實施制裁。
針對以色列軍隊在加沙涉犯國際罪行，法國、德國、比利時和巴西等多國司法系統已基於普遍管轄權原則展開調查，或受理公民社會團體提出相關刑事控訴。