سازمان دیده بان حقوق بشر امروز با انتشار بیانیه ایی اعلام کرد که مقامات ایرانی باید فورا عمادالدین باقی ازمدافعان برجسته حقوق بشر را آزاد کنند و اتهاماتی که با انگیزه سیاسی به وی نسبت داده اند را کنار بگذارند.
در روز چهاردهم اکتبر، باقی درپاسخ به احضاریه ایی که دریافت کرده بود تا برای بازجویی به شعبه 1 بخش امنیت دفتردادستانی عمومی انقلاب مراجعه کند، به آنجا رفت. دادگاه او را به "تبلیغ علیه نظام" و " انتشار اسناد محرمانه دولتی" برای فعالیت هایش به عنوان رییس انجمن حمایت ازحقوق زندانیان که یک سازمان غیردولتی است و درسال 2003 تاسیس شده، متهم کرد.
جواستورک مدیربخش خاورمیانه شمال آفریقای سازمان دیده بان حقوق بشردر زمینه این دستگیری گفت:"دولت ایران به جای این که باقی را دستگیر کند باید وی را به خاطر تلاش هایش درخصوص حقوق زندانیان مورد تحسین قرار دهد." بعد از بازداشت باقی مقامات دادگاه یک وثیقه پانصد میلیون ریالی برای وی تعیین کردند(حدودپنجاه هزاردلار). هنگامی که خانواده باقی درجریان تهیه وثیقه بودند،مقامات زندان اوین به دادگاه آمدند واعلام کردند باقی حکم زندانی تعلیقی ازسال 2003 دارد.مقامات دادگاه سپس وثیقه را لغو کردند ومقامات زندان بلافاصله باقی را به زندان منتقل کردند.
درسال 2003، قاضی بابایی رییس شعبه ششم دادگاه انقلاب باقی را به یک سال حبس تعلیقی به اتهام "به مخاطره انداختن امنیت ملی" و "نشراکاذیب" درکتابش تراژدی دموکراسی درایران محکوم کرد.
درسال 2000، دادگاه انقلاب باقی را به سه سال زندان با اتهام های "به مخاطره انداختن امنیت ملی" برای نوشته هایش درزمینه قتل های زنجیره ای روشنفکران ناراضی ایران در اواخر دهه90 میلادی محکوم کرد.
خانواده باقی و وکلای وی اعلام کرده اند که ازسال 2003 به این سو، مقامات قضایی 23 بار وی را به دادگاه احضار کرده اند.
درماه ژوئیه، شعبه ششم دادگاه انقلاب باقی وهمچنین همسرو دخترش را به سه سال حبس تعلیقی برای فعالیت هایشان درزمینه مستند سازی و اطلاع رسانی موارد نقض حقوق بشر درسیستم قضایی و زندان های ایران محکوم کرد.
عمادالدین باقی همچنین درسال 2005 " انجمن پاسداران حق حیات" را تاسیس کرد. هدف این سازمان فعالیت برای ازمیان بردن حکم اعدام درایران است. دوسازمان وی گزارش هایی را درخصوص وضعیت زندانی های ایرانی وهمچنین موارد مجازات اعدام تهیه می کنند.
