הוועדה הממשלתית שמונתה לחקור את אופן טיפול הממשלה במלחמה שהתנהלה בלבנון, חייבת לבחון גם את ההחלטות ואת המדיניות שהובילו למספר הגדול של נפגעים בקרב אזרחים לבנונים, כך נמסר היום על ידי ארגון Human Rights Watch. בדו"ח שהתפרסם ב-3 באוגוסט 2006 (https://www.hrw.org/reports/2006/lebanon0806) תיעד ארגון Human Rights Watch את הכישלון השיטתי של הכוחות הישראליים להבחין בין לוחמים לבין אזרחים, כמתחייב על פי המשפט ההומניטארי הבינלאומי. דיווחים נוספים של ארגון Human Rights Watch הצביעו על דפוס דומה בכל הקשור לשימוש של ישראל בתחמושת מצרר.
ב-17 בספטמבר הודיעה הממשלה על כינונה של ועדת בדיקה ממשלתית בת חמישה חברים, בראשות השופט (בדימוס) אליהו וינוגרד, כדי לבחון את החלטות "הדרג המדיני ומערכת הביטחון" בתקופה שעד לפרוץ העימות ובמהלכו. חברי הוועדה מונו על ידי ראש הממשלה, אהוד אולמרט, שלא נענה לקריאות להקמתה של ועדת חקירה ממלכתית, שחבריה ממונים על ידי נשיא בית המשפט העליון. עם זאת, הממשלה העניקה לוועדה את הסמכות לזמן עדים, ועל פי דיווחים גם להמליץ על העמדה לדין של כל בעל תפקיד ציבורי שיימצא על ידי הוועדה כמי שנושא באחריות להתנהלות פלילית, בזדון או מתוך רשלנות.
המנדט של הוועדה הוא לחקור את מוּכנוּתם של כוחות הביטחון, את ניהול הלחימה ואת תהליך קבלת ההחלטות. הוועדה תגיש את ממצאיה ואת המלצותיה לראש הממשלה ולשר הביטחון והדו"ח שתוציא הוועדה יפורסם בפומבי.
"לאזרחים משני צדי הגבול בין ישראל ללבנון נגרם סבל שלא לצורך", אמרה שרה לאה וויטסון, מנהלת מחלקת המזרח התיכון בארגון Human Rights Watch. "ועדת וינוגרד צריכה לבדוק את חלקה של ישראל, על מנת להבטיח שהרג מיותר כזה לא יישנה לעולם".
ארגון Human Rights Watch מסר שוועדת וינוגרד צריכה לחקור באופן מיוחד מדוע הותקפו כלי רכב ובתים של אזרחים רבים כל כך בדרום לבנון ללא הצדקה צבאית, מדוע הפגיזו הכוחות הישראלים אזורים בדרום לבנון בכמות גדולה של תחמושת מצרר, במיוחד במהלך הימים האחרונים של הלחימה, ומדוע הותקפו תשתיות אזרחיות מסוימות, על אף שמשקל הפגיעה בחיי אזרחים גבר על יתרון צבאי כלשהו.
ארגון Human Rights Watch קרא למועצת הביטחון של האו"ם להורות על חקירה בינלאומית לבירור אחריותם של כל הצדדים למלחמה, כולל חיזבאללה, למותם של אזרחים בלבנון ובצפון ישראל. ארגון Human Rights Watch גם מתח ביקורת על החלטתה של המועצה לזכויות אדם, לקרוא להקמתה של ועדת חקירה שתתמקד רק בהפרות שביצעה ישראל במהלך המלחמה (https://www.hrw.org/english/docs/2006/08/11/lebano13967.htm). "מכיוון שמעמדה של ממשלת לבנון אינו מאפשר לה לחקור את התנהלות חיזבאללה, מוּטל על הקהילה הבינלאומית לעשות זאת", אומרת וויטסון.
השופט וינוגרד, שעומד בראש ועדת הבדיקה הישראלית, הוא הנשיא לשעבר של בית המשפט המחוזי בתל אביב. חברי הוועדה הנוספים הם הפרופסור למשפטים רות גביזון והפרופסור למדע המדינה יחזקאל דרור, מהאוניברסיטה העברית, וכן שני קצינים במילואים, האלוף מנחם עינן והאלוף חיים נאדל.
גם מבקר המדינה של ישראל, מיכה לינדנשטראוס, הורה לאנשי משרדו לבחון את התנהלותה ואת מדיניותה של הממשלה במהלך המלחמה. בנוסף על כך, משרד הביטחון הקים צוות בדיקה צבאי נפרד, בראשותו של האלוף (במיל.) דורון אלמוג, לבדוק את הסוגיות הקשורות למוכנות הצבא להתקפה שערך חיזבאללה ב-12 ביולי, שבמהלכה נחטפו שני חיילים ומספר חיילים נהרגו. האלוף אלמוג הוא מפקד פיקוד דרום לשעבר, ומי שהיה אחראי לפעולות הצבא ברצועת עזה. בספטמבר 2005 הוציא בית משפט בלונדון צו מעצר נגד האלוף אלמוג בחשד של ביצוע הפרות חמורות של אמנת ז'נווה הרביעית, בקשר למדיניות הריסת הבתים של צה"ל בדרום רצועת עזה. האלוף אלמוג התחמק מקבלת הצו על ידי כך שנמנע מלרדת ממטוסו בלונדון.
