塔利班于8月掌权后，阿富汗的困境从延宕经年的武装冲突，一变而为急速加剧的人权及人道主义危机。塔利班立即压制女性权利的进展，并限缩媒体自由——两项2001年后的重建工作之重要成就。大多数女子中学被关闭，女性禁止在大部分的政府机关和许多其他领域工作。塔利班殴打和拘留记者；许多媒体关门，或大幅缩减报导篇幅，原因之一是许多记者已逃离阿富汗。新的塔利班内阁中没有女性，任命的部长并全都是塔利班内部人员。
在许多城市，塔利班搜寻、威胁、有时拘留或处决前阿富汗国家安全部队成员、前政府官员或他们的家人。
塔利班于8月15日进占喀布尔，数以千计的民众试图逃离阿富汗，但机场的混乱和暴行导致许多处境危险的阿富汗人无法撤离。
塔利班的胜利使得阿富汗的人道危机恶化成一场浩劫，数百万阿富汗人由于收入损失、现金短缺和食品价格上涨而面临严重的粮食匮乏。
在政权转移前的6个月里，政府军和塔利班之间争战不断，土制炸弹、迫击炮和空袭造成的平民伤亡骤增。伊斯兰国-呼罗珊省支部（Islamic State of Khorasan Province，伊斯兰国在阿富汗的分支，简称ISKP）袭击学校和清真寺，多次针对少数民族哈扎拉的什叶派信徒。
非法杀害、强迫失踪、违反战争法
联合国报告指出， 虽然许多事件无人称认罪责，2021上半年的平民伤亡近百分之40由塔利班部队造成。伤亡者中近半为妇女和儿童。 ISKP的袭击包括暗杀和数起致命的炸弹攻击。
许多袭击锁定阿富汗哈扎拉什叶派社群。 5月8日，喀布尔的塞德舒哈达学校（Sayed al-Shuhada School）发生三起爆炸，至少85名平民死亡（其中42名为女孩，28名为妇女），200多人受伤——绝大多数为哈扎拉人。此次事件无人出面认案，但发生地点是ISKP曾多次袭击的以哈扎拉人为主社区。 10月8日，昆都士省（Kunduz）的一座什叶派清真寺于周五祈祷仪式期间，遭自杀式炸弹攻击击，至少72人死亡，140多人受伤；ISKP称认犯案。 3月4日，持枪者在贾拉拉巴德的一家塑料厂射杀了7名哈扎拉工人。
塔利班部队在几个省展开报复性杀害，至少数十名前官员和安全部队人员身亡。塔利班在7月中掌控马利斯坦（Malistan）和加兹尼（Ghazni）之后，杀害了至少19名被关押的安全部队人员以及一些平民。塔利班7月攻占史宾波达克（Spin Boldak）后，部队一路推进，在坎大哈省（Kandahar）杀害了至少44名已投降的前安全部队成员。据可靠报道，拘留和杀害事件遍及其他省份和喀布尔。
塔利班和ISKP皆蓄意杀害平民，如政府雇员、记者和宗教领袖。 2021年1月17日，数名身份不明持枪者射杀了两名阿富汗高等法院的女法官，并打伤她们的司机。 ISKP称认3月至6月间在楠格哈尔省（Nangarhar）杀害了9名脊髓灰质炎疫苗接种人员。 6月9日，10名人道主义排雷人员在巴格兰遭持枪者射杀；ISKP称认犯案。 8月，ISKP在喀布尔机场以自杀式炸弹袭击，造成170名平民死亡，其中包括许多试图逃出阿国的阿富汗人。
在代孔迪（Daykundi）、乌鲁兹甘（Uruzgan）、昆都士和坎大哈等省，塔利班部队还强行将居民逐出家园，显然为报复被认为支持前政府的居民。规模最大的驱离行动发生在9月：在乌鲁兹甘省吉萨卜区（Gizab）和近邻的几处代孔迪省地区，数百户哈扎拉家庭被迫弃家而逃。
塔利班和阿富汗政府安全部队任意发射迫击炮和火箭，导致平民受伤与死亡。 2021年上半年，前政府军空袭造成的平民伤亡比2020年同期增加了一倍以上。 1月10日在尼姆鲁兹（Nimroz），一起空袭造成 18名平民死亡，其中包括7名女孩、6名妇女和4名男孩；两名平民男性受伤。
据目击者称，8月15日当塔利班进占喀布尔时，前政府国家安全理事会的一支突击队逮捕并处决了12名刚获释的囚犯。
8月29日，美国以无人机袭击一辆据称满载炸药驶往喀布尔机场的汽车。此车驾驶实为一名将撤往美国的非政府组织员工。两周后，美国国防部承认此袭击是“惨痛的错误”，造成10名平民死亡，其中7名为儿童。
妇女和女童权利
塔利班接掌政权后数周内，当局接连宣布了一连串缩限妇女和女童权利的政策和法规，严重限制就业与求学机会以及和平集会的权利。塔利班也搜查知名女性人士，剥夺她们在自家以外的行动自由。
塔利班曾表示支持女孩和妇女接受教育，但在9月18日却下令恢复上课的中学只能招收男孩。一些省份的女子中学随后复课，但到了10月，绝大多数的女子中学仍校门深锁。 8月29日，高等教育代理部长宣布，少女和妇女可以接受高等教育，但不能与少年及男人一同学习。由于缺少女性教师，特别是在高等学府，此政策很可能实际上将会剥夺众多女孩和妇女求学的机会。
在一些地区，教导6年级以上男孩或在大学教授男女混合班的女性遭解雇，因为当局不再允许女性教导男性。在阿富汗的许多地区，塔利班官员禁止或限制女性人道主义者的工作权，这一举措可能会使医疗服务和人道援助更加难以取得。塔利班还解僱了几乎所有的女性政府职员。 9月，塔利班的农村发展部仅要求男性重返工作岗位，称女性复职将 “延后”至 “女性工作办法”制定完成。复职的女性则被要求遵守工作场所性别隔离的规定。
在9月，塔利班裁撤妇女事务部，原址改设劝善惩恶部（Ministry for the Propagation of Virtue and Prevention of Vice）。劝善惩恶部有权规范公民的行为，如女性该如何穿着、女性何时可外出或是否可不由男性亲属陪同。塔利班关闭为逃离暴力的妇女所设的收容所；一些收容所妇女被转移到女子监狱。
媒体、言论和集会自由
自年初以来，阿富汗媒体遭受主要来自塔利班愈形严重的威胁。 ISKP也对记者发动了多次致命袭击。
2020年12月21日，加兹尼记者联盟主席拉玛图拉·内克扎德（Rahmatullah Nekzad）于离家步行至当地清真寺途中被射杀。塔利班否认犯案，但内克扎德此前曾受到当地塔利班指挥官的威胁。
ISKP称认于2020年12月10日杀害贾拉拉巴德的艾尼卡斯新闻台（Enikass）节目主持人马拉拉·梅温德（Malala Maiwand）和她的司机穆罕默得·塔希尔（ Mohammad Tahir ）。 2021年3月2日，在贾拉拉巴德发生的两起个别袭击事件中， 3名在艾尼卡斯新闻台为外语新闻配音的女性遭枪杀。
塔利班掌权后，近百分之70的阿富汗媒体机构停业，余者则在胁迫和自我审查下运作。 9月，塔利班当局对媒体和言论自由实施多方面限制，禁止“侮辱国家人物形象”，并严禁可能对“公众态度产生负面影响”的报道。 9月7日，塔利班安全部队拘留了两名每日讯息报（Etilaat-e Roz）的记者，残酷殴打后释放。这两名记者此前致力于报导喀布尔妇女的抗议活动。塔利班于喀布尔接管政权后，拘留了至少32名记者。
从9月2日开始，阿富汗妇女在几个城市举行示威，抗议塔利班侵犯妇女权利的政策。在赫拉特（Herat），塔利班武装人员鞭打抗议者，恣意开枪驱散人群，造成两人死亡，至少八人受伤。塔利班随后禁止未经喀布尔司法部批准的抗议活动。一些抗议活动仍持续进行。
7月6日，前阿富汗政府宣布，“违反国家利益”的新闻广播为非法。 4名在坎大哈史宾波达克调查塔利班占领情况的记者，于7月26日返家后遭前政府的情报机构逮捕。直至8月13日塔利班攻陷坎大哈之后，这4 名记者才被释放。
国际正义与人权侵犯行为调查
9月27日，国际刑事法庭检察官鉴于前政府垮台，向法庭法官提出申请，要求恢复在阿富汗的调查。然而检察官卡里姆·汗（Karim Khan）表示，调查将聚焦塔利班和伊斯兰国，前阿富汗政府部队、美国军方和中央情报局人员涉嫌犯下的罪行暂不调查。
8月24日，应阿富汗和伊斯兰合作组织（Organisation of Islamic Cooperation）的请求，联合国人权理事会举行了一次特别会议，由伊斯兰合作组织协调员巴基斯坦主导，但会谈未能创设新的监督机制。联合国人权理事会常会接着举行，在10月7日通过了一项由欧盟主导的决议，将任派一名阿富汗问题特别报告员，并由“实况调查、法律分析及妇女和女童权利”等领域之专家协助调查。
6月，数名阿富汗证人视讯连线，为前澳大利亚空降特勤队（SAS）军官班·罗伯茨-史密斯 （Ben Roberts-Smith ）控告澳大利亚报社诽谤一案作证。 2018年，《时代报》、《悉尼先驱晨报》和《坎培拉时报》都报导了空降特遣队以及罗伯茨-史密斯涉嫌杀害平民及施暴的行为。澳大利亚调查人员正在调查这些暴行。
主要国际行动者
4月14日，美国总统拜登宣布美军全数撤出阿富汗。加快撤出的计画并不包括撤离曾为美国和北约部队工作、或曾为捐助国资助的专案工作的阿富汗人。
加拿大、欧盟、英国、美国和其他国家撤离了数十万直接与其政府、军队或受其支持的组织合作的阿富汗人。成千上万的阿富汗人处境堪忧——人权捍卫者、妇女权维权人士、记者，以及女同性恋、男同性恋、双性恋和跨性别者，都无法安全撤出阿富汗。虽然欧盟成员国撤离了一些阿富汗人，但截至11月，没有成员国允诺接收更多难民。成员国承诺将提供10亿欧元的人道主义援助。
塔利班掌权后，纽约联邦储备银行切断了阿富汗中央银行提取美元资产的途径。国际货币基金组织阻止阿富汗取得包括特别提款权在内的资金。 8月，捐助国停止世界银行管理的阿富汗重建信托基金（Afghanistan Reconstruction Trust Fund）向阿国拨款，其款项原作公务员薪资用。此举加速了阿富汗的经济崩溃。
9月，联合国安理会授权将联合国驻阿富汗援助团的遣派期延长6个月。援助团须促进阿富汗妇女和女童的权利，并监督、调查和报告可能的人权侵犯行为，但使命能否达成尚未可知。联合国秘书长安东尼奥·古特雷斯将于2022年年初就援助团的未来向安理会提出建议。
截至11月，尚无国家正式承认塔利班政府。 9月，欧盟与塔利班政府交涉，提出五个条件，其一为尊重人权，特别是妇女和女孩的人权，其二为建立一个包容和具代表性的政府。
在9月23日的二十国集团（G20）峰会上，中国外交部长王毅促各国停止对阿富汗经济制裁。他表示中国企盼塔利班政府变得更加开放包容，并吁其 “坚决”打击国际恐怖主义。
截至11月1日，俄罗斯、土耳其和伊朗皆表示除非塔利班能组成一个 “包容的”政府，否则他们不会承认政权。 10月20日，塔利班代表受俄罗斯邀请参加在莫斯科举行的阿富汗问题国际会谈。
巴基斯坦并未承认塔利班政府，但仍呼吁国际社会多与塔利班接触会谈，同时敦促塔利班创建一个更“包容”的政府。
全年，联合国的多项特别程序、各人权条约机构以及人权事务高级专员办事处，皆一再就阿富汗日益恶化的局势商讨因应之道。