塔利班於8月掌權後，阿富汗的困境從延宕經年的武裝衝突，一變而為急速加劇的人權及人道主義危機。塔利班立即壓制女性權利的進展，並限缩媒體自由——兩項2001年後的重建工作之重要成就。大多數女子中學被關閉，女性禁止在大部分的政府機關和許多其他領域工作。塔利班毆打和拘留記者；許多媒體關門，或大幅縮減報導篇幅，原因之一是許多記者已逃離阿富汗。新的塔利班內閣中沒有女性，任命的部長並全都是塔利班內部人員。
在許多城市，塔利班搜尋、威脅、有時拘留或處決前阿富汗國家安全部隊成員、前政府官員或他們的家人。
塔利班於8月15日進佔喀布爾，數以千計的民眾試圖逃離阿富汗，但機場的混亂和暴行導致許多處境危險的阿富汗人無法撤離。
塔利班的勝利使得阿富汗的人道危機惡化成一場浩劫，數百萬阿富汗人由於收入損失、現金短缺和食品價格上漲而面臨嚴重的糧食匱乏。
在政權轉移前的6個月裡，政府軍和塔利班之間爭戰不斷，土製炸彈、迫擊炮和空襲造成的平民傷亡驟增。伊斯蘭國-呼羅珊省支部（Islamic State of Khorasan Province，伊斯蘭國在阿富汗的分支，簡稱ISKP）襲擊學校和清真寺，多次針對少數民族哈扎拉的什葉派信徒。
非法殺害、強迫失蹤、違反戰爭法
聯合國報告指出， 雖然許多事件無人稱認罪責，2021上半年的平民傷亡近百分之40由塔利班部隊造成。傷亡者中近半為婦女和兒童。ISKP的襲擊包括暗殺和數起致命的炸彈攻擊。
許多襲擊鎖定阿富汗哈扎拉什葉派社群。5月8日，喀布爾的塞德舒哈達學校（Sayed al-Shuhada School）發生三起爆炸，至少85名平民死亡（其中42名為女孩，28名為婦女），200多人受傷——絕大多數為哈扎拉人。此次事件無人出面認案，但發生地點是ISKP曾多次襲擊的以哈扎拉人為主社區。10月8日，昆都士省（Kunduz）的一座什葉派清真寺於周五祈禱儀式期間，遭自殺式炸彈攻擊擊，至少72人死亡，140多人受傷；ISKP稱認犯案。3月4日，持槍者在賈拉拉巴德的一家塑料廠射殺了7名哈扎拉工人。
塔利班部隊在幾個省展開報復性殺害，至少數十名前官員和安全部隊人員身亡。塔利班在7月中掌控馬利斯坦（Malistan）和加茲尼（Ghazni）之後，殺害了至少19名被關押的安全部隊人員以及一些平民。塔利班7月攻占史賓波達克（Spin Boldak）後，部隊一路推進，在坎大哈省（Kandahar）殺害了至少44名已投降的前安全部隊成員。據可靠報道，拘留和殺害事件遍及其他省份和喀布爾。
塔利班和ISKP皆蓄意殺害平民，如政府僱員、記者和宗教領袖。2021年1月17日，數名身份不明持槍者射殺了兩名阿富汗高等法院的女法官，並打傷她們的司機。ISKP稱認3月至6月間在楠格哈爾省（Nangarhar）殺害了9名小兒麻痺疫苗接種人員。6月9日，10名人道主義排雷人員在巴格蘭遭持槍者射殺；ISKP稱認犯案。8月，ISKP在喀布爾機場以自殺式炸彈襲擊，造成170名平民死亡，其中包括許多試圖逃出阿國的阿富汗人。
在代孔迪（Daykundi）、烏魯茲甘（Uruzgan）、昆都士和坎大哈等省，塔利班部隊還強行將居民逐出家園，顯然為報復被認為支持前政府的居民。規模最大的驅離行動發生在9月：在烏魯茲甘省吉薩卜區（Gizab）和近鄰的幾處代孔迪省地區，數百戶哈扎拉家庭被迫棄家而逃。
塔利班和阿富汗政府安全部隊任意發射迫擊炮和火箭，導致平民受傷與死亡。2021年上半年，前政府軍空襲造成的平民傷亡比2020年同期增加了一倍以上。1月10日在尼姆魯茲（Nimroz），一起空襲造成 18名平民死亡，其中包括7名女孩、6名婦女和4名男孩；兩名平民男性受傷。
據目擊者稱，8月15日當塔利班進佔喀布爾時，前政府國家安全理事會的一支突擊隊逮捕並處決了12名剛獲釋的囚犯。
8月29日，美國以無人機襲擊一輛據稱滿載炸藥駛往喀布爾機場的汽車。此車駕駛實為一名將撤往美國的非政府組織員工。兩周後，美國國防部承認此襲擊是「慘痛的錯誤」，造成10名平民死亡，其中7名為兒童。
婦女和女童權利
塔利班接掌政權後數周內，當局接連宣布了一連串缩限婦女和女童權利的政策和法規，嚴重限制就業與求學機會以及和平集會的權利。塔利班也搜查知名女性人士，剝奪她們在自家以外的行動自由。
塔利班曾表示支持女孩和婦女接受教育，但在9月18日卻下令恢復上課的中學只能招收男孩。一些省份的女子中學隨後復課，但到了10月，絕大多數的女子中學仍校門深鎖。8月29日，高等教育代理部長宣布，少女和婦女可以接受高等教育，但不能與少年及男人一同學習。由於缺少女性教師，特別是在高等學府，此政策很可能實際上將會剝奪眾多女孩和婦女求學的機會。
在一些地區，教導6年級以上男孩或在大學教授男女混合班的女性遭解僱，因為當局不再允許女性教導男性。在阿富汗的許多地區，塔利班官員禁止或限制女性人道主義者的工作權，這一舉措可能會使醫療服務和人道援助更加難以取得。塔利班還解僱了幾乎所有的女性政府職員。9月，塔利班的農村發展部僅要求男性重返工作崗位，稱女性復職將「延後」至「女性工作辦法」制定完成。復職的女性則被要求遵守工作場所性別隔離的規定。
在9月，塔利班裁撤婦女事務部，原址改設勸善懲惡部（Ministry for the Propagation of Virtue and Prevention of Vice）。勸善懲惡部有權規範公民的行為，如女性該如何穿著、女性何時可外出或是否可不由男性親屬陪同。塔利班關閉為逃離暴力的婦女所設的收容所；一些收容所婦女被轉移到女子監獄。
媒體、言論和集會自由
自年初以來，阿富汗媒體遭受主要來自塔利班愈形嚴重的威脅。ISKP也對記者發動了多次致命襲擊。
2020年12月21日，加茲尼記者聯盟主席拉瑪圖拉·內克扎德（Rahmatullah Nekzad）於離家步行至當地清真寺途中被射殺。塔利班否認犯案，但内克扎德此前曾受到當地塔利班指揮官的威脅。
ISKP稱認於2020年12月10日殺害賈拉拉巴德的艾尼卡斯新聞台（Enikass）節目主持人馬拉拉·梅溫德（Malala Maiwand）和她的司機穆罕默得·塔希爾（ Mohammad Tahir ）。2021年3月2日，在賈拉拉巴德發生的兩起個別襲擊事件中， 3名在艾尼卡斯新聞台為外語新聞配音的女性遭槍殺。
塔利班掌權後，近百分之70的阿富汗媒體機構停業，餘者則在脅迫和自我審查下運作。9月，塔利班當局對媒體和言論自由實施多方面限制，禁止「侮辱國家人物形象」，並嚴禁可能對「公眾態度產生負面影響」的報道。9月7日，塔利班安全部隊拘留了兩名每日訊息報（Etilaat-e Roz）的記者，殘酷毆打後釋放。這兩名記者此前致力於報導喀布爾婦女的抗議活動。塔利班於喀布爾接管政權後，拘留了至少32名記者。
從9月2日開始，阿富汗婦女在幾個城市舉行示威，抗議塔利班侵犯婦女權利的政策。在赫拉特（Herat），塔利班武裝人員鞭打抗議者，恣意開槍驅散人群，造成兩人死亡，至少八人受傷。塔利班隨後禁止未經喀布爾司法部批准的抗議活動。一些抗議活動仍持續進行。
7月6日，前阿富汗政府宣布，「違反國家利益」的新聞廣播為非法。4名在坎大哈史賓波達克調查塔利班占領情況的記者，於7月26日返家後遭前政府的情報機構逮捕。直至8月13日塔利班攻陷坎大哈之後，這4 名記者才被釋放。
國際正義與人權侵犯行為調查
9月27日，國際刑事法庭檢察官鑑於前政府垮台，向法庭法官提出申請，要求恢復在阿富汗的調查。然而檢察官卡里姆·汗（Karim Khan）表示，調查將聚焦塔利班和伊斯蘭國，前阿富汗政府部隊、美國軍方和中央情報局人員涉嫌犯下的罪行暫不調查。
8月24日，應阿富汗和伊斯蘭合作組織（Organisation of Islamic Cooperation）的請求，聯合國人權理事會舉行了一次特別會議，由伊斯蘭合作組織協調員巴基斯坦主導，但會談未能創設新的監督機制。聯合國人權理事會常會接著舉行，在10月7日通過了一項由歐盟主導的決議，將任派一名阿富汗問題特別報告員，並由「實況調查、法律分析及婦女和女童權利」等領域之專家協助調查。
6月，數名阿富汗證人視訊連線，為前澳洲空降特勤隊（SAS）軍官班·羅伯茨-史密斯 （Ben Roberts-Smith ）控告澳洲報社誹謗一案作證。2018年，《時代報》、《雪梨先驅晨報》和《坎培拉時報》都報導了空降特遣隊以及羅伯茨-史密斯涉嫌殺害平民及施暴的行為。澳洲調查人員正在調查這些暴行。
主要國際行動者
4月14日，美國總統拜登宣布美軍全數撤出阿富汗。加快撤出的計畫並不包括撤離曾為美國和北約部隊工作、或曾為捐助國資助的專案工作的阿富汗人。
加拿大、歐盟、英國、美國和其他國家撤離了數十萬直接與其政府、軍隊或受其支持的組織合作的阿富汗人。成千上萬的阿富汗人處境堪憂——人權捍衛者、婦女權維權人士、記者，以及女同性戀、男同性戀、雙性戀和跨性別者，都無法安全撤出阿富汗。雖然歐盟成員國撤離了一些阿富汗人，但截至11月，沒有成員國允諾接收更多難民。成員國承諾將提供10億歐元的人道主義援助。
塔利班掌權後，紐約聯邦儲備銀行切斷了阿富汗中央銀行提取美元資產的途徑。國際貨幣基金組織阻止阿富汗取得包括特別提款權在內的資金。8月，捐助國停止世界銀行管理的阿富汗重建信托基金（Afghanistan Reconstruction Trust Fund）向阿國撥款，其款項原作公務員薪資用。此舉加速了阿富汗的經濟崩潰。
9月，聯合國安理會授權將聯合國駐阿富汗援助團的遣派期延長6個月。援助團須促進阿富汗婦女和女童的權利，並監督、調查和報告可能的人權侵犯行為，但使命能否達成尚未可知。聯合國秘書長安東尼奧·古特雷斯將於2022年年初就援助團的未來向安理會提出建議。
截至11月，尚無國家正式承認塔利班政府。9月，歐盟與塔利班政府交涉，提出五個條件，其一為尊重人權，特別是婦女和女孩的人權，其二為建立一個包容和具代表性的政府。
在9月23日的二十國集團（G20）峰會上，中國外交部長王毅促各國停止對阿富汗經濟制裁。他表示中國企盼塔利班政府變得更加開放包容，並籲其「堅決」打擊國際恐怖主義。
截至11月1日，俄羅斯、土耳其和伊朗皆表示除非塔利班能組成一個「包容的」政府，否則他們不會承認政權。10月20日，塔利班代表受俄羅斯邀請參加在莫斯科舉行的阿富汗問題國際會談。
巴基斯坦並未承認塔利班政府，但仍呼籲國際社會多與塔利班接觸會談，同時敦促塔利班創建一個更「包容」的政府。
全年，聯合國的多項特別程序、各人權條約機構以及人權事務高級專員辦事處，皆一再就阿富汗日益惡化的局勢商討因應之道。