Sumber kemarahan Persekutuan Gereja-Gereja di Kabupaten Jayapura: Tinggi menara masjid Al-Aqsa melebihi semua gedung gereja di daerah Sentani.
Bagi jemaat Al-Aqsa, kabar buruknya, hukum Indonesia tak berpihak pada mereka. Sebuah peraturan bersama menteri tahun 2006 tentang "kerukunan beragama" mengatur bahwa "agama mayoritas" punya kekuasaan hentikan pembangunan rumah ibadah "agama minoritas."
Ironisnya, di Indonesia yang mayoritas Muslim, peraturan tersebut dipakai secara jor-joran buat menghalangi pendirian rumah-rumah ibadah non-Muslim, termasuk gereja-gereja Kristen. Sebut saja kasus jemaat Gereja Kristen Indonesia Taman Yasmin, Bogor. Mereka telah mengantongi izin bangunan gereja pada 2003 tapi tak dapat melakukan apa-apa ketika umat Muslim di Bogor menghambat pembangunan dan pada akhirnya membuat pemerintah Bogor menutup paksa gereja tersebut. Sekalipun menang di pengadilan—dari pengadilan negeri Bogor sampai Mahkamah Agung pada 2010—pemerintah kota Bogor tak mau mematuhi keputusan itu dan GKI Yasmin tetap tak bisa dibangun.
Bagaimana pun, Papua adalah kawasan mayoritas Kristen, maka umat Kristen punya kekuasaan legal untuk menolak pembangunan atau renovasi rumah-rumah ibadah non-Kristen. Kasus masjid Al-Aqsa mengungkapkan racun PBM 2006. Ia melanggar kemerdekaan beragama dan membiarkan umat minoritas disandera kemauan-kemauan diskriminatif tetangga mereka yang "mayoritas."
PBM 2006 mengatur agar setiap daerah di Indonesia, baik provinsi maupun daerah tingkat dua, mempunyai Forum Kerukunan Umat Beragama. Ia merupakan badan penasehat kepala daerah. Komposisi anggotanya harus "proporsional" disesuaikan dengan populasi agama di setiap daerah. Tugasnya, memberi atau tak memberi izin pendirian rumah ibadah. Artinya, FKUB memungkinkan agama mayoritas melakukan veto pendirian rumah-rumah ibadah agama minoritas.
Ia hanya satu dari sekian banyak aturan diskriminatif yang merintangi kebebasan beragama kalangan minoritas di Indonesia. Aturan lainnya adalah pasal penodaan agama tahun 1965 dalam Kitab Undang-undang Hukum Pidana. Pasal ini mengancam hukuman terhadap penodaan ajaran enam agama yang dilindungi aturan tersebut —Islam, Protestan, Katolik, Hindu, Buddha, dan Konghucu—dengan penjara maksimum 5 tahun. Ada pula aturan menteri tahun 2008 tentang Ahmadiyah, yang menetapkan dakwah dari kalangan Muslim Ahmadiyah sebagai tindak pidana.
Berbagai aturan tersebut bisa terselenggara berkat infrastruktur pemerintah Indonesia yang mendukung dan melanggengkan diskriminasi, termasuk Kementerian Agama, Badan Koodinasi Pengawas Aliran Kepercayaan Masyarakat (Bakor Pakem) di bawah Kejaksaan Agung, Forum Kerukunan Umat Beragama dan Majelis Ulama Indonesia (MUI), organisasi semi-pemerintah. MUI menggerus kebebasan beragama dengan cara memanfaatkan kekuasaannya guna mendesak agar para "penista Islam” diadili. Salah satu contoh terkenal dari keputusan MUI adalah kasus Gubernur Jakarta Basuki Purnama. Di Papua, yang didominasi populasi Kristen, infrastruktur diskriminatif tersebut tentu termasuk Persekutuan Gereja-gereja Jayapura.
Tuntutan PGGJ tak sekadar pembongkaran menara masjid Al-Aqsa. Dari sekian banyak tuntutan dalam daftar, mereka minta pemerintah menindak "toa berisik" yang menyiarkan azan setiap hari, membatasi gerak para pendakwah Islam di Papua, serta membatasi pembangunan masjid dan musala di fasilitas-fasilias pemerintah.
Pemerintah kabupaten Jayapura menanggapi ultimatum itu dengan membentuk sebuah team enam orang: tiga Muslim dan tiga Kristen. Mereka datang dari berbagai organisasi pemerintah dan non-pemerintah. Bupati Jayapura Mathius Awoitauw menugaskan mereka menjembatani perundingan antara PGGJ dan jemaat masjid Al-Aqsa. Sejak Maret, mereka telah mengadakan sejumlah pertemuan tertutup, namun belum mengumumkan hasilnya.
Di Jakarta, Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia (PGI) –organisasi nasional yang memayungi gereja-gereja Protestan—dan MUI melakukan pertemuan buat menyelesaikan perkara tersebut. Menurut seorang juru bicara MUI, kedua organisasi sepakat agar minoritas Muslim di Papua menghormati tuntutan mayoritas Kristen selama tuntutan itu pantas. Adapun tuntutan yang dianggap pantas antara lain mengurangi tinggi menara Al-Aqsa dan membatasi volume suara toa masjid. Artinya, tuntutan PGGJ agar pembangunan menara Al-Aqsa dihentikan dan dibangun kembali dengan tinggi yang tak menyinggung para anggota PGGJ bakal terpenuhi.
Kovenan Internasional tentang Hak-Hak Sipil dan Politik yang diratifikasi Indonesia pada 2005 menyatakan: "Orang-orang yang merupakan bagian dari ... kaum minoritas berhak berkumpul dengan sesama anggota kelompoknya, menikmati kebudayaan mereka, serta memeluk dan mengamalkan agama mereka." Presiden Joko Widodo semestinya meletakkan kebebasan beragama sebagai asas fundamental pemerintahannya dan menjamin bahwa para abdi negara tak mendorong kesewenangan terhadap kaum agama minoritas. Kasus Jayapura ini seharusnya jadi kesempatan buat melakukan pendidikan publik bahwa peraturan mayoritas-minoritas ini ternyata alat hukum untuk diskriminasi kaum beragama minoritas, dan ia menggerogoti, bukannya memperkokoh, kebhinekaan Indonesia.
