Ως πρόεδρος του Ελληνικού Φόρουμ Προσφύγων (ΕΦΠ), ο Muhammadi διασφαλίζει ότι οι ανάγκες και τα δικαιώματα των προσφάτως αφιχθέντων αιτούντων άσυλο, μεταναστών και προσφύγων, βρίσκονται στο επίκεντρο των διαλόγων υψηλού επιπέδου στην Ελλάδα και σε άλλα μέρη της Ευρώπης. Ήταν ανάμεσα στους πρώτους που επεσήμαναν την ανησυχητική έκταση της ξενοφοβικής βίας στην Ελλάδα και που άσκησαν πιέσεις για τη λογοδοσία των δραστών τέτοιου είδους πράξεων. Είναι επίσης προσηλωμένος στην προάσπιση των δικαιωμάτων των γυναικών και υπηρετεί ως πρεσβευτής της Λευκής Κορδέλας (White Ribbon), μίας από τις μεγαλύτερες ανδροκρατούμενες εκστρατείες με σκοπό την εξάλειψη της βίας κατά των γυναικών.
Ο Muhammadi πραγματοποιεί δράσεις δρόμου και υπεράσπισης με στόχο να ενημερώνει τους πρόσφυγες για τα δικαιώματα και τις υποχρεώσεις τους στην Ελλάδα, να εξασφαλίζει πρόσβαση σε ιατρικές υπηρεσίες, καθώς και να καλύπτει κενά στις ανεπαρκείς συνθήκες υποδοχής και να συμβάλλει στην αντιμετώπιση των εμποδίων ένταξης και των άθλιων συνθηκών κράτησης. Το ΕΦΠ άσκησε επιτυχώς πιέσεις στο ελληνικό Υπουργείο Παιδείας το 2010 ώστε να επιτρέψει σε παιδιά χωρίς έγγραφα να φοιτήσουν στο σχολείο, ενώ επίσης πέρυσι άσκησε πίεση στην ελληνική κυβέρνηση για τη δημιουργία ενός ξενώνα για εκατοντάδες οικογένειες από το Αφγανιστάν. Η αφοσίωση του Muhammadi αποκτά ολοένα και μεγαλύτερη σημασία, καθώς από το 2015 έχουν καταφθάσει στην Ελλάδα περισσότεροι από 1 εκατομμύριο αιτούντες άσυλο και μετανάστες, κυρίως από τη Συρία και το Αφγανιστάν.
Η Human Rights Watch τιμά τον Yonous Muhammadi για το ακλόνητο θάρρος και την προσήλωσή του στην προστασία των δικαιωμάτων των προσφύγων, των αιτούντων άσυλο και των μεταναστών στην Ελλάδα και σε ολόκληρη την Ευρώπη.
