对平民的骇人攻击，自2013年12月中旬南苏丹爆发新战事后的24小时内就已开始。成千上万平民惨遭杀戮，主要城镇大部分遭到劫掠、摧毁和废弃，连诊所、医院和学校等民生基础建设都未能幸免。估计150万人被迫逃离家园；10万人迄今住在联合国营区，不敢回家。南苏丹独立三年后，和平谈判在埃塞俄比亚（衣索比亚）进行的同时，饥荒已现端倪，冲突仍在持续。
这波冲突起因于政治紧张情势日益升高下，効忠丁卡族（Dinka）总统萨尔瓦・基尔（Salva Kiir）的士兵，与効忠努尔族（Nuer）前副总统里克・马查尔（Riek Machar）的士兵在首都朱巴发生战斗。基尔坚称这次暴力事件是马查尔的政变阴谋，但现已成为苏丹人民解放运动／军反对派（Sudan People’s Liberation Movement/Army-in Opposition）领导人的马查尔否认这项指控。
苏丹数十年内战期间的暴力行为未受问责，助长了这次冲突。军方和政治领导人都没有认真约束其麾下部队的侵权行为，也没有追究其责任。
对平民人身和财产的攻击
从12月中旬到4月中旬这段期间，双方武装部队常常仅因族群身分便攻击平民，杀害了数百人，同时还掠夺并毁坏平民财产。这些罪行已构成战争罪，有些案例并可能构成危害人类罪。
在政府军和努尔族叛军12月15日在朱巴的战斗之后，政府军对朱巴的努尔族居民进行了残暴镇压，包括针对性的杀戮、逐户搜索、大规模逮捕、非法将数百名男性拘押于恶劣环境并加以虐待和酷刑。人权观察纪录到60次以上针对一人或多人的法外杀人。其中最惨重的一次，政府军于12月15日夜晚到次日之间围捕200到400名努尔族男性，将他们关进古德勒（Gudele）区一栋房屋后加以屠杀，只留下13个活口。
这场冲突迅速蔓延到琼莱（Jonglei）、上尼罗（Upper Nile）和团结（Unity）等州。琼莱州以丁卡族占多数的博尔市（Bor）在战事最初两个月内四度易手。在1月前两周，彼得・盖迪特（Peter Gadet）将军指挥反对派部队针对博尔的市民进行普遍攻击和杀戮。其中一次，反对派战士在一座教堂里杀死了14名妇女。
上尼罗州的马拉卡尔县（Malakal）于12月到4月之间六度易手。双方部队均进行逐户搜索，通常仅以族群身分为由任意逮捕和杀害许多平民。在2月的一次残暴攻击中，反对派部队杀害马拉卡尔医院中的平民，并攻击教堂。在团结州的本提乌市（Bentiu），政府军1月夺回该地后杀害了部分平民；4月，反对派部队又进攻本提乌，屠杀数百名平民，还对清真寺和医院进行残酷攻击。
在联合国驻南苏丹特派团（UNMISS）基地避难的平民也难逃攻击和杀戮。2013年12月19日，在琼莱州的阿科博镇（Akobo），一群武装的努尔平民偕同保安部队攻击联合国基地，杀害20多名丁卡族男性和两名维和部队士兵。4月17日，一大群丁卡族青年和武装分子，其中部分身穿政府军或警察制服，攻击博尔市联合国基地，杀死至少53人，死者多属努尔族，另有多人受伤。政府既没有调查这些杀人事件，也没有阻止其它对联合国基地避难民众的骚扰和攻击。
双方部队都对普遍摧毁和掠夺平民财产负有责任。在朱巴，政府军在冲突最初几天内抢劫了多处居民区，特别是努尔人的住宅。反对派部队则在博尔进行劫掠，然后在1月摧毁当地市场，以及许多民宅及诊所等其它建物。政府军和反对派部队双方都曾抢劫本提乌和马拉卡尔的援助机构办事处、市场和银行，使当地成为无人废墟。在团结州，政府军与苏丹叛军正义平等运动（Justice and Equality Movement）共同在1月到2月发动攻势，劫掠并烧毁许多村庄和里尔镇（Leer）的大部分，导致当地食物短缺。截至2月底，世界粮食计划署（World Food Programme）共被抢走4,700吨粮食，造成援助行动受阻。
许多医疗设施遭到攻击，进一步削弱当地原本极为有限的医疗资源，导致其中许多已困在牢中的性暴力受害者和社会心理障碍者更难获得所需服务。
徵募和使用童兵
政府军和反对派部队双方均使用童兵作战。反对派部队1月在本提乌、后来在团结州其它地区强迫儿童入伍。联合国秘书长关于儿童与武装冲突的最新报告指出，与反对派结盟、俗称“白军（White Army）”的努尔族战士据报徵召了数千名儿童。
政府也在本提乌前线部署童兵，防御反对派8月发动的攻势。政府和反对派双方除了和联合国签署终结童兵的协议之外，几乎没有采取任何行动去结束这种恶劣的做法。根据联合国人道事务协调办公室（Office for the Coordination of Humanitarian Affairs），截至本文撰稿时，南苏丹有35所学校遭到武装部队占领。
表达自由的限制
南苏丹政府尤其是国家安全局（National Security Service）的滥权作为，自南苏丹独立起即侵蚀表达自由，如今更因冲突而加剧。保安部队骚扰、恐吓且任意拘押记者；关闭一家报社；停止一家广播电台播音；并数度扣押或没收整批报纸。南苏丹新闻部长米歇尔・马库埃（Michael Makuei）一再口头禁止记者采访反对派人士，扬言要惩罚这种“煽动分子”。
立法进展
9月，基尔总统簽署经南苏丹立法会议（Legislative Assembly）通过的《反酷刑公约》和《非洲人权与民族权利宪章》。南苏丹还批准了《消除一切形式对妇女歧视公约》和《儿童权利公约》，尽管截至本文撰稿时，南苏丹尚未将所有批准文书存放于联合国以完成南苏丹成为上述各项人权条约缔约国的程序。基尔并签署遭立法会议搁置多年的信息权利法等三项媒体法案，使之生效。
一部对国安局权力加以定义和限制的法案，10月由立法会议在争议中通过后，直至本文撰稿时尚未获总统签署生效，该法案赋予国安局官员与警察同等的逮捕和拘押权力，但并未明定可用于拘押的地点，也未保障享有基本正当法律程序的权利，例如获得律师帮助或在合理时间内受审。该法授权国安局官员执行监视和搜索、查封财产，但缺乏明确的司法监督。另一等待生效的法案旨在监督非政府组织，将限制这些组织只能从事政府明文许可的活动。
问责性与司法正义
南苏丹政府尚未对其属下部队侵权行为问责，也未曾展现追究其责任的意志。就人权观察所知，反对派未曾调查或处分任何侵权部队。总统于1月成立委员会调查杀戮和侵权事件，但迄未发布结果。许多受害者不敢向该委员会提供信息，因为它缺乏独立性，而且没有明确机制保护受害者和目击证人。
南苏丹军方和警方曾就保安部队2013年12月在朱巴杀人的部分案件进行调查，据官员表示其调查结果包含涉嫌加害者的姓名，但调查结果迄未公布。至少有11名涉案人员被捕，但他们在3月一场枪战中逃出军事看守所。朱巴军事法庭审理了一些抢掠案件，但没有任何杀人案件被起诉。
南苏丹人权委员会（South Sudan Human Rights Commission）3月发布暂时报告，记载部分侵权行为，并呼吁政府加速调查涉嫌加害者。
主要国际行动者
政府间发展组织（Intergovernmental Authority on Development，简称IGAD）2013年12月负起斡施角色，派出特使在埃塞俄比亚首都亚的斯亚贝巴主持和谈。1月，冲突双方签定中止敌对协议，禁止攻击平民或平民财产，但旋即遭到违反。IGAD已派遣工作组，监督该协议的履行状况。
IGAD成员之一乌干达于2013年12月派兵援助南苏丹政府，导致IGAD的公正性受到质疑。2月，博尔市附近发现新的集束炸弹物证，可能是政府军或乌干达援军所使用。
美国、英国、挪威、中国和欧盟均派出代表出席和谈或为其提供经费。5月，美国对反对派指挥官彼得・盖迪特和政府军总统卫队首脑马里奥・查努昂（Marial Chanuong）实施制裁，其后又将另两名将领加入制裁名单。7月10日，欧盟对盖迪特和政府军苏丹人民解放军指挥官桑提诺・登恩（Santino Deng）实施旅行禁令和资产冻结。非洲联盟和平与安全理事会2013年12月表示，非盟倾向对侵犯人权或煽动暴力的南苏丹领导人“采取包括针对性制裁在内的适当措施。”
UNMISS向逃避战乱的平民敞开大门，其基地已收容逾十万平民。然而，联合国维和部队迄今无法防范平民在其基地附近遭遇的多番攻击。4月博尔基地遇袭时，维和部队作出迅速军事反应，可能因此避免了部分伤亡。
由尼日利亚前总统奥卢塞贡・奥巴桑乔（Olusegun Obasanjo）领导，负责调查严重违法罪行并提出问责建议的非洲联盟南苏丹调查委员会（AU Commission of Inquiry in South Sudan，简称AUCISS）预计在2014年底前发布报告。联合国秘书长也在9月南苏丹问题高阶部长会议中强调，任何和平协议都必须排除对重大罪行的特赦。
2013年12月24日，联合国安全理事会授权增派5,500名维和部队，使其派兵总数达到12,500人。5月，安理会改变该特使团职权，使其著重于保护平民、监测人权、调查并定期公布报告。截至2014年10月，UNMISS在南苏丹已驻有近10,500名维和士兵。
UNMISS人权组5月发布报告指出，有“合理依据”可以相信危害人类罪行已经发生。该报告建议，任何国内司法程序“应通过特别或混合法庭在国际协助下实施”，以确保问责性，并有助于国内机构的能力建设。