2017年，南苏丹内战进入第四年，战事蔓延全国，包括上尼罗河州、西加扎勒河州和赤道各州都被卷入，政府军惯以残暴手段遂行反恐怖主义作战。政府持续限制媒体、压制异见、非法拘捕被疑为反对派民众。
冲突爆发以来，境内流徙者几近2百万人，另有2百万人逃往邻国避难，其中1百万人滞留乌干达。逾23万人在国内六个联合国基地避难。原团结州的交战地带上半年被宣告为饥荒地区。
2013年12月开始的内战，起因于总统基尔（Salva Kiir）和前副总统马查尔（Riek Machar）之间的政争。双方曾在2015年8月签订权力分享协议，但战事并未因此停歇；2016年7月，战火自首都朱巴重燃后，马查尔去国流亡至今。
内战双方的暴行都已构成战争罪，包括掠夺、对平民无区别攻击和毁损财物、任意逮捕及拘押、殴打与酷刑、强迫失踪、强奸和集体强奸、以及法外处决。某些暴行可能同时构成危害人类罪。
缺乏问责为暴行火上添油，2015年和平协议中规定应成立的混合法庭却进展缓慢。美国已于9月对三名政府官员实施制裁。
攻击平民
各式各样人权侵犯都发生在原上尼罗河、琼莱、西加扎勒河和赤道各州的交战期间。
从1月起，政府军在上尼罗河州发动一系列攻势，士兵进攻希鲁克（Shilluk）地区各村镇，对平民烧杀掳掠，迫使当地数万居民逃往反对派控制区或邻国苏丹。许多人受困于科多克（Kodok）镇以北的阿布诺奇（Aburoc）镇。琼莱州帕加克（Pagak）镇及周边地区的战事迫使数千人逃往埃塞俄比亚。
4月，经历瓦乌（Wau）镇战役及反对派伏击之后，政府军对乌瓦镇的弗尔提特人（Fertit）和卢欧人（Luo）发动进攻，至少杀死16人，迫使数千人逃到联合国维和任务团基地旁的流徙者营地暂时栖身。
同月，政府军士兵进攻东赤道州帕约克（Pajok）镇，至少杀死平民14人。直到年底，政府军在赤道各州均实施高度侵犯人权的反恐行动，导致数十万人逃往乌干达。
联合国已将南苏丹列入全世界对援助工作者最危险地区的名单──自2013年12月内战爆发迄今，因公死亡人数至少已达83人，仅2017年就丧生16人。3月，开往皮博尔（Pibor）镇的车队遭遇伏击，造成六名援助工作者死亡。9月，国际红十字会的一名驾驶员在原西赤道州遇害，迫使该组织暂停在当地任务。交战双方都对援助工作加以阻挠──尤以被宣告饥荒的团结州和上尼罗河州为甚──人道援助和其他有价物资曾在数十处不同地点遭武力劫夺。
性暴力
政府军和反对派战斗员都曾多次在不同地点对平民施加性暴力，尤其在原中赤道州的叶伊（Yei）和卡约克吉（Kajo Keji）等地附近。
4月，联合国秘书长关于与冲突有关的性暴力报告特别强调，过去两年南苏丹男性军警人员所犯性暴力案件急剧增加，显见其频率与冲突持续时间成正比。
士兵性暴力行为并未受到认真追究。2016年7月国际人道组织员工住宿区遇袭，政府军士兵被控强奸多名外国援助工作者，全案至今仍在法院审理中。
任意拘押和强迫失踪
8月，南苏丹有关当局宣布自5月以来已释放30名政治犯；但在赤道各州战事中，安全部队仍继续拘捕、拘押任何疑似反政府人员。据人权观察记录，政府军在内战爆发后实施的任意拘押、虐待和酷刑已形成模式。
2017年1月，知名律师、人权活动家和公民社会领袖萨缪尔（Dong Samuel）以及反对派人道事务官员伊德里（Aggrey Idri）在肯尼亚首都内罗毕遭绑架和拘押、并强迫遣返南苏丹。肯尼亚和南苏丹两国有关当局均表示不知两人命运，但可靠信息源告诉人权观察，前述两人现被拘押于南苏丹。他们的案件构成国际法绝对禁止的强迫失踪。
马查尔叛乱集团前发言人、具有难民地位的达科（James Gadet Dak）因公然批评政府而遭检控。2016年底，肯尼亚违反国际难民保护制度将其强制遣返。他目前被拘押在朱巴。
限制言论自由
有关当局骚扰、拘押并讯问新闻媒体编采人员。7月，国营电视台台长因未播出总统演说而被捕。同月，当局以发布“颠覆”言论为由阻断四家网站。9月，前报社编辑波尔（Nial Bol）向媒体表示，他在朱巴的住所遭两名政府军士兵闯入攻击，他本人幸免于难。
南苏丹当局限制国际新闻记者报导该国内战，包括拒绝核发签证或记者证，指控记者发表批评政府文章。政府并切断多家独立新闻网站，包括《苏丹论坛网》（Sudan Tribune）。
8月，随同反对派叛军采访的美国记者在靠近乌干达边界的卡雅（Kaya）镇阵亡。事后，南苏丹政府一度指控他加入叛军作战。
政治和立法进展
2015年和平协议实际上执行受阻，政府以高压手段使反对者噤声。1月，在颁令创建28州引发争议一年后，总统基尔又新创四个州，使全国被划为32个州。创建新的州级行政区导致多个地区的族群关系紧绷。
3月，总统基尔开除支持前副总统马查尔的国会议员，换上効忠盖伊（Taban Deng Gai）的人马。盖伊是他在2016年7月建立过渡团结政府时任命的第一副总统。马查尔迄撰稿时仍在流亡中。
5月，基尔解除武装部队总参谋长马龙（Paul Malong）的职务，将他软禁在朱巴。后因政府军和马龙卫队相持不下，马龙于11月获准出国。已于2月请辞的前副参谋长齐里洛（Thomas Cirillo）中将指控政府“族群清洗”，组建另一支武装反叛运动“民族解放阵线”（National Salvation Front），在中赤道州对抗苏丹人民解放运动－反对派（Sudan People's Liberation Movement-in-Opposition）武力。
基尔5月宣布启动全国对话进程，不顾其他拒绝参与对话的主要反对派人物的抗议。基尔同时宣布2018年举行大选的计划，此次选举原定在2017年举行，但联合国和非洲联盟均警告该国陷于内战且条件不足以支持自由、公平的选举。
问责和司法正义
政府并未尽力阻止普遍针对平民的虐待，亦未调查加害者及指挥者。内战开始至今，政府对暴力事件的调查几乎从未导致人权侵犯得到可靠的检控。
军方已成立军事法庭，审判2016年7月在朱巴攻击国际人道组织住宿区，犯下集体强奸等罪行的13名士兵。这次审判将是南苏丹政府是否坚持问责人权侵犯的试金石。
7月，南苏丹和非洲联盟官员在朱巴就筹设混合法庭展开会谈，为该国内战期间最严重犯罪寻求司法正义迈出正确一步，但还有很多工作必须完成。政府已与非盟签订备忘录，但截至撰稿时尚未同意法院组织章程。
主要国际行动者
6月，东非政府间开发组织（Inter-Governmental Authority on Development）开始努力让2015年《南苏丹冲突解决协议》“恢复活力”。此一协议当年是由该组织斡旋，并获美、英、挪威和欧盟支持签订。
同时，乌干达总统穆塞韦尼（Yoweri Museveni）也在努力团结执政党“苏丹人民解放运动”，尽管多名反对派人物拒不参加。
3月，联合国人权理事会延长并强化南苏丹人权委员会（Commission on Human Rights in South Sudan）的职权，要求它以落实问责为目标收集证据、认定侵权责任。联合国南苏丹特派团（UNMISS）已在六处地点收容平民逾23万人，创下危机开始迄今最多人数纪录。
联合国安理会2016年夏天通过成立的“区域保护部队”（Regional Protection Force），自8月起部署保护朱巴地区。
9月，美国对三名政府官员实施制裁：前总参谋长、副总参谋长和新闻部长。美国并制裁三家由前副总统马查尔拥有或控制的公司，同时还警告该国将遭受联合国制裁和联合国武器禁运。然而，俄、中两国，以及包括非洲国家在内的安理会其他成员国，都反对这种想法，11月，加拿大也对同样三名政府官员实施制裁。
5月18日，欧洲议会通过谴责南苏丹暴行的决议，包括性暴力和征用童兵，呼吁问责、支持建立混合法庭。欧洲议会呼吁欧盟考虑实施国际武器禁运。欧盟对外三人小组（Troika）和欧盟则谴责政府暴行。