Joko Widodo, biasa disapa "Jokowi," mulai memimpin pada 20 Oktober 2014, setelah menang pemilihan presiden 9 Juli. Ini pemilu bersejarah; Widodo presiden Indonesia pertama yang bukan berlatar belakang militer maupun dari keluarga elite.

Fokus kampanye Widodo pada isu ekonomi, namun ia berkomitmen pada beberapa isu hak asasi masa yang diwarisinya, termasuk janji menyelidiki penghilangan paksa 13 aktivis pro-demokrasi tahun 1998 pada hari-hari terakhir kediktatoran Suharto serta mencabut pembatasan akses wartawan asing ke Papua dan Papua Barat. Hingga kini, komitmen itu belum jelas, serta belum ada langkah mencapainya.

Pendahulu Jokowi, Susilo Bambang Yudhoyono, selama 10 tahun memimpin, lebih banyak gagal, kehilangan kesempatan, daripada keberhasilan dalam hak asasi manusia. Pemerintahan Yudhoyono bikin sedikit kemajuan dalam mengakhiri impunitas pelanggaran HAM masa lalu; gagal melindungi hak-hak minoritas agama di Indonesia dari pelecehan, intimidasi, maupun kekerasan militan Islamis; membiarkan formalisasi syariah Islam yang langgar hak perempuan, kaum LGBT, serta kaum minoritas; dan gagal mengatasi pelanggaran HAM yang terus terjadi di Papua.

Kebebasan Beragama
Menurut Setara Institute, organisasi yang memantau kebebasan beragama, terdapat 230 penyerangan terhadap minoritas agama di Indonesia pada 2013 dan 107 kasus hingga November 2014. Hampir semua pelaku berasal dari militan Sunni; korban dari kalangan Ahmadiyah, Kristen, Syiah, Muslim Sufi, dan kepercayaan lokal.

Sepanjang 2014, dua jemaat Kristen di pinggiran Jakarta—GKI Yasmin dan HKBP Filadelfia—terpaksa beribadah di rumah pribadi karena pemerintah gagal menjalankan keputusan Mahkamah Agung, yang memerintahkan pemerintah daerah mengeluarkan izin bangunan untuk GKI Yasmin dan HKBP Filadelfia. Aturan nasional, termasuk keputusan menteri tentang pembangunan rumah ibadah dan keputusan soal Ahmadiyah, menciptakan diskriminasi terhadap kaum minoritas agama serta meningkatkan intoleransi di Indonesia.

Pada 29 Mei, militan Islamis dengan pakai kayu dan pipa besi menyerang rumah penerbit buku Julius Felicianus di Yogyakarta ketika keluarganya sedang bikin acara doa. Serangan mengakibatkan tujuh orang terluka, patah tulang serta luka di kepala. Polisi tangkap pemimpin serangan, namun kemudian membebaskannya setelah pemerintah setempat menekan Felicianus dengan tekanan "kerukunan beragama."

Pada 1 Juni, militan Islamis menyerang sebuah gereja Pentakosta yang memakai rumah biasa di desa Pangukan di Sleman, Jawa Tengah. Polisi tangkap penyerang namun juga mengajukan tuntutan pidana terhadap pendeta Nico Lomboan, pemilik rumah, dengan tuduhan melanggar peraturan soal penggunaan rumah pribadi buat kegiatan keagamaan.

Yudhoyono mengutuk kekerasan sektarian Islamic State in Iraq and Syria (ISIS) namun ia mengabaikan pelecehan, intimidasi, dan kekerasan militan Islam terhadap minoritas di Indonesia, dengan klaim bahwa hal itu "bisa dimengerti mengingat kadang-kadang pasti ada konflik antara kelompok berbeda."

Bulan Juli, Menteri Agama Lukman Saifuddin mendukung para pengikut Bahai bisa mendapat KTP, surat nikah, serta dokumen resmi lain yang menyatakan identitas mereka sebagai Bahai. Namun Menteri Dalam Negeri Gamawan Fauzi menolak usul Saifuddin, dengan alasan ia hanya bisa mengeluarkan dokumen untuk satu dari enam agama yang diakui oleh hukum Indonesia: Islam, Protestan, Katolik, Hindu, Buddha, dan Konghucu. Fauzi menyarankan penganut Bahai pilih salah satu.
 
Pada 4 September, lima mahasiswa hukum dari Universitas Indonesia mengajukan gugatan kepada Mahkamah Konstitusi, menuntut pencabutan satu bagian UU Perkawinan tahun 1974 yang melarang pernikahan antar-agama. Mereka menyatakan pasal tersebut mendiskriminasi pasangan beda agama.

Papua
Papua (merujuk pada Provinsi Papua dan Papua Barat) tetap tegang pada tahun 2014 ketika pasukan keamanan terus bikin operasi terhadap gerakan Organisasi Papua Merdeka. Pada 28 Juli, media Indonesia melaporkan dugaan gerilyawan OPM membunuh dua polisi dan melukai dua lainnya di kampung Indawa, Kabupaten Lanny Jaya.

Oktober lalu, menurut  Orang Papua di Balik Jeruji, setidaknya 68 orang dipenjara maupun menunggu sidang karena aksi damai pro-kemerdekaan.

Polisi menangkap wartawan Perancis, Valentine Bourrat dan Thomas Dandois, pada 6 Agustus di Wamena dengan tuduhan bekerja tanpa visa wartawan saat bikin dokumenter untuk Arte TV. Areki Wanimbo, kepala suku Lanny Jaya, narasumber kedua wartawan tersebut, juga ditangkap. Juru bicara polisi awalnya berkata kedua wartawan akan dikenakan dakwaan “makar” namun akhirnya mereka hanya didakwa dan dihukum soal pelanggaran imigrasi pada 24 Oktober. Mereka meninggalkan Papua tiga hari kemudian setelah menyelesaikan masa tahanan 2.5 bulan. Wanimbo masih ditahan hingga kini, didakwa makar tanpa dasar yang jelas, dan segera menghadapi pengadilan.

Pada 26 Agustus, Martinus Yohame, ketua Komite Nasional Papua Barat di Sorong, ditemukan tewas dalam karung di laut, seminggu setelah ia hilang menjelang kunjungan Presiden Yudhoyono. Yohame sebelumnya bicara dengan kedua wartawan Perancis.

Meski Jokowi janji buka akses Papua kepada jurnalis asing, namun seperti disebutkan di atas, kabinetnya juga mengusulkan pemekaran Papua, dari dua menjadi empat provinsi dan mendorong transmigrasi ke Papua, yang akan menambah ketegangan di Papua.

Hak atas Tanah
Kementerian Kehutanan tahun 2014 masih memberikan hutan yang dikelola masyarakat adat, yang masuk dalam konsesi hutan negara, kepada perusahaan kayu dan perkebunan. Pada Mei 2013, Mahkamah Konstitusi membatalkan sebuah pasal dalam UU Kehutanan tahun 1999 yang memberikan kewenangan tersebut.

Pada Oktober 2014, Presiden Widodo menggabungkan Kementerian Pertanian dan Badan Pertanahan Nasional menjadi satu, juga untuk Kementerian Kehutanan dan Kementerian Lingkungan Hidup. Para aktivis berharap penyatuan tersebut meningkatkan efisiensi, mengurangi korupsi, dan memungkinkan pengawasan pemerintah lebih efektif untuk masalah tanah.

Kebebasan Berekspresi
Pemerintah Indonesia terus menangkap pengunjuk rasa yang menaikkan bendera separatis. Pada 25 April, polisi Ambon menangkap sembilan orang yang bikin acara doa peringatan “deklarasi kemerdekaan” Republik Maluku Selatan tahun 1950. Mereka didakwa makar dan sampai November masih diadili.

Pada 30 Agustus, Florence Sihombing, mahasiswa Universitas Gadjah Mada, ditangkap atas tuduhan pencemaran nama baik setelah menyebut kota Yogyakarta "membosankan” dan “sucks” di media sosial Path. Polisi membebaskan Sihombing pada 1 September sesudah pihak universitas bersedia kasih sanksi akademik. Pada 9 September, Sihombing diskors satu semester.

Pada 30 Agustus, Adrianus Meliala, anggota Komisi Nasional Kepolisian Republik Indonesia, resmi minta maaf karena menyebut kepolisian korup dalam sebuah wawancara televisi. Meliala minta maaf sesudah diancam pidana pencemaran nama baik oleh Kapolri Jenderal Sutarman.

Tanggal 15 Agustus, polisi menahan jurnalis Aprila Wayar dari Tabloid Jubi karena memotret polisi sedang memukul sembilan demonstran dengan popor senapan di Universitas Cenderawasih, Jayapura. Polisi membebaskan Wayar, menyerahkan kembali foto-fotonya, beberapa jam kemudian.

Reformasi Militer dan Impunitas
Aparat keamanan, yang bertanggung jawab atas pelanggaran hak asasi manusia, tetap menikmati kekebalan hukum. September 2014 menandai ulang tahun ke-10 pembunuhan pengacara hak asasi manusia Munir Said Thalib. Dia diracun dalam penerbangan Garuda Indonesia pada 7 September 2004. Meski bukti kuat menunjukkan pembunuhan Munir melibatkan lebih dari sekedar tiga orang yang sudah dihukum, namun Yudhoyono gagal mewujudkan janjinya membawa dalang dari Badan Intelijen Negara ke pengadilan.

Parlemen gagal mengubah UU Pengadilan Militer tahun 1997 meski pemerintahan Yudhoyono sudah mengajukan rancangan undang-undang baru pada Februari lalu. UU Pengadilan Militer secara luas memberikan impunitas kepada tentara yang terlibat pelanggaran hak asasi manusia dan kejahatan lain. Jika disetujui, amandemen itu akan membuka jalan bagi tentara untuk diadili di pengadilan sipil.

Tak ada kemajuan berarti bagi pelanggaran oleh aparat keamanan selama 32 tahun pemerintahan Soeharto, termasuk pembunuhan massal 1965-1966, kekejaman operasi militer di Aceh, Timor Timur, dan Papua, pembunuhan di Kalimantan, Lampung, Tanjung Priok, dan kasus-kasus menonjol lain.

Hak Asasi Perempuan dan Anak
Peraturan diskriminatif terhadap perempuan dan anak terus meningkat pada 2014. Komnas Perempuan melaporkan, pada Agustus, bahwa pemerintah pusat dan daerah telah mengeluarkan 23 peraturan diskriminatif baru selama tahun 2014.

Kini Indonesia memiliki 279 peraturan diskriminatif terhadap perempuan. Sebanyak 90 peraturan mensyaratkan perempuan dan anak perempuan, terutama pegawai negeri dan anak sekolah, harus memakai jilbab. Perempuan Kristen, di berapa daerah, juga diwajibkan pakai jilbab.

Pada 27 September, Dewan Perwakilan Rakyat Aceh mengeluarkan dua qanun yang menciptakan diskriminasi baru yang belum pernah ada dalam hukum Indonesia. Peraturan itu akan menggunakan apa yang disebut hukum Islam kepada non-Muslim, mengkriminalkan konsumen alkohol, hubungan homoseksual, serta hubungan seks di luar pernikahan. Hukumannya sampai 100 cambuk hingga 100 bulan penjara.

Bulan Oktober, Human Rights Watch mengeluarkan video dan laporan singkat soal "tes keperawanan” bagi perempuan yang melamar jadi Polwan.

Pengungsi dan Pencari Suaka
Indonesia tetap jadi tempat transit pengungsi dan pencari suaka ke Australia yang melarikan diri dari penganiayaan dan kekerasan. Mereka berasal dari Somalia, Afghanistan, Pakistan, dan Myanmar.

Pada Mei 2014, sekitar 10.509 pengungsi dan pencari suaka ada di Indonesia, semua hidup luntang-lantung karena Indonesia tak punya hukum suaka. Ia termasuk 331 anak migran yang ditahan di rumah tahanan imigrasi, 110 di antaranya anak tanpa orang tua.

Meski Indonesia memberikan proses pendaftaran pengungsi ke kantor Komisi Tinggi PBB untuk Pengungsi (UNHCR), ia sering menolak melepaskan para pengungsi dari rumah tahanan imigrasi, yang pelayanannya sering buruk dan ada kekerasan. Mereka yang dilepaskan punya resiko ditangkap lagi maupun ditahan.

Hak Kaum Disabilitas
Pada 8 Juli, Dewan Perwakilan Rakyat mengesahkan UU Kesehatan Jiwa guna mengatasi kesehatan jiwa di Indonesia. Keadaannya mengerikan bagi puluhan ribu warga dengan disabilitas jiwa, mereka hidup dalam pasungan, bukannya menerima perawatan kesehatan mental. Bila diterapkan, UU Kesehatan Jiwa bisa mengatasi kesenjangan pengobatan dengan mengintegrasikan kesehatan mental ke dalam pelayanan kesehatan umum, membuat pengobatan terjangkau bagi para penyandang cacat jiwa, dan memfasilitasi pelatihan para pekerja kesehatan mental.

Hukum ini bertujuan mengurangi stigma dan diskriminasi terhadap orang cacat jiwa dan menjamin hak atas perlindungan dari kelalaian, kekerasan, dan eksploitasi. Ia juga menuntut pertanggungjawaban atas pelanggaran, termasuk pasung, dan menjanjikan akses layanan kepada masyarakat. Namun, aturan tersebut juga bermasalah terkait pengobatan tanpa persetujuan dari para penyandang disabilitas jiwa jika dianggap "tidak kompeten."

Aktor Internasional
Pada 29 Agustus, Sekretaris Jenderal PBB Ban Ki-moon bicara di Bali dan menggambarkan Indonesia "hidup berdampingan harmonis, menyelesaikan segala perbedaan pendapat dengan dialog" sama sekali tak menyebut soal intoleransi agama dan kekerasan lain.

Pada 6 September, Menteri Luar Negeri AS John Kerry keluarkan pernyataan saat peringatan 10 tahun pembunuhan Munir: "Sampai hari ini, keadilan belum ditegakkan. Akuntabilitas dari semua orang yang diduga terlibat masih belum ada."

Bulan Agustus, Australia dan Indonesia menandatangani perjanjian yang samar soal pengawasan dan pengumpulan intelijen. Pada Oktober, Senat Australia menyerukan pembebasan dua wartawan Perancis yang ditahan di Papua dan mencatat bahwa kebebasan pers di Papua "dibatasi sangat ketat" oleh pemerintah Indonesia.