En avril, le Haut Commissariat des Nations unies pour les réfugiés (HCR) a formulé de vives critiques au sujet des politiques d'asile et de détention de la Grèce et a recommandé que les autres États européens ne renvoient pas les demandeurs d'asile vers ce pays. Il s'agit d'un coup dur pour les réglementations de l'UE qui stipulent que les demandes d'asile devraient généralement être entendues dans le premier pays de l'UE où les requérants entrent, et que les conditions d'accueil et les procédures d'asile doivent répondre à des normes communes. Le HCR a relevé qu'en Grèce, « les droits les plus élémentaires des demandeurs d'asile sont rarement respectés, comme le recours à un interprète et à une aide juridique afin de garantir que leurs demandes soient examinées de manière adéquate par les instances d'asile ». En 2007, la Grèce n'a reconnu que 1,2 pour cent des demandes d'asile en première instance.
La police grecque arrête systématiquement les migrants qui se trouvent sur son territoire, dont une grande proportion d'Irakiens, les maintient en détention pendant de nombreux jours sans procéder à l'ouverture d'un dossier comme le requiert pourtant la loi, et dans certains cas, les policiers les passent à tabac ou leur infligent d'autres mauvais traitements. Les migrants sont régulièrement expulsés vers la Turquie par la force et dans le plus grand secret, sans que leurs besoins de protection soient pris en considération.
Près de 1 000 enfants non accompagnés sont entrés en Grèce en 2008, la majorité en provenance d'Afghanistan. Dans de nombreux cas, ces enfants ont été battus ou frappés à coups de pied par les garde-côtes, les policiers et les agents de la police portuaire grecs lors de leur interception à la frontière ou au moment de leur arrestation et détention. Les enfants sont souvent incarcérés avec les adultes. La plupart ne demandent pas l'asile, n'ont pas de statut et risquent l'expulsion. Beaucoup vivent sans bénéficier d'aucune prise en charge et sont exploités en étant soumis à des conditions de travail dangereuses. Les filles non accompagnées sont particulièrement exposées au risque élevé de tomber entre les mains de réseaux de trafiquants.