Les critiques ont continué de s'abattre sur Malte pour le non-sauvetage des migrants en détresse en mer et son refus d'autoriser l'entrée dans ses ports des bateaux transportant des migrants secourus en mer. Plus d'un millier de migrants ont rejoint Malte en 2008. En août, 71 migrants se sont noyés dans la Méditerranée lorsque leur canot a chaviré ; huit rescapés ont été secourus par un bateau de pêche. Le gouvernement maltais a appelé à un « partage du fardeau » de l'immigration clandestine entre les États de l'UE.
Les migrants, y compris les enfants, qui arrivent à Malte sont retenus dans des centres de détention fermés pendant une période pouvant aller jusqu'à 18 mois, le temps que leurs demandes soient traitées. Les établissements de détention pour migrants à Malte ont été critiqués dans un rapport de l'APCE publié en mai. Une enquête ordonnée par le gouvernement maltais sur les allégations de mauvais traitements à l'encontre de détenus impliqués dans des troubles au centre de détention de Safi en mars a conclu que des membres du personnel avaient recouru à la force de manière excessive mais le rapport n'a pu identifier les responsables de ces actes.