Un projet de loi relatif aux mesures administratives liées à la sécurité nationale et visant à prévenir les actes de terrorisme a été adopté à la Chambre des députés en mars 2007 et est à l'examen au Sénat au moment où sont écrites ces lignes. Il contient des dispositions qui limitent sévèrement la liberté de circulation et le droit à la vie privée des personnes soupçonnées d'être « liées à » des activités terroristes ou de soutenir des activités terroristes. Le projet de loi a été critiqué par les associations de défense des droits humains pour son manque de définitions claires et l'absence de contrôle judiciaire de ces mesures.
En janvier 2008, la Cour d'appel de La Haye a refusé de qualifier le réseau activiste Hofstad de « groupe terroriste », disculpant sept hommes, dont Mohammed Bouyeri, l'assassin du réalisateur néerlandais Theo Van Gogh, du chef d'appartenance à un groupe terroriste. En octobre, la Cour d'appel d'Amsterdam a confirmé la condamnation de Samir Azzouz et de quatre autres personnes pour des chefs d'accusation liés au terrorisme.
Dans un rapport publié en février, le Comité européen pour la prévention de la torture et des peines ou traitements inhumains ou dégradants a exprimé son inquiétude au sujet du placement des personnes soupçonnées de terrorisme dans des « quartiers terroristes » spéciaux de haute sécurité au sein des prisons, considérant que les conditions étaient à ce point strictes qu'elles équivalaient à un isolement de fait.
Les actions intentées pour contester les lois et politiques discriminatoires restreignant la possibilité des résidents légaux de faire venir des membres de leurs familles de pays non occidentaux vers les Pays-Bas ont, dans certains cas, abouti. En juillet, le tribunal du district d'Amsterdam a conclu qu'il était illégal d'exiger que les migrants de certains pays désireux de rejoindre des proches aux Pays-Bas réussissent un examen d'intégration prouvant leur connaissance de la langue et de la société néerlandaises avant d'être autorisés à entrer dans le pays. Le tribunal n'a toutefois pas établi si cette politique violait les principes régissant les droits humains. L'examen, qui touche de façon disproportionnée les migrants musulmans marocains et turcs, a été critiqué par des ONG et des parlementaires néerlandais. Quelques jours plus tôt, un tribunal de Roermond avait annulé une disposition de la même veine qui exigeait que les résidents souhaitant faire venir aux Pays-Bas un conjoint non néerlandais disposent d'un revenu au moins égal à 120 pour cent du salaire minimum. Le Ministère de la Justice a interjeté appel de ces deux décisions et ces politiques sont en cours de réexamen par le gouvernement.