Suite à sa réélection en mars au poste de premier ministre, José Luis Rodriguez Zapatero a formé un gouvernement composé pour la première fois d'autant d'hommes que de femmes, dont une femme ministre de la défense.
En septembre, la Cour suprême a annulé les condamnations de quatre des 21 personnes reconnues coupables en 2007 de liens avec les attentats perpétrés dans des trains à Madrid en 2004. Elle a également condamné un Espagnol qui avait été acquitté antérieurement du chef d'avoir fourni des explosifs en vue de l'attaque. En octobre, la même cour a acquitté 14 des 20 hommes condamnés en février pour avoir projeté un attentat à la bombe contre l'Audiencia Nacional, le tribunal espagnol spécialisé dans le contre-terrorisme.
Outre les affaires en cours liées au terrorisme international, pendant l'année 2008, un certain nombre d'attentats ont été perpétrés par le groupement séparatiste basque ETA, des arrestations de membres présumés de l'ETA ont eu lieu et des poursuites judiciaires ont été engagées contre des personnes et des groupes ayant des liens présumés avec l'ETA.
En mai, le rapporteur spécial de l'ONU sur la protection et la promotion des droits de l'homme dans le cadre de la lutte contre le terrorisme, Martin Scheinin, a formulé une série de recommandations à l'intention du gouvernement espagnol, mettant l'accent sur le besoin de « supprimer complètement » le régime de détention au secret et de procéder à une révision des infractions qualifiées d'actes de terrorisme dont les définitions ont une portée trop large. Le Comité des droits de l'homme s'est fait l'écho de ces préoccupations dans ses Observations finales publiées en octobre.
Scheinin a également critiqué le recours aux assurances diplomatiques dans une affaire d'extradition vers la Russie. En février, l'Audiencia Nacional avait approuvé l'extradition du Tchétchène Murat Ajmedovich Gasaev en s'appuyant sur les assurances diplomatiques émises par la Russie selon lesquelles il serait traité humainement. Au moment où sont rédigées ces lignes, Gasaev est toujours en détention dans l'attente d'une décision positive ou négative du Conseil des ministres à propos de l'extradition.
En mai, un juge de l'Audiencia Nacional a enjoint le gouvernement de fournir des informations circonstanciées sur les escales effectuées en Espagne par des avions militaires américains en provenance ou à destination de Guantanamo entre 2002 et 2007. En septembre, le Ministre de la défense a répondu que des vols militaires américains à destination de Guantanamo étaient passés par l'Espagne mais il a affirmé qu'aucun ne transportait de passagers ou de cargaisons pouvant prêter à « controverse ». Le juge a réclamé un complément d'informations.
Une demande sans rapport avec la précédente a été émise par un autre juge du même tribunal pour le transfert de Jamil El-Banna et d'Omar Deghayes du Royaume-Uni aux fins d'être jugés en Espagne pour des infractions liées au terrorisme suite à leur libération de Guantanamo. Cette demande a été retirée en mars.
La forte diminution d'arrivées de migrants clandestins par voie maritime s'est poursuivie - 8 pour cent de moins au cours des huit premiers mois de 2008 par rapport à la même période en 2007 et 64 pour cent de moins depuis 2006, selon le Ministère de l'intérieur espagnol. En septembre-octobre 2008, les autorités espagnoles ont toutefois intercepté deux bateaux au large des côtes canariennes transportant au total 329 migrants clandestins, dont des enfants.
Le médiateur espagnol a confirmé les nouvelles faisant état de mauvais traitements et a critiqué les infrastructures inadaptées de prise en charge des enfants migrants non accompagnés aux îles Canaries. Le gouvernement espagnol a continué de pousser au renvoi des enfants non accompagnés vers le Sénégal et le Maroc sans protections suffisantes. Plus d'une vingtaine d'arrêts judiciaires ont bloqué le rapatriement d'enfants car les décisions de rapatriement n'étaient pas conformes au droit espagnol ou international.