Seit der Wiederwahl von Jose Rodriguez Zapatero als Premierminister im März gehören dem spanischen Kabinett erstmals gleich viele Frauen wie Männer an, insbesondere auch eine Verteidigungsministerin.
Im September hob der Oberste Gerichtshof die Urteile gegen vier der 21 Personen auf, die im Zusammenhang mit den Anschlägen auf Pendlerzüge in Madrid verurteilt worden waren. Die Richter sprachen einen Spanier, der zuvor freigesprochen worden war, schuldig, den Sprengstoff für die Attentate beschafft zu haben. Im Oktober sprach dasselbe Gericht 14 der 20 Angeklagten frei, die im Februar für die Planung eines Bombenanschlags auf den spanischen Anti-Terror-Gerichtshof Audiencia Nacional verurteilt worden waren.
Neben laufenden Verfahren im Zusammenhang mit dem internationalen Terrorismus kam es 2008 zu einer Reihe von Anschlägen der baskischen Separatisten-Gruppe ETA, Festnahmen mutmaßlicher ETA-Mitglieder und Prozessen gegen Personen und Gruppen, denen Verbindungen zur ETA vorgeworfen werden.
Im Mai gab Martin Scheinin, der UN-Sonderberichterstatter für Menschenrechte im Kampf gegen den Terrorismus, eine Reihe von Empfehlungen an die spanische Regierung ab. Er betonte die Notwendigkeit der „völligen Abschaffung" von Isolationshaft und einer Überprüfung übermäßig weit gefasster terroristischer Straftatbestände. Auch der UN-Menschenrechtsausschuss wies im Oktober in einer abschließenden Einschätzung auf diese Missstände hin.
Scheinin kritisierte auch eine Auslieferung nach Russland unter Verwendung diplomatischer Zusicherungen. Im Februar hatte die Audiencia Nacional die Auslieferung des Tschetschenen Murat Ajmedovich Gasaev auf der Grundlage der russischen Zusicherung genehmigt, Gasaev würde nach seiner Rückkehr menschlich behandelt. Derzeit wartet Gasaev in Haft auf die Entscheidung des Ministerrates über seine Auslieferung.
Im Mai ordnete ein Richter der Audiencia Nacional an, dass die Regierung genaue Informationen über den Zeitpunkt bekannt geben soll, wann Flugzeuge des US-Militärs auf ihren Flügen von und nach Guantanamo Bay zwischen 2002 und 2007 in Spanien zwischengelandet sind. Das Verteidigungsministerium erklärte daraufhin im September, Flugzeuge des US-Militärs mit Ziel Guantanamo seien zwar in Spanien gelandet, sie hätten jedoch keine „kontroversen" Passagiere oder „umstrittene" Fracht an Bord gehabt. Der zuständige Richter forderte zusätzliche Informationen.
Ein Auslieferungsgesuch der Audiencia National an Großbritannien, mit dem die beiden aus Guantanamo freigelassenen Terrorverdächtigen Jamil El-Banna und Omar Deghayes vor ein spanisches Gericht gebracht werden sollten, wurde im März zurückgezogen.
Wie im Vorjahr ging die Anzahl illegaler Einwanderer, die Spanien auf dem Seeweg erreichten, deutlich zurück. In den ersten acht Monaten des Jahres 2008 wurden nach Angaben des Innenministeriums acht Prozent weniger Bootsflüchtlinge registriert als im Vorjahreszeitraum und 64 Prozent weniger als 2006. Im September und Oktober 2008 griffen die spanischen Behörden jedoch insgesamt 329 illegale Einwanderer, darunter auch Kinder, vor den Küsten der Kanarischen Inseln auf.
Der spanische Ombudsmann bestätigte Berichte über die unzureichende Betreuung und Misshandlung unbegleiteter minderjähriger Migranten auf den Kanarischen Inseln. Die Regierung in Madrid hielt an ihrer Politik fest, unbegleitete Flüchtlingskinder ohne angemessene Schutzmaßnahmen nach Senegal oder Marokko abzuschieben. In mehr als zwei Dutzend Fällen verhinderten Gerichtsurteile die Rückführung von Kindern, deren Abschiebebefehle gegen spanisches und internationales Recht verstießen.