Desde el 25 de enero, los egipcios se lanzaron a las calles para protestar pacíficamente en contra del mandato de 30 años del presidente Hosni Mubarak, reclamando justicia social, democracia y el fin a la brutalidad policial. La violencia policial contra los manifestantes, especialmente el 28 de enero, solo exacerbó la determinación de los manifestantes. El 11 de febrero, Mubarak fue obligado a renunciar y, dos días después, el Consejo Superior de las Fuerzas Armadas (SCAF, por sus siglas en inglés), integrado por altos cargos del Ejército, tomó las riendas del país, asumiendo plenos poderes legislativos y ejecutivos. En marzo, los votantes aprobaron enmiendas a la Constitución en un referéndum y el SCAF emitió una Declaración Constitucional para el establecimiento de un plan para celebrar elecciones parlamentarias y presidenciales.

En general, no hubo ninguna mejora en la protección de los derechos humanos en Egipto. Al asumir el poder, el SCAF ordenó la liberación de todos los detenidos bajo la Ley de Emergencia (Ley Nº 162 de 1958) -varios miles a finales de 2010, según estimaciones de grupos de derechos humanos- y se comprometió a poner fin al Estado de Excepción. Sin embargo, el SCAF ha seguido recurriendo a los tribunales especiales bajo la Ley de Emergencia y, desde enero, ha remitido a más de 12,000 civiles a tribunales militares, más que el número total de civiles juzgados por cortes militares durante la presidencia de 30 años de Mubarak. Entre los detenidos transferidos a tribunales militares había niños de apenas 15 años, a pesar de que el derecho internacional desalienta que los niños sean juzgados en procesos militares. Además, el 10 de septiembre, el SCAF anunció que iba a ampliar el ámbito de aplicación de la Ley de Emergencia y que permanecería en vigor hasta mayo de 2012.

Durante todo el año, miembros del ejército utilizaron una fuerza excesiva para disolver manifestaciones y torturar a detenidos. A pesar del reconocimiento oficial de la necesidad de reconstruir la confianza pública en la policía, no se inició ningún proceso de reforma del sector de seguridad. No ha habido ninguna investigación exhaustiva sobre las actividades sistemáticas de tortura y malos tratos practicados en los últimos años por la policía egipcia, especialmente la Agencia de Investigaciones de Seguridad del Estado (SSI, por sus siglas en inglés).

El 3 de agosto arrancó el juicio contra el ex presidente Hosni Mubarak y el ex ministro del Interior Habib al-Adly, así como contra 11 agentes de policía de todo el país, acusados ​​de la matanza de manifestantes y corrupción. Al momento de escribir de este informe, sus juicios seguían en curso.

Violencia policial y matanza de manifestantes desarmados

El 28 de enero, decenas de miles de manifestantes tomaron las calles de Alejandría, Suez y El Cairo, la capital del país. La policía respondió con gases lacrimógenos, cañones de agua, balas de goma y munición real en un esfuerzo por impedir que los manifestantes avanzaran hacia las plazas centrales de esas ciudades. El Ministerio de Salud calcula que 846 personas perdieron la vida durante las protestas de enero y febrero. La mayoría fueron asesinadas el 28 y 29 de enero. Los días 2 y 3 de febrero, hombres armados vestidos de civil -algunos montados en camellos y caballos- atacaron a los manifestantes en la plaza Tahrir, hiriendo a varios cientos de personas; durante esos dos días, por lo menos ocho personas murieron por heridas de bala.

Tortura y uso excesivo de la fuerza por miembros del ejército y la policía

Miembros del ejército detuvieron arbitrariamente a decenas de periodistas mientras cubrían las protestas de enero, además de cientos de manifestantes pacíficos. Los periodistas fueron liberados a los pocos días, pero los tribunales militares condenaron a prisión a muchos de los manifestantes. Por ejemplo, las autoridades presentaron cargos dudosos de "vandalismo" contra el manifestante pacífico Amr Beheiry, arrestado durante una protesta en la plaza Tahrir el 26 de febrero. Los tribunales militares lo declararon culpable y lo condenaron a cinco años de prisión. Beheiry seguía encarcelado al momento de escribir este informe. Las autoridades también detuvieron a niños, que sufrieron abusos físicos y torturas. Los niños de la calle fueron particularmente vulnerables a detenciones y abusos.

La primera vez que se reportaron casos de tortura a manos las fuerzas militares fue el 2 de febrero, poco después de que el Ejército asumiera las funciones de aplicación de la ley de la policía. El 9 de marzo, miembros del ejército irrumpieron en una sentada pacífica en la plaza Tahrir, arrestaron al menos a 174 manifestantes, y los golpearon, patearon, azotaron y electrocutaron en la zona del Museo Egipcio, que se encuentra en las inmediaciones. Miembros del ejército llevaron a los manifestantes ante los tribunales militares, que condenaron a 134 de ellos a penas de entre tres y cinco años de prisión por cargos de "vandalismo", pero luego liberaron a todos en mayo, tras dos meses de campaña pública en su nombre.

Los miembros del ejército recurrieron al uso excesivo de la fuerza y llevaron a cabo detenciones arbitrarias en masa en varias ciudades para dispersar manifestaciones y sentadas en numerosas ocasiones -25 de febrero, 9 de marzo, 23 de marzo, 16 de mayo, 22 de julio y 1 de agosto- golpeando a los detenidos y aplicándoles descargas eléctricas. El 9 de abril, oficiales militares utilizaron balas de goma y munición real para dispersar una sentada en contra del mandato del SCAF, hiriendo a por lo menos 71 manifestantes, uno de los cuales perdió la vida. El 9 de octubre, durante la dispersión por parte de la policía militar y la policía antidisturbios de una protesta de cristianos coptos frente al edificio del canal de televisión estatal en El Cairo, por lo menos dos vehículos militares atropellaron y mataron a 13 manifestantes. Otros 24 fallecieron a causa de disparos de munición real. La fiscalía militar está supervisando la investigación sobre el incidente, un conflicto de intereses que probablemente contribuirá a reforzar la impunidad militar.

Las Fuerzas de Seguridad Central y la policía antidisturbios de Egipto, continuaron haciendo uso excesivo de la fuerza a la hora de patrullar las manifestaciones. El 28 y 29 de junio, la policía antidisturbios se enfrentó con los manifestantes frente al Ministerio del Interior durante 16 horas. La policía lanzó gases lacrimógenos contra la multitud y disparó balas de goma y escopetas de perdigones, hiriendo a 1,114 personas, según el Ministerio de Salud. Después de que Mubarak dejara el cargo, la policía siguió utilizando métodos de tortura en comisarías, centros de detención y en puntos de arresto. En junio, un conductor de autobús, Mohamed Sabah Nasr, murió bajo custodia policial en la comisaría de Azbakeya en El Cairo, después que las autoridades lo arrestaran junto con otras siete personas por "perturbar el tráfico". Otros manifestantes que fueron detenidos junto a Nasr dijeron que vieron cómo fue golpeado por miembros de la policía. El Ministerio del Interior aseguró que está investigando su muerte, pero no ha dado ningún informe público al respecto.

Libertad de expresión y asociación

Después del derrocamiento de Mubarak, los medios de comunicación gozaron de mayor libertad para informar, excepto sobre aquellos temas que involucraron al Ejército. En septiembre, el fiscal militar bajo el SCAF ya había convocado al menos a nueve activistas y periodistas para ser interrogados, acusados de "insultar el Ejército", aunque la mayoría fueron puestos en libertad sin cargos. Una excepción fue el bloguero Maikel Nabil, quien en abril fue condenado por un tribunal militar a tres años de prisión por "insultar al Ejército" y "difundir información falsa" en su blog. Al momento de escribir de este informe, Nabil permanecía en prisión a la espera de un nuevo juicio, programado para el 27 de noviembre.

El 7 de septiembre, el ministro de Información, Osama Heikal, afirmó que debido al actual "caos mediático" ya no otorgaría licencias de emisión para nuevas estaciones de televisión por satélite. Cuatro días más tarde, la policía allanó las oficinas de Al Jazeera Live Egypt, el canal que había proporcionado la cobertura mediática más detallada de las protestas contra el SCAF durante las semanas precedentes, y le prohibió seguir transmitiendo desde Egipto. La estación continuó su cobertura desde Qatar. El 30 de octubre, un fiscal militar detuvo al bloguero Alaa Abdel Fattah, una de las mayores voces críticas contra el Ejército, durante 30 días bajo cargos de incitar la manifestación del 9 de octubre en Maspero y agredir a los oficiales militares, cargos para los cuales el fiscal no presentó pruebas. Abdel Fattah seguía detenido al momento de escribir este informe.

En marzo, el SCAF modificó la Ley de Partidos Políticos para facilitar la formación de nuevos partidos al permitirles que se registren siempre y cuando cumplan los requisitos establecidos por la ley. Bajo Mubarak, las solicitudes de registro de nuevos partidos eran generalmente denegadas. Sin embargo, no hubo ninguna moción para modificar la Ley de Asociaciones, que permite la injerencia excesiva del gobierno en las asociaciones. En julio, el Fiscal de Seguridad del Estado anunció que abriría una investigación por posibles cargos de "traición" contra las ONG que no estaban registradas bajo la Ley de Asociaciones y que recibieron fondos del extranjero. En noviembre, un tribunal penal del Cairo ordenó a los bancos que reportaran todas las transacciones en las cuentas privadas de 63 defensores de los derechos humanos y organizaciones.

Libertad religiosa y violencia sectaria

Los incidentes de violencia sectaria continuaron a lo largo de 2011. En las primeras horas del 1 de enero de 2011 estalló una bomba en una iglesia de Alejandría, cobrándose la vida de 23 personas. El Fiscal abrió una investigación pero, al momento de escribir este informe, aún no había acusado a nadie en relación al ataque. El 8 de marzo, los cristianos en el suburbio oriental del Cairo de Muqattam protestaron por la quema de una iglesia, cuatro días antes en Atfih, unos 20 kilómetros al sur de la capital, y se enfrentaron con los musulmanes. Doce personas murieron en el brote de violencia y tiroteos, y varios hogares y negocios de cristianos fueron incendiados. La Fiscalía aún no ha investigado el incidente.

En mayo, la violencia sectaria afuera de una iglesia en Imbaba, un barrio del Cairo, dejó 12 muertos. El juicio de los detenidos en relación al episodio arrancó el 3 de julio ante un Tribunal de Seguridad del Estado de Excepción. El 30 de septiembre, una turba quemó la iglesia de Mar Girgis en Marinab, en Asuán, pero ni las autoridades locales ni los fiscales abrieron una investigación y, en su lugar, insistieron en un acuerdo. El Primer Ministro ordenó acelerar la redacción de una nueva ley para facilitar la renovación y construcción de iglesias, una antigua demanda de los cristianos que enfrentan discriminación en este aspecto.

Derechos de los refugiados y migrantes

La policía fronteriza egipcia siguió disparando contra los inmigrantes africanos desarmados que intentaban cruzar la frontera del Sinaí a Israel, matando al menos a 22 de ellos desde enero. La policía arrestó a cientos de migrantes en situación irregular, principalmente eritreos, etíopes y sudaneses, y los detuvo en comisarías y cárceles en el Sinaí y el Alto Egipto, sin acceso a la Oficina del Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Refugiados, denegándoles así el derecho a presentar una solicitud de asilo.

En octubre, las autoridades de inmigración deportaron por la fuerza a tres eritreos. Las autoridades penitenciarias en Shallal concedieron a funcionarios de la Embajada de Eritrea acceso a 118 eritreos detenidos, que eran solicitantes de asilo y a quienes golpearon para obligarlos a firmar documentos aceptando su regreso a Eritrea. Las autoridades egipcias anunciaron que deportarían al grupo a Eritrea.

Los inmigrantes denunciaron palizas y violaciones a manos de traficantes que operan en el Sinaí. En septiembre, los traficantes detuvieron a un grupo de 120 eritreos, entre ellos 6 mujeres, y amenazaron con detenerlos y someterlos a abusos si ellos o sus familias no pagaban US$3,000 cada uno para poder continuar su viaje a Israel. Las autoridades egipcias no realizaron ninguna investigación ni arresto sobre este tráfico organizado .

Derechos laborales

Las huelgas, sentadas y protestas laborales aumentaron en número en comparación con años anteriores y se extendieron a nuevos sectores. En abril, el SCAF aprobó la Ley 34 que penaliza las huelgas que implican "la interrupción del funcionamiento de las instituciones públicas o del trabajo público y privado". La policía militar recurrió a la fuerza excesiva por lo menos en 11 ocasiones para dispersar protestas y sentadas laborales. En junio, la policía militar arrestó a cinco trabajadores que se manifestaban en las afueras del Ministerio de Petróleo y un tribunal militar los condenó a una pena suspendida de un año de prisión por participar en la huelga. En marzo, el Ministro de Trabajo y Mano de Obra reconoció el derecho de establecimiento de los sindicatos independientes a través de una simple declaración formal -cuyo proyecto de ley estaba pendiente de aprobación- preparada por el gabinete, que facilitaría los procedimientos de registro. Desde marzo, se ha declarado el establecimiento de por lo menos 70 nuevos sindicatos independientes.

Derechos de la mujer

El 9 de marzo, la policía militar arrestó a 20 mujeres cuando irrumpió en una sentada en la plaza Tahrir y les propinó una paliza en los terrenos del Museo Egipcio, que se encuentra en las inmediaciones. Miembros del ejército se llevaron a 17 mujeres del grupo a una prisión militar y al día siguiente sometió a siete de las mujeres que se identificaron como solteras a pruebas de virginidad. En respuesta a la protesta pública resultante, el SCAF dijo que "llegaría al fondo de la cuestión" pero, al momento de escribir este informe, aún no ha habido avances en la investigación ni el enjuiciamiento de los agentes involucrados.

En mayo, el SCAF enmendó la Ley de Derechos Civiles y Políticos, cancelando los 64 escaños que estaban destinados para mujeres en la Asamblea del Pueblo y que fueron utilizados por primera vez  durante las elecciones parlamentarias de  noviembre de 2010. En su lugar, implementó el requisito de que a cada partido debe nominar por lo menos a una candidata mujer en su lista, una fórmula que probablemente provocará una fuerte caída en el número de diputadas.

La Ley egipcia de Estatuto Personal basada en la Sharia -que discrimina a las mujeres en los asuntos familiares- se aplica sólo a musulmanes, mientras que los coptos se rigen por las normas de la Iglesia que prohíben el divorcio, salvo en casos de adulterio. Algunos coptos se volvieron más enérgicos en su demanda de una ley civil que les conceda el derecho al divorcio.

Actores internacionales clave

Cuando las protestas estallaron en enero, las autoridades de Estados Unidos y la Unión Europea expresaron en un principio un apoyo cauteloso al derecho de los manifestantes a la libertad de reunión y expresión, y criticaron la violencia de la policía. A medida que crecía la intensidad de las protestas, su apoyo a las demandas de los manifestantes se hizo más fuerte y, finalmente, exhortaron al presidente Mubarak a que abandonara el cargo.

Estados Unidos anunció en marzo que había destinado US$65 millones a la financiación de la democracia y los derechos humanos en Egipto en 2011, así como US$100 millones a su desarrollo económico, además de las ayudas económicas y militares de unos US$250 millones y US$1,300 millones, respectivamente, que había concedido en años anteriores. En mayo, Estados Unidos también presentó sus planes de alivio de la deuda. La Agencia de Estados Unidos para el Desarrollo Internacional eliminó sigilosamente el requisito de que las organizaciones locales que buscan financiación debían estar registradas bajo la restrictiva Ley de Asociaciones de Egipto, provocando críticas por parte del gobierno egipcio. En octubre, el presidente de Estados Unidos, Barack Obama, habló con el mariscal de campo Mohamed Hussein Tantawi, jefe del SCAF, y lo instó a revocar la Ley de Emergencia y dejar de juzgar a los civiles ante tribunales militares.