החל ב-25 בינואר 2011 יצאו המצרים לרחובות למחאה בלתי אלימה נגד שלטונו בן שלושים השנה של הנשיא חוסני מובארכ. המפגינים קראו לצדק חברתי, דמוקרטיה וקץ לאלימות המשטרה. האלימות שהמשטרה הפעילה נגד המפגינים, בעיקר ב-28 בינואר, רק חיזקה את נחישותם. ב-11 בפברואר אולץ מובארכ להתפטר, וכעבור יומיים המועצה הצבאית העליונה של הכוחות המזוינים, המורכבת מדמויות מפתח בצבא, נטלה לעצמה את השלטון, ובכלל זה את מלוא הסמכויות התחיקתיות והביצועיות. בחודש מארס התקיים משאל עם ובו אישרו המשתתפים תיקונים בחוקה, והמועצה הצבאית העליונה פרסמה הצהרה חוקתית המתווה מפת דרכים לקיום בחירות לפרלמנט ולנשיאות.
ככלל, לא חל במצרים כל שיפור בהגנות על זכויות האדם. בעת שנטלה לעצמה את השלטון, הורתה המועצה הצבאית העליונה לשחרר את כל העצורים שהוחזקו מכוח חוק החירום (חוק מס' 162 משנת 1958) ואשר מספרם עמד בסוף שנת 2010 על כמה אלפים, לפי הערכות של ארגונים לזכויות האדם. המועצה גם הבטיחה לבטל את מצב החירום, אך היא המשיכה להפעיל בתי משפט מיוחדים הפועלים מכוח חוק החירום, ומאז חודש ינואר העמידה לדין למעלה מ-12 אלף אזרחים בבתי משפט צבאיים. מספר זה עולה על מספרם הכולל של האזרחים שנשפטו בבתי משפט צבאיים במשך שלושים שנות נשיאותו של מובארכ. בין אלה שעמדו לדין בבתי משפט צבאיים היו גם ילדים בני 15 ומעלה, על אף שהמשפט הבינלאומי אינו רואה בעין יפה את שיפוטם של ילדים בהליכים צבאיים. נוסף על כל אלה, ב-10 בספטמבר הכריזה המועצה הצבאית העליונה כי היא מאריכה את תקופת תחולתו של חוק החירום, וכי הוא יישאר בתוקף עד לסוף חודש מאי 2012.
במהלך השנה השתמש הצבא בכוח מופרז לפיזור הפגנות ועינה עצירים. על אף הכרה רשמית בצורך לשקם את אמון הציבור במשטרה, לא החל תהליך של רפורמה במערכת הביטחון. כמו כן, לא התקיימה חקירה מקיפה בנוגע לעינויים ולהתעללות השיטתיים שהיו נהוגים בשנים האחרונות במשטרת מצרים, ובמיוחד בסוכנות לחקירות ביטחון המדינה.
ב-3 באוגוסט נפתחו משפטיהם של הנשיא לשעבר חוסני מובארכ, של שר הפנים לשעבר חבּיבּ אל-עדלי ושל 11 בעלי תפקידים במשטרה ברחבי המדינה. כולם הואשמו בהרג מפגינים ובשחיתות. נכון למועד כתיבת שורות אלה, משפטים אלה עדיין לא הסתיימו.
אלימות משטרתית והרג מפגינים לא חמושים
ב-28 בינואר שטפו רבבות מפגינים את רחובות הערים אלכסנדריה, סואץ והבירה קהיר. המשטרה הגיבה בשימוש בגז מדמיע, זרנוקי מים, כדורי גומי ותחמושת חיה, במאמץ למנוע מהמפגינים להתקדם אל הכיכרות המרכזיות בערים אלה. משרד הבריאות דיווח כי בחודשים ינואר ופברואר נהרגו בהפגנות 846 בני אדם. רוב מקרי ההרג אירעו ב-28 וב-29 בינואר. ב-2 וב-3 בפברואר תקפו אנשים חמושים בלבוש אזרחי – חלקם רכובים על גמלים וסוסים – מפגינים בכיכר תחריר, ופצעו כמה מאות מהם; במהלך יומיים אלה נהרגו לפחות שמונה בני אדם מירי.
עינויים ושימוש מופרז בכוח בידי אנשי צבא ומשטרה
בחודש ינואר עצר הצבא באופן שרירותי עיתונאים רבים בעת שסיקרו את ההפגנות. זאת, בנוסף למעצרם של מאות מפגינים לא אלימים. העיתונאים שוחררו בתוך כמה ימים, אך בתי משפט צבאיים הטילו על רבים מהמפגינים עונשי מאסר. הרשויות הגישו, לדוגמה, כתבי אישום מפוקפקים בגין "בריונות" נגד המפגין הלא אלים עמר אל-בחיירי, שנעצר במהלך הפגנה בכיכר תחריר ב-26 בפברואר. בחיירי הורשע בבתי משפט צבאיים ונגזרו עליו חמש שנות מאסר. נכון למועד כתיבת שורות אלה, בחיירי מוחזק עדיין במאסר. הרשויות עצרו גם ילדים, ואלה נפלו קרבן להתעללות גופנית ולעינויים. ילדי רחוב היו חשופים במיוחד למעצר והתעללות.
הדיווח הראשון על עינויים בידי אנשי צבא נמסר ב-2 בפברואר, זמן קצר לאחר שהצבא נטל מידי המשטרה את סמכויות אכיפת החוק. ב-9 במארס פיזר הצבא שביתת שבת לא אלימה בכיכר תחריר ועצר לפחות 174 מפגינים. אנשי הצבא הכו את המפגינים, בעטו בהם, הצליפו בהם ועינו אותם באמצעות מכות חשמל בשטחי המוזיאון המצרי הסמוך. הצבא העמיד מפגינים אלה לדין בפני בתי משפט צבאיים, ובהם נגזרו על 134 מהם עונשי מאסר של בין שלוש לחמש שנים בגין "בריונות", אך המפגינים כולם שוחררו בחודש מאי, לאחר מאבק ציבורי שהתנהל למענם במשך חודשיים.
הצבא השתמש בכוח מופרז וביצע מעצרים המוניים ושרירותיים בערים שונות כדי לפזר הפגנות ושביתות שבת במועדים רבים – 25 בפברואר, 9 במארס, 23 במארס, 16 במאי, 22 ביולי, ו-1 באוגוסט. אנשי הצבא הכו את המפגינים שנעצרו והלמו אותם במכות חשמל.ב-9 באפריל ירו אנשי צבא כדורי גומי ותחמושת חיה במהלך פיזורה של שביתת שבת נגד שלטונה של המועצה הצבאית העליונה, ופצעו לפחות 71 מפגינים. אחד הפצועים נהרג. ב-9 באוקטובר, בעת שהמשטרה הצבאית ומשטרת המהומות פיזרו הפגנה של נוצרים קופטים מול בניין הטלוויזיה הממלכתיתבקהיר, לפחות שני כלי רכב צבאיים דרסו למוות 13 מפגינים. 24 מפגינים נוספים נהרגו באירוע זה מירי אש חיה. תובעים צבאיים מפקחים על חקירת התקרית, וסביר להניח כי ניגוד עניינים זה יבצר את החסינות הניתנת לאנשי הצבא מפני ענישה.
כוחות הביטחון המרכזי,המשמשים כמשטרת המהומות של מצרים, המשיכו להפעיל כוח מופרז בעת פיזור הפגנות. ב-28 וב-29 ביוני התעמתה משטרת המהומות עם מפגינים מחוץ למשרד הפנים במשך 16 שעות. המשטרה ירתה גז מדמיע לתוך הקהל והשתמשה בכדורי גומי וברובי אוויר,ופצעה, לפי נתוני משרד הבריאות, 1,114 בני אדם. לאחר הדחתו של מובארכ המשיכה המשטרה להשתמש בעינויים בתחנות המשטרה, במתקני המעצר ובזירות שבהן בוצע המעצר. בחודש יוני מת מוחמד סבאח נסר, נהג אוטובוס, בעת שהוחזק במעצר בתחנת משטרת אַזבָּקייה בקהיר לאחר שהמשטרה עצרה אותו יחד עם שבעה אנשים נוספים בגין "הפרעה לתנועה". אנשים שנעצרו יחד עם נסר אמרו כי ראו את השוטרים מכים אותו. משרד הפנים אמר כי הוא חוקר את נסיבות מותו, אך עד עתה לא פורסם שום דו"ח בנושא.
חופש הביטוי וההתאגדות
לאחר הדחתו של מובארכ נהנו סוכנויות החדשות מחירות רבה יותר בכל התחומים למעט במה שנוגע לצבא. נכון לחודש ספטמבר, התובע הצבאי, הכפוף למועצה הצבאית העליונה, זימן לפחות תשעה פעילים ועיתונאים לתשאול בגין "העלבת הצבא". עם זאת, רובם שוחררו בלי שיוגשו נגדם כתבי אישום. יוצא דופן היה המקרה של הבלוגר מייקל נבּיל, שבית משפט צבאי גזר עליו בחודש אפריל שלוש שנות מאסר בגין "העלבת הצבא" ו"הפצת מידע כוזב" בבלוג שלו. נכון למועד כתיבת שורות אלה, נביל מוחזק בכלא וממתין לפתיחת המשפט החוזר בעניינו ב-27 בנובמבר.
ב-7 בספטמבר אמר שר המידע אוסאמה הייכּל כי בשל ה"כאוס התקשורתי" השורר כעת הוא מפסיק את הנפקת רישיונות השידור לתחנות טלוויזיה לווייניות חדשות. ארבעה ימים לאחר מכן פשטה המשטרה על משרדי תחנת "אל-ג'זירה לייב" במצרים, שסיפקה את הסיקור המפורט ביותר של ההפגנות נגד המועצה הצבאית העליונה במהלך השבועות שקדמו לכך. המשטרה הורתה לתחנה להפסיק לשדר מתוך מצרים, וזו המשיכה לשדר מקטר. ב-30 באוקטובר הורה תובע צבאי לעצור את הבלוגר עלאא עבד אל-פתאח, אחד המבקרים הבולטים ביותר של הצבא. עבד אל-פתאח נעצר למשך שלושים יום בחשד כי הסית ליציאה להפגנה ב-9 באוקטובר בשכונת מַסְפֵּרוֹ ולתקיפת קציני צבא – האשמות שלא גובו בראיות כלשהן. נכון למועד כתיבת שורות אלה, עבד אל-פתאח מוחזק עדיין במעצר.
בחודש מארס תיקנה המועצה הצבאית העליונה את חוק המפלגות כדי להקל על הקמתן של מפלגות חדשות באופן שיאפשר את רישומן ובלבד שיענו על הדרישות שנקבעו בחוק. להבדיל, בתקופת שלטונו של מובארכ, בקשות שהוגשו לרישום מפלגה חדשה נדחו בדרך כלל. אולם, לא נעשה עדיין כל צעד לתיקון חוק האגודות, המאפשר התערבות מופרזת של הממשלה באגודות. בחודש יולי הכריז התובע לביטחון המדינה כי יבדוק את האפשרות להאשים ב"בגידה" ארגונים לא ממשלתיים שלא נרשמו לפי חוק האגודות ואשר מקבלים מימון זר. בחודש נובמבר הורה בית משפט פלילי בקהיר לבנקים לדווח על כל התנועות המתבצעות בחשבונותיהם הפרטיים של 63 פעילים למען זכויות האדם וארגונים לזכויות האדם.
חופש הדת ואלימות עדתית
במהלך שנת 2011 הוסיפו להתרחש במצרים תקריות של אלימות עדתית. ב-1 בינואר 2011, בשעות הבוקר המוקדמות, התפוצץ מטען חבלה בכנסייה בעיר אלכסנדריה ו-23 בני אדם נהרגו. התובע פתח בחקירה אך נכון למועד כתיבת שורות אלה לא הועמד איש לדין בגין פיגוע זה. ב-8 במארס הפגינו נוצרים והתעמתו עם מוסלמים בפרבר אל-מוּקַטָּם שממזרח לקהיר במחאה על הצתת כנסייה ארבעה ימים קודם לכן באַטְפִיחְ, כ-21 קילומטר מדרום לקהיר. בהתפרצות האלימה שבאה בעקבות ההפגנה ואשר כללה גם ירי נהרגו 12 אנשים, וכמה בתי מגורים ובתי עסק של נוצרים הוצתו. התובע עדיין לא פתח בחקירת האירוע.
בחודש מאי נהרגו 12 בני אדם בהתפרצות של אלימות עדתית ליד כנסייה בשכונת אִמְבָּאבָּה שבקהיר. ב-3 ביולי נפתח משפטם של אנשים שנעצרו בעקבות מעשי אלימות אלה בבית משפט חירום לביטחון המדינה. ב-30 בספטמבר המון העלה באש את כנסיית מָָר גִירִיס (גאורגיוס הקדוש) במָרִינָבּ שבאסואן, אך הרשויות המקומיות והתובעים נמנעו מפתיחה בחקירה, והתעקשו תחת זאת להביא ליישוב הסכסוך. ראש הממשלה הורה להאיץ את ניסוחו של חוק חדש שנועד להקל על שיקומן ובנייתן של כנסיות, דרישה נושנה של הנוצרים, הסובלים מאפליה בתחום זה.
זכויות הפליטים והמהגרים
משטרת הגבולות של מצרים המשיכה לירות במהגרים אפריקאים לא חמושים המנסים לחצות את גבול סיני לתוך ישראל, והרגה לפחות 22 מהם מאז חודש ינואר. המשטרה עצרה מאות מהגרים ללא מעמד מוסדר, רובם אריתראים, אתיופים וסודאנים, והחזיקה אותם במעצר בתחנות משטרה ובבתי כלא בסיני ובמצרים העליונה מבלי לאפשר להם גישה לנציבות האו"ם לפליטים, ובכך מנעה מהם לממש את זכותם להגשת בקשה למקלט מדיני.
בחודש אוקטובר גירשו גורמי הגירה בכפייה שלושה אריתראים. גורמים רשמיים בכלא א-שלאל אפשרו לגורמים משגרירות אריתריאה גישה ל-118 גברים אריתראים עצורים, שהיו במעמד של מבקשי מקלט, והכו אותם כדי לכפות עליהם לחתום על מסמכי הסכמה להחזרתם לאריתריאה. הרשויות במצרים הודיעו כי יגרשו את הקבוצה לאריתריאה.
מהגרים דיווחו על מכות ועל מעשי אונס בידי מבריחים הפועלים בסיני. בחודש ספטמבר לכדו מבריחים קבוצה של 120 אריתראים, ובהם שש נשים, ואיימו להחזיק ולהתעלל בהם עד שישלמו, הם או משפחותיהם, 3,000 דולר ארה"ב לנפש, כדי שיורשו להמשיך במסעם לישראל. הרשויות במצרים נמנעו מביצוע חקירות כלשהן בנוגע לסחר מאורגן זה בבני אדם ולא עצרו איש בעניין.
זכויות העובדים
בשנה החולפת חלה עלייה, בהשוואה לשנים קודמות, במספרן של השביתות, שביתות השבת וההפגנות שקיימו עובדים, והן התפשטו למגזרים חדשים. בחודש אפריל חוקקה המועצה הצבאית העליונה את חוק מס' 34, המגדיר שביתה הכרוכה ב"הפרעה לעבודה של מוסדות ציבור או לעבודה ציבורית או פרטית" כעבירה פלילית. המשטרה הצבאית השתמשה בכוח מופרז ב-11 הזדמנויות לפחות כדי לפזר הפגנות ושביתות שבת שקיימו עובדים. בחודש יוני עצרה המשטרה הצבאית חמישה עובדים שהפגינו מחוץ למשרד הנפט, ובית משפט צבאי גזר עליהם שנת מאסר על תנאי בגין השתתפות בשביתה. בחודש מארס הכיר שר העבודה וכוח האדם בזכות להקים איגודים מקצועיים עצמאיים באמצעות צעד רשמי פשוט של הצהרה. זאת, עד לאישור הצעת חוק בנושא שהוכנה על-ידי הקבינט ואשר תקל על הליכי הרישום. מאז חודש מארס הצהירו לפחות שבעים איגודים מקצועיים חדשים על הקמתם.
זכויות הנשים
שוטרים צבאיים פיזרו ב-9 במארס שביתת שבת בכיכר תחריר ועצרו עשרים נשים. לאחר מכן הכו השוטרים את העצורות בשטחו של המוזיאון המצרי הסמוך. השוטרים העבירו 17 מהנשים לכלא צבאי, ולמחרת היום ביצעו בדיקות בתולים בגופן של שבע מהן, שהצהירו כי אינן נשואות. בתגובה למחאה הציבורית אמרה המועצה הצבאית העליונה כי "תבחן אם יש אמת בדבר", אך נכון למועד כתיבת שורות אלה לא חלה התקדמות כלשהי בחקירה או בהעמדה לדין של השוטרים המעורבים.
בחודש מאי הכניסה המועצה הצבאית העליונה תיקונים בחוק הזכויות הפוליטיות, וביטלה את מכסת 64 המושבים שהוקצו לנשים בעצרת העם. מכסה זו שימשה לראשונה בבחירות לפרלמנט בחודש נובמבר 2010. המועצה הצבאית העליונה החליפה את המכסה בדרישה כי כל מפלגה תציב לפחות מועמדת אחת ברשימת המועמדים שלה, וניתן לצפות כי נוסחה זו תביא לצניחה חדה במספר הנציגוֹת.
חוקי המעמד האישי של מצרים המבוססים על השריעה וחלים על מוסלמים בלבד, מפלים לרעה נשים בתחום דיני המשפחה. על האוכלוסייה הקופטית חלות תקנות הכנסייה, האוסרות עליהם להתגרש, למעט במקרים של ניאוף. השנה השמיעו גורמים מקרב הקופטים דרישות תקיפות יותר לחוק אזרחי אשר יעניק להם את הזכות להתגרש.
גורמי מפתח בינלאומיים
עם פרוץ ההפגנות בחודש ינואר הביעו גורמים בארה"ב ובאיחוד האירופי תמיכה זהירה בזכות האסיפה של המפגינים ובזכותם לחופש ביטוי, ומתחו ביקורת על אלימות המשטרה. ככל שגברה המחאה, גברה גם תמיכתם בדרישות המפגינים, ובסופו של דבר קראו ארה"ב והאיחוד האירופי למובארכ להתפטר.
בחודש מארס הודיעה ארה"ב כי היא מקצה 65 מיליון דולר לחיזוק הדמוקרטיה וזכויות האדם במצרים בשנת 2011, ו-100 מיליון דולר נוספים לסיוע בפיתוח כלכלי. זאת, בנוסף לסיוע כלכלי בסך של כ-250 מיליון דולר ולסיוע צבאי בסך של כ-1.3 מיליארד דולר שארה"ב סיפקה למצרים בשנים קודמות. בחודש מאי הציגה ארה"ב גם תכניות למחיקת חובות. הסוכנות האמריקנית לפיתוח בינלאומי ביטלה בחשאי את דרישתה שארגונים מקומיים המגישים בקשות למימון יירשמו על-פי חוק האגודות המגביל של מצרים, וספגה על כך ביקורת מממשלת מצרים. בחודש אוקטובר שוחח נשיא ארה"ב ברק אובמה עם מוּשִיר (פילדמרשל) מוחמד חוסיין טנטאווי, ראש המועצה הצבאית העליונה, ודחק בו לבטל את חוק החירום ולהפסיק להעמיד אזרחים לדין בבתי משפט צבאיים.