El conflicto armado interno de Colombia sigue estando asociado a numerosos abusos por parte de grupos armados irregulares, entre los cuales se encuentran guerrillas y  grupos sucesores de los paramilitares. El número de desplazados internos de Colombia asciende a más de tres millones, y  cada año se suman nuevos desplazados como resultado de la continua violencia. Los defensores de derechos humanos, periodistas, líderes comunitarios, sindicalistas, líderes indígenas y afrocolombianos, líderes de personas desplazadas y las víctimas de paramilitares que exigen justicia o la restitución de tierras son objeto de amenazas y violencia por parte de actores armados. En 2009, hubo varias denuncias de asesinatos de líderes de grupos de desplazados, y la comunidad indígena Awá, en el departamento fronterizo de Nariño, al sur del país, fue atacada en múltiples ocasiones por diversos actores armados, sufriendo varias masacres y asesinatos durante el año.

Mientras los asesores del Presidente Álvaro Uribe promueven una segunda reforma constitucional para convocar a un referéndum que le permita presentarse a un tercer mandato, su gobierno se ha visto sacudido por escándalos sobre interceptaciones y  seguimientos ilegales de defensores de derechos humanos, periodistas, políticos de la oposición y jueces de la Corte Suprema de Justicia por parte del Departamento Administrativo de Seguridad (DAS).

Abusos por parte de las guerrillas

Tanto las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC) como el Ejército de Liberación Nacional (ELN) siguen cometiendo abusos contra civiles. Las FARC, en particular, se ven involucradas frecuentemente en masacres, asesinatos, amenazas y reclutamiento de niños para el combate. En febrero, las FARC masacraron a 17 Awá en Nariño. También serían responsables de haber disparado contra la defensora de derechos humanos Islena Rey, en el departamento de Meta.

Las FARC y el ELN habitualmente utilizan minas antipersonales. El Observatorio de Derechos Humanos de la Presidencia de la República informó que, entre enero y septiembre de 2009, 109 civiles resultaron heridos y 32 fueron asesinados como resultado de minas antipersonal y municiones sin explotar.

Los paramilitares y sus sucesores

El gobierno de Uribe sostiene que ya no existen paramilitares. Sin embargo, si bien más de 30.000 personas participaron en un proceso de desmovilización paramilitar, existen evidenias que demuestran que muchas de ellas no eran paramilitares. Otros nunca se desmovilizaron, y algunos retomaron sus actividades delictivas luego de la desmovilización. La mayoría de estas personas nunca fueron investigadas.

Los grupos sucesores de los paramilitares, a menudo bajo el mando de jefes paramilitares de rango medio, se expanden rápidamente. La Policía Nacional de Colombia informó que, en julio de 2009, los grupos contaban con más de 4.000 miembros y ampliaban rápidamente sus áreas de operación. Al igual que los paramilitares, los grupos participan en narcotráfico, reclutan activamente a nuevos soldados y cometen numerosos abusos, como masacres, asesinatos, violaciones sexuales, amenazas y desplazamientos forzados. En Medellín, luego de que se registrara una reducción ininterrumpida de los indicadores oficiales de violencia, desde 2008 la cantidad de homicidios presuntamente perpetrados por estos grupos ha incrementado de manera alarmante.

En los últimos años, la Corte Suprema de Colombia ha realizado avances sin precedentes en la investigación de denuncias de colaboración de miembros del Congreso colombiano con los paramilitares. En el llamado escándalo de la "parapolítica", más de 80 congresistas y senadores-casi todos de la coalición del Presidente Uribe- están siendo investigados o han sido condenados. Sin embargo, el gobierno de Uribe en varias oportunidades ha tomado medidas que podrían frustrar las investigaciones, como atacar públicamente a los miembros de la Corte Suprema a título personal. Mientras tanto, las investigaciones llevadas a cabo por la Fiscalía General de la Nación sobre militares de alto rango y empresarios que habrían colaborado con los paramilitares han avanzado lentamente.

La implementación de la Ley de Justicia y Paz, que reduce drásticamente las penas para los paramilitares desmovilizados que confiesen atrocidades, ha sido lenta y dispar. Cuatro años después de la aprobación de la ley, aún no hay condenas firmes. La mayoría de los paramilitares ni siquiera participan en el proceso. Los fiscales han logrado pocos avances en la recuperación de las tierras y los bienes que fueron apropiados ilícitamente por los paramilitares.

La extradición de la mayoría de los líderes paramilitares a Estados Unidos, ordenada por el Presidente Uribe en mayo de 2008, interrumpió las confesiones de estos líderes en el marco del proceso de Justicia y Paz. No se sabe en qué medida los fiscales estadounidenses están interrogando a los líderes paramilitares sobre sus cómplices en Colombia o sus crímenes de derechos humanos.

Abusos e impunidad de las fuerzas militares

En los últimos años se ha registrado un incremento significativo de la cantidad de ejecuciones extrajudiciales de civiles atribuidas al Ejército colombiano. Los miembros del Ejército, ante la presión por demostrar resultados, asesinan a civiles y luego informan que se trata de combatientes muertos en enfrentamientos. Estas supuestas ejecuciones se han producido en todo el país e involucran a diversas brigadas del Ejército. Los datos iniciales indican que el índice de ejecuciones se habría reducido durante 2009, posiblemente como resultado de la atención internacional y el inicio de investigaciones penales.

La Fiscalía General de la Nación está investigando diversos casos que involucran a más de 2.000 víctimas, aunque las investigaciones avanzan lentamente. En sus conclusiones preliminares luego de la visita que realizó en junio de 2009 a Colombia, Philip Alston, el Relator Especial de la ONU sobre Ejecuciones Extrajudiciales, señaló: "la cantidad de casos, su alcance geográfico y la diversidad de unidades militares implicadas indican que estos asesinatos fueron perpetrados de manera relativamente sistemática por una cantidad significativa de militares". Afirmó que el sistema de justicia militar colombiano agrava el problema al impedir que los casos de derechos humanos sean remitidos al sistema de justicia ordinaria.

Durante años, el Presidente Uribe negó públicamente la existencia del problema, y acusó a los grupos de derechos humanos que denunciaban las ejecuciones de formar parte de una campaña promovida por las guerrillas que estaba destinada a desacreditar a las fuerzas militares. Luego de un resonante escándalo mediático desatado en septiembre de 2008 en relación con la ejecución de varios jóvenes oriundos de Soacha, un barrio de bajos recursos de Bogotá, Uribe destituyó a 27 miembros de las fuerzas militares. Durante 2009 se han producido nuevas destituciones. Sin embargo, el Presidente Uribe ha continuado afirmando que las ejecuciones no son más que casos aislados.

Violencia contra sindicalistas

Durante años, Colombia ha sido el país con las mayores cifras de asesinatos de sindicalistas a nivel internacional, y según datos de la Escuela Nacional Sindical, la principal ONG colombiana dedicada al monitoreo de los derechos laborales, han sido más de 2.700 los asesinatos registrados desde 1986. Gran parte de estos asesinatos se atribuyen a grupos paramilitares, que han perseguido a los sindicalistas en forma deliberada. Si bien la cantidad de asesinatos cometidos cada año se ha reducido en comparación con la década de 1990, época en que se registraron los índices más altos y en que tuvo lugar la violenta expansión de los paramilitares, más de 400 sindicalistas -muchos de los cuales pertenecían a sindicatos de maestros- han sido asesinados durante el gobierno de Uribe.

La impunidad respecto de estos casos es generalizada: en casi el 95 por ciento de las muertes no se ha llegado a una condena y los asesinos continúan en libertad. En los últimos años se incrementó la cantidad de condenas, en gran medida debido a la presión de Estados Unidos (ver más adelante), pero aun si se mantiene el promedio actual de condenas anuales, Colombia demoraría décadas en ponerse al día con los casos pendientes.

Defensores de derechos humanos

El Ministerio del Interior de Colombia ofrece un programa de protección para defensores de derechos humanos, periodistas y dirigentes sindicales. Sin embargo, el programa no abarca a todos los grupos vulnerables.

A su vez, el Sistema de Alertas Tempranas de la Defensoría del Pueblo, que realiza un monitoreo de campo de la situación de derechos humanos en el país para prevenir abusos, emite regularmente "informes de riesgo" en los cuales advierte sobre amenazas contra comunidades y personas. Sin embargo, otras autoridades colombianas en ocasiones han ignorado estos informes de riesgo, y no han tomado las medidas necesarias para impedir los abusos.

Como señaló Margaret Sekaggya, Relatora Especial de la ONU sobre la situación de los defensores de derechos humanos, en conclusiones preliminares luego de su visita a Colombia en septiembre de 2009, "[u]n motivo fundamental de la inseguridad de los defensores de derechos humanos radica en la estigmatización y el señalamiento sistemáticos de que son objeto por parte de funcionarios del Gobierno, [quienes los acusan de] ‘terroristas' o ‘guerrilleros'". 

Interceptaciones y Seguimientos Ilegales

En febrero de 2009, Semana, una de las principales revistas de noticias colombianas, informó que el servicio de inteligencia nacional (Departamento Administrativo de Seguridad o DAS), que depende directamente del Presidente Uribe, durante años ha llevado a cabo interceptaciones ilegales de teléfonos y mensajes de correo electrónico, y seguimientos de una gran cantidad de personas consideradas críticas del gobierno de Uribe. Entre estos se incluyen sindicalistas, defensores de derechos humanos, periodistas independientes, políticos de oposición y magistrados de la Corte Suprema.

La Fiscalía General de la Nación inició una investigación sobre las interceptaciones, pero Semana informó que, inexplicablemente, al comienzo los fiscales se centraron en forma casi exclusiva en las interceptaciones realizadas entre 2002 y 2005 (mientras estuvo a cargo el ex jefe del DAS Jorge Noguera, quien está siendo juzgado por homicidio y vínculos con los paramilitares), pese a que existen pruebas de que el DAS llevó a cabo interceptaciones y seguimientos sistemáticos durante los años siguientes. Si bien dos de los fiscales a cargo de la investigación renunciaron, las investigaciones han continuado avanzando lentamente.

Mientras tanto, según Semana, continuaron las interceptaciones. Por ejemplo, Semana  reveló que numerosas llamadas del magistrado auxiliar de la Corte Suprema Iván Velásquez, el investigador principal del escándalo de la "parapolítica", habían sido intervenidas ilegalmente hasta fines de agosto de 2009.

Orientación sexual e identidad de género

En 2007, el Comité de Derechos Humanos de la ONU determinó en X v. Colombia que Colombia había incumplido sus obligaciones internacionales al negarle beneficios de pensión a la pareja de un hombre homosexual. El estado no ha cumplido la recomendación del Comité de conceder estos beneficios. Pese a una directiva policial que exhorta a los agentes estatales a proteger a los defensores de los derechos de LGBT, en 2009 hubo varios informes de asesinatos y amenazas en contra de ellos.

Actores internacionales clave

Estados Unidos sigue siendo el actor extranjero con mayor influencia en Colombia. En 2009, proporcionó cerca de US$ 663 millones al gobierno colombiano, un poco menos que en años anteriores. Si bien gran parte de la asistencia continúa siendo a través de ayuda militar o policial, una proporción cada vez mayor consiste en asistencia social y económica. Pese a que el 30 por ciento de la ayuda militar proveniente de Estados Unidos está condicionada al cumplimiento de requisitos en materia de derechos humanos, el Departamento de Estado de Estados Unidos no ha exigido sistemáticamente su cumplimiento. En septiembre de 2009, el Departamento de Estado certificó por primera vez durante el gobierno del Presidente Barack Obama que Colombia cumplía los requisitos de derechos humanos.

El Congreso estadounidense ha postergado la ratificación del Tratado de Libre Comercio entre Estados Unidos y Colombia hasta que existan "pruebas concretas de resultados sostenidos" en relación con la impunidad respecto de la violencia contra sindicalistas y el rol de los grupos paramilitares. La presión estadounidense probablemente sea el principal factor que llevó a la conformación de un grupo de fiscales especializados para investigar el asesinato de sindicalistas.

El Reino Unido habría reducido su asistencia militar a Colombia, aparentemente en respuesta a los escándalos sobre interceptaciones y las ejecuciones extrajudiciales. La Unión Europea proporciona asistencia social y económica a Colombia, y ha brindado ayuda a los programas de desmovilización paramilitar del gobierno.

La Misión de Apoyo al Proceso de Paz en Colombia de la Organización de los Estados Americanos, encargada de verificar las desmovilizaciones paramilitares, emitió informes en 2009 en los cuales expresó su preocupación por las actividades de los grupos sucesores de los paramilitares. Señaló un incremento en la cantidad de masacres, homicidios, amenazas y "limpieza social" por parte estos grupos.

La Corte Penal Internacional continúa realizando un análisis de la situación en Colombia. El fiscal de la CPI ha tenido en algunos casos un rol positivo al ejercer presión sobre las autoridadas para que investiguen los crímenes que están sujetos a la jurisdicción de la CPI.

Además de las visitas realizadas durante 2009 por los relatores especiales de la ONU sobre ejecuciones extrajudiciales, sobre defensores de derechos humanos y sobre los derechos humanos y las libertades fundamentales de los indígenas, la Oficina del Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Derechos Humanos se encuentra activa en Colombia, y tiene presencia en Bogotá, Medellín y Cali.