Desde la muerte del ex dictador Gral. Augusto Pinochet ocurrida en diciembre de 2006, los jueces chilenos han continuado juzgando y condenando a ex militares acusados de cometer violaciones graves de derechos humanos durante el gobierno militar. Sin embargo, la Sala Penal de la Corte Suprema ha reducido las condenas en numerosos casos recientes y, como resultado de esto, muchos de los autores que fueron condenados no cumplen finalmente la pena de prisión.

En la región de la Araucanía, donde algunas comunidades indígenas mapuche  a menudo defienden su derecho a la tierra mediante ataques violentos contra las viviendas y la propiedad, persisten las denuncias de abusos policiales. La sobrepoblación y las condiciones inhumanas de muchas de las cárceles chilenas continúa siendo un grave problema.

Juicios por los abusos del pasado

En octubre de 2009, como parte de la búsqueda de justicia por las violaciones de derechos humanos perpetradas durante el régimen militar, 559 ex militares y colaboradores civiles enfrentaban cargos por desapariciones forzadas, ejecuciones extrajudiciales y hechos de tortura, 277 habían sido condenados (en 175 de estos casos la condena ya había sido confirmada con carácter definitivo) y 56 cumplían penas de prisión. Entre las personas acusadas o condenadas, 32 habían sido generales del Ejército chileno. El propio Pinochet se encontraba bajo prisión domiciliaria y estaba siendo juzgado al momento de su muerte en 2006, pero nunca fue condenado por ningún delito.

En septiembre de 2009, el juez Víctor Montiglio procesó a 129 ex miembros de la DINA, la policía secreta de Pinochet, por varias desapariciones y ejecuciones extrajudiciales ocurridas en la década de 1970. En la mitad de los casos, se trató de la primera vez que enfrentaban cargos. También en septiembre, la Sala Penal de la Corte Suprema confirmó la condena de tres años y medio de prisión contra dos oficiales retirados de la fuerza aérea por la tortura de 17 personas entre 1973 y 1975. Por primera vez, la Corte declaró expresamente a la tortura, una práctica sistemática durante la época de Pinochet, como un delito de lesa humanidad. En diciembre de 2009, la Corte Suprema confirmó los procesamientos de varias personas, incluidos doctores y miembros de la policía secreta, por su probable responsabilidad penal en la muerte del ex presidente Eduardo Frei Montalva en 1982 [actualizado en enero de 2010].

La mayoría de los cinco jueces que integran la Sala Penal de la Corte Suprema ha determinado que la amnistía decretada por el gobierno militar en 1978 no se aplica a los crímenes de guerra ni de lesa humanidad, y que estos crímenes no están sujetos a prescripción. Sin embargo, no todos los jueces coinciden en que la amnistía sea inaplicable. Dado que en Chile las sentencias judiciales sólo son vinculantes para el caso en particular, y que la composición de la sala de la Corte Suprema puede variar según el caso, aún no se han superado totalmente los obstáculos legales para la imposición de condenas. Desde 2005, continúa paralizado en el Congreso un proyecto de ley impulsado por el gobierno que pretende modificar el Código Penal para impedir que los delitos de lesa humanidad estén sujetos a amnistías o prescripciones.

Durante 2008 y progresivamente durante 2009, la Sala Penal de la Corte Suprema ha aplicado la "media prescripción", que es una disposición que permite a las personas condenadas por violaciones de derechos humanos beneficiarse mediante una reducción de la pena en virtud del tiempo transcurrido desde el acto delictivo (en algunos casos, más de 30 años). Si la condena final es inferior a cinco años, pueden recibir una pena sustitutiva de prisión. De hecho, menos de un tercio de los 175 responsables cuyas penas de prisión han sido confirmadas por la Corte Suprema se encontraban efectivamente cumpliendo su condena en una prisión en octubre de 2009.

Sistema de justicia penal

Si bien Chile ha efectuado modificaciones sustanciales a su sistema de justicia penal en los últimos años y ha afianzado las garantías del debido proceso, los tribunales militares continúan ejerciendo una amplia jurisdicción sobre civiles, así como también en casos de violaciones de derechos humanos perpetradas por la policía uniformada -los Carabineros-, que forma parte de las fuerzas armadas. Luego de la decisión emitida en 2005 por la Corte Interamericana de Derechos Humanos en el caso Palamara, por la cual ordenaba a Chile garantizar que los tribunales militares no continuaran ejerciendo su jurisdicción sobre civiles, el gobierno ha estado trabajando en una ley que prevé una reforma exhaustiva del sistema de justicia militar. En octubre de 2009, luego de extensas consultas, finalmente presentó dos proyectos de ley ante el Congreso que restringirían la jurisdicción de los tribunales militares exclusivamente a los delitos de naturaleza estrictamente militar cometidos por militares, y se comprometió a presentar un tercer proyecto de ley para asegurar que los tribunales militares cumplan con las garantías de debido proceso reconocidas en el sistema de justicia ordinaria.

Otro problema ha sido la aplicación excesiva de leyes contra el terrorismo a los delitos comunes, como incendio intencional, cometidos por los activistas mapuche, una práctica sobre la cual varios organismos de Naciones Unidas han expresado su preocupación. Según la ley antiterrorista de Chile, los delitos contra la propiedad, como incendiar fincas, bosques o cultivos, o dañar vehículos o máquinas, se consideran delitos terroristas si los jueces estiman que fueron realizados con el fin de infundir el temor entre la población. Los acusados en virtud de esta ley ven restringidos sus derechos de debido proceso y se enfrentan a condenas más graves. A diferencia de los gobiernos anteriores, la política del gobierno de la Presidenta Michelle Bachelet ha sido aplicar el derecho penal ordinario para este tipo de delitos. Sin embargo, luego de que se desataran hechos de violencia en la región de la Araucanía en el sur de Chile durante 2009 y de que se denunciara que activistas mapuche con armas de fuego retenían e incendiaban camiones durante ataques nocturnos, el gobierno aplicó nuevamente la ley antiterrorista en estos casos.

Abusos policiales

En reiterados incidentes, los carabineros han recurrido a un uso excesivo de la fuerza durante operativos en las comunidades indígenas mapuche. Estos abusos se producen generalmente cuando la policía interviene para controlar las protestas de los mapuche e impedir la ocupación de tierras, o cuando ingresan a las comunidades para detener a mapuches que presuntamente han cometido delitos durante los constantes conflictos por la tierra con agricultores y compañías de explotación forestal.

Desde 2002, tres mapuches han muerto como resultado del uso ilícito de la fuerza letal por la policía. El caso más reciente, de agosto de 2009, es el de Jaime Mendoza Collío, de 24 años, quien recibió un disparo mortal de un carabinero mientras participaba en una ocupación de tierras cerca de Ercilla. Pese a que la policía afirmó que el carabinero actuó en defensa propia, los informes forenses mostraron que la bala impactó a Mendoza en la espalda y que este no había disparado un arma. El carabinero a cargo de la zona habría continuado defendiendo al agente responsable, aún después de que se difundieran los resultados forenses en la prensa. Si bien los fiscales militares acusaron a los policías involucrados en los tres casos de "violencia innecesaria con resultado de muerte", al momento de la redacción del presente informe los tribunales militares aún no habían dictado ninguna condena.

También se han producido varios incidentes relacionados con el maltrato de detenidos, incluidos niños. Son pocos los casos que fueron esclarecidos por las investigaciones judiciales. En octubre de 2009, Citizen's Watch, una ONG que monitorea los derechos indígenas, denunció el caso de un joven mapuche de 14 años que habría sido golpeado y amenazado con ser lanzado desde un helicóptero policial luego de haber sido capturado mientras juntaba hierbas medicinales. Ese mismo mes, el gobierno anunció que expulsaría de la fuerza a un carabinero que fue filmado mientras propinaba patadas en la cabeza a un mapuche detenido. El Fondo de las Naciones Unidas para la Infancia (UNICEF) instó al gobierno a mejorar los procedimientos para registrar e investigar las denuncias contra la policía.

Condiciones carcelarias

El índice de reclusos per cápita de Chile es mayor que en cualquier otro país de América del Sur. La población carcelaria ha crecido casi un 50 por ciento desde 2004, principalmente debido a la mayor eficiencia de un nuevo código procesal penal  que ha sido aplicado progresivamente desde 2000. A pesar de que se inauguraron seis nuevas cárceles administradas por entidades privadas, el 74 por ciento de la población carcelaria continúa detenida en instalaciones deterioradas, y la sobrepoblación continúa siendo un problema grave.  Por ejemplo, en 2009 el Centro de Detención Preventiva Santiago Sur, diseñado para albergar a 3.170 personas, contaba con 6.690 reclusos. La violencia en las cárceles se ha incrementado en los últimos años. Según las estadísticas del servicio penitenciario publicadas en uno de los principales periódicos, 46 presos perdieron la vida durante peleas entre internos en los primeros ocho meses de 2009.

En junio de 2009, un funcionario de la Corte Suprema que declaró ante la Comisión de Constitución, Legislación y Justicia del Senado describió las condiciones que soportan los presos en las celdas de castigo, sin luz natural ni servicio sanitario, como crueles y degradantes. En respuesta al informe, el Subsecretario de Justicia anunció la conformación de un Consejo para la Reforma Penitenciaria, que incluye entre sus miembros a expertos de ONG,  con el objeto de analizar las políticas penitenciarias.

Derechos reproductivos

Chile es uno de los pocos países del mundo que prohíbe el aborto en todas las circunstancias, incluso en caso de violación o incesto, o para salvar la vida de la madre. Pese a esta estricta prohibición, se estima que se practican entre 60.000 y 200.000 abortos clandestinos cada año. En abril de 2008, el  Tribunal Constitucional se pronunció en contra de la disposición legal que permite la distribución gratuita de métodos anticonceptivos de emergencia, como la "pastilla del día después". La Organización Mundial de la Salud reconoce que las pastillas anticonceptivas de emergencia pueden prevenir el embarazo y no las considera abortivas. No obstante, el tribunal chileno determinó que estos métodos vulneran la protección constitucional del derecho a la vida del no nacido. De este modo, ignoró los derechos de las mujeres -especialmente de sectores pobres y adolescentes- a la salud, la información, la autonomía, a no ser discriminadas, a la libertad de conciencia y la libertad de gozar de los beneficios que reportan los avances científicos. 

Actores internacionales clave

Chile ha tenido un importante rol de incidencia como miembro del Consejo de Derechos Humanos de la ONU desde 2008. Fue uno de los pocos gobiernos que intervino durante el Examen Periódico Universal (EPU) de Cuba en 2009 para plantear importantes problemas de derechos humanos. Chile también votó en contra de una resolución propuesta conjuntamente por Cuba, Egipto, Arabia Saudita  y Brasil que no condenaba el asesinato de civiles en Sri Lanka. Ha señalado insistentemente -al igual que en el caso de la República Democrática del Congo- que las medidas dirigidas a un país en particular son un instrumento clave de la ONU para que los gobiernos rindan cuentas por sus actos, para esclarecer las violaciones de derechos y para revelar la verdad acerca del sufrimiento de las víctimas.

En mayo de 2009, las propias medidas y políticas de Chile en materia de derechos humanos fueron sometidas al escrutinio del EPU. La protección de los derechos humanos de su población indígena se planteó en gran parte de las preguntas y los comentarios de los estados. Chile rechazó sólo dos recomendaciones, ambas vinculadas con la ampliación del acceso al aborto.