Tập hợp quyền tự do dân sự dành cho công dân Hoa Kỳ rất đa dạng và rộng rãi. Ngoài ra, họ có chỗ dựa là một hệ thống pháp quyền vững chắc gồm các tòa án độc lập cấp tiểu bang và liên bang, nhưng những thất bại kéo dài - nhất là trong các lĩnh vực di trú, hình sự và chính sách cũng như luật lệ về chống khủng bố - đã làm xấu đi thành tích nhân quyền của quốc gia này. Mặc dù chính quyền Obama đã cam kết giải quyết nhiều vấn đề được quan tâm nói trên, nhưng tiến độ hết sức chậm chạp, thậm chí nhiều lĩnh vực không hề có tiến triển.
Trong năm 2010 có một số bước tiến tích cực, bao gồm một phán quyết của Tòa án Tối cao hủy bỏ mức án chung thân không có cơ hội giảm án đối với trẻ vị thành niên phạm các tội không phải là giết người; một điều luật mới cam kết hạn chế kỳ thị sắc tộc trong việc kết án tội phạm buôn bán cô-ca-in; và một điều luật về y tế bảo đảm cung cấp bảo hiểm y tế cho khoảng 32 triệu người Mỹ hiện không có bảo hiểm.
Tất cả những nội dung trên được xem xét vào tháng 11 năm 2010, khi lần đầu tiên Hội đồng Nhân quyền Liên Hiệp Quốc đưa Hoa Kỳ vào khuôn khổ chương trình Đánh giá Định kỳ Toàn cầu, một quy trình chung để đánh giá thành tích nhân quyền của tất cả 192 quốc gia thành viên Liên Hiệp Quốc.
Án hình sự quá khắc nghiệt
Vào năm 2010, vẫn còn 35 tiểu bang áp dụng hình phạt tử hình ở Hoa Kỳ. Tính từ đầu năm 2010 đến thời điểm viết báo cáo này, đã có 45 người bị thi hành án tử hình ở Hoa Kỳ; trong cả năm 2009, con số đó là 52.
Có 2,574 tội phạm vị thành niên (những người dưới 18 tuổi tại thời điểm có hành vi phạm tội) đang thụ án chung thân không có cơ hội giảm án trong các nhà tù ở Hoa Kỳ. Theo báo cáo, không một nơi nào khác trên thế giới có tội phạm vị thành niên hiện phải chấp hành mức án tương tự. Trong một phán quyết mang tính lịch sử vào tháng 6/2010, vụ Graham kiện bang Florida, Tòa án Tối cao Hoa Kỳ tuyên phán rằng mức án như vậy không thể áp dụng với các tội phạm vị thành niên bị truy tố vì những tội không phải là giết người. Dù phán quyết trên là một bước tiến đáng kể, đa số tội phạm vị thành niên trong tù đang phải thụ án giết người, nên không được hưởng sự điều chỉnh của phán quyết này.
Điều kiện trại giam
Tính đến tháng 6 năm 2009, Hoa Kỳ vẫn tiếp tục giữ kỷ lục về số lượng tù nhân (2,297,400 người - đã giảm 0,5 phần trăm so với tháng 12 năm 2008) và tỷ lệ tù nhân trên tổng số dân (748 tù nhân trên 100,000 dân) cao nhất thế giới.
Ủy ban Quốc gia Thanh toán nạn Hãm hiếp trong tù đã đệ trình các kiến nghị để xóa bỏ nạn hãm hiếp trong tù tới Bộ Tư pháp được 17 tháng, đến nay Bộ trưởng Eric Holder vẫn chưa ban hành các quy định chính thức để chuẩn hóa. Trong khi đó, nạn tấn công tình dục vẫn phổ biến trong các nhà tù Hoa Kỳ. Theo báo cáo tháng 8 năm 2010 của Sở Thống kê Tư pháp, 88,500 phạm nhân trong các nhà tù và trại giam đã từng là nạn nhân của một hay nhiều dạng tấn công tình dục, chỉ tính trong thời gian từ tháng 10 năm 2008 đến tháng 12 năm 2009. Theo kết quả một khảo sát bắt buộc theo quy định của Ủy ban Quốc gia Thanh toán nạn Hãm hiếp và được Sở Thống kê Tư pháp phân tích, ước tính khoảng 12 phần trăm thanh niên trong các trại giam dành cho vị thành niên trả lời là đã từng bị lạm dụng tình dục.
Có sự tiến bộ trong cách đối xử với nữ giới tại các nhà tù ở Hoa Kỳ. Vào tháng 8, theo lệnh tòa án, Sở Quản lý Phạm nhân Washington bắt đầu áp dụng các biện pháp khắc phục hành vi khiếm nhã của nhân viên đối với các tù nhân nữ, bao gồm cải thiện quy chế tố cáo và điều tra, lắp đặt thêm camera theo dõi và tăng cường tập huấn. Thêm 4 tiểu bang là Colorado, Washington, Pennsylvania, và West Virginia cùng với 6 tiểu bang từ trước là New York, Illinois, California, Texas, Vermont, và New Mexico, đưa tổng số lên 10 tiểu bang hiện áp dụng quy định cấm cùm đối với tù nhân đang mang thai. Nhưng cũng có những diễn tiến đáng lo ngại: ví dụ như ở bang Colorado, tù nhân nữ trở thành đối tượng bị hạ nhục thường xuyên, nhân viên gác ngục có thể yêu cầu họ phải vạch môi lớn (labia) để kiểm tra dù không có biểu hiện khả nghi.
Từ tháng 1 năm 2010, điều luật mới ở California nhằm giảm số lượng tù nhân bắt đầu có hiệu lực, với các biện pháp như xem xét quá trình chấp hành án tốt, và chuyển sang án treo hoặc quản chế thay vì thụ án trong tù. Tuy nhiên, bang California lại kháng cáo lên Tòa án Tối cao về một quyết định của tòa án liên bang buộc bang này phải giảm số lượng tù nhân để đảm bảo tiêu chuẩn chăm sóc sức khỏe và tâm lý cho tù nhân đầy đủ theo hiến định.
Dù khá nhiều tù nhân ở Hoa Kỳ có tiền sử sử dụng và lệ thuộc các chất gây nghiện, rất hiếm khi tù nhân được điều trị cai nghiện. Tỷ lệ nhiễm HIV và viêm gan ở tù nhân cao hơn nhiều so với cộng đồng bên ngoài, nhưng các chương trình phòng ngừa lây nhiễm, như cấp phát bao cao su và đổi xi-lanh, vẫn rất hạn chế. Báo cáo năm 2010 của Tổ chức Theo dõi Nhân quyền và Hiệp hội Quyền Dân sự Hoa Kỳ, Từ ngục đến nhục, ghi nhận những tác hại từ nội quy của trại giam đối với tù nhân và người nhà của họ, như bị bắt buộc thử HIV, mất quyền riêng tư và gia tăng cảm giác bị hạ nhục, phân biệt đối xử.
Điều kiện khắc nghiệt trong nhà tù Hoa Kỳ bị bộc lộ rõ thêm, khi Tòa án Nhân quyền châu Âu ra phán quyết tạm hoãn dẫn độ bốn nghi can khủng bố từ Anh sang Mỹ vào tháng Bảy, vì lo ngại việc giam giữ họ dài ngày trong các nhà tù siêu đông ở Hoa Kỳ sẽ vi phạm điều 3 của Hiệp ước về Nhân quyền của Châu Âu, nghiêm cấm việc "tra tấn hoặc... trừng phạt hoặc đối xử một cách phi nhân hay hạ nhục."
Phân biệt chủng tộc trong hệ thống tố tụng hình sự
Tỷ lệ các sắc dân và nhóm thiểu số bị giam giữ cao hơn hẳn. Đây là một thực tế không thể lý giải đơn thuần là do chênh lệch về ý thức pháp luật: tỷ lệ nam giới da đen không phải gốc Mỹ La tinh bị giam giữ cao gấp sáu lần so với nam giới da trắng không phải gốc Mỹ La tinh và gấp 2.6 lần so với nam giới gốc Mỹ La tinh. Trung bình trong 10 nam thanh niên da đen ở độ tuổi từ 25 - 29 thì có một người đang bị giam hoặc giữ, tính trong năm 2009; tỷ lệ đó ở nam thanh niên gốc Mỹ La tinh là 1 trên 25, và ở nam thanh niên da trắng là 1 trên 64.
Vào tháng 8/2010, Tổng thống Barack Obama đã ký Đạo luật Xét xử Công bằng, sẽ làm thay đổi xu hướng từ trước đến nay chính quyền liên bang vẫn xử lý nặng tay trong các vụ án cô-ca-in dạng tinh thể (crack) hơn rất nhiều so với cô-ca-in dạng bột, dẫn đến tình trạng phân biệt chủng tộc trong xét xử. Dù đạo luật này có ý nghĩa quan trọng về hình thức, nhưng nó không có tác động nhiều đến tình trạng phân biệt chủng tộc trong phòng chống ma túy: người da đen chiếm 33,6 phần trăm tổng số tội phạm ma túy bị bắt, 44 phần trăm tổng số bị truy tố ra tòa án cấp bang với các tội danh nghiêm trọng và 37 phần trăm tổng số phạm nhân đang thụ các án ma túy trong nhà tù cấp bang, dù người da đen chỉ chiếm 13 phần trăm tổng dân số Hoa Kỳ và tỷ lệ phạm tội ma túy giữa người da đen và da trắng gần tương đương nhau.
Quyền của người ngoại tịch
Có khoảng 38 triệu người không phải là công dân Mỹ đang sinh sống trên đất Hoa Kỳ, trong đó khoảng 12 triệu người không có giấy tờ. Năm 2009, Cục Chấp pháp Hải quan và Di trú bắt từ 380,000 đến 442,000 người ngoại tịch và đưa vào các trại tạm giữ, với mức chi phí hoạt động hàng năm là khoảng 1.7 tỷ đô la Mỹ.
Tháng Năm năm 2010, có thông tin về việc Cục Chấp pháp Hải quan và Di trú đang điều tra các cáo giác về một nhân viên gác trại ở một trung tâm tạm giữ người di trú ở bang Texas đã tấn công tình dục một số phụ nữ bị tạm giữ trong trại. Đây là sự kiện mới nhất trong hàng loạt các tin đồn về tấn công và lạm dụng tình dục cùng các vụ quấy rối, khiến công luận phải quan tâm kể từ khi Cục Chấp pháp Hải quan và Di trú được thành lập vào năm 2003.
Trong báo cáo vào tháng Bảy, Trục xuất vắng mặt, Tổ chức Theo dõi Nhân quyền ghi nhận những trở ngại trong quy trình pháp lý về di trú đối với những người bị bệnh tâm thần, trong đó bao gồm sự thiếu hụt về hỗ trợ pháp lý và nhiều vụ bị giam giữ kéo dài.
Trong năm 2010, Cục Chấp pháp Hải quan và Di trú đã đưa ra những đề xuất hữu ích để khắc phục tình trạng lạm dụng tình dục trong các cơ sở di trú và cải thiện đối xử với những người bị bệnh tâm thần trong các trại tạm giữ, nhưng tính đến thời điểm báo cáo này được viết, chỉ có một số ít biện pháp được triển khai trên thực tế.
Vào cuối năm 2009, Tổ chức Theo dõi Nhân quyền thông báo về tình trạng những người nhập cư đang bị tạm giữ thường xuyên bị chuyển trại giữa các cơ sở tạm giam, tạm giữ trên khắp nước Mỹ. Tính từ năm 1999 đến 2008, có hơn 1,4 triệu người bị chuyển trại, làm ảnh hưởng đến quyền được tiếp cận tư vấn, nhân chứng và vật chứng của những người bị tạm giữ. Vào tháng Bảy 2010, Cục Chấp pháp Hải quan và Di trú tuyên bố khai trương hệ thống tra cứu trực tuyến người tạm giam theo nơi giam giữ - một cải tổ quan trọng - nhưng Quốc hội vẫn chưa thực hiện những bước để giám sát quyền luân chuyển tù nhân hiện đang được trao gần như toàn quyền cho Cục Chấp pháp Hải quan và Di trú, và Cục này cũng chưa ban hành được những quy định nhằm hạn chế việc luân chuyển như đã hứa.
Cục Chấp pháp Hải quan và Di trú tiếp tục bao sân về quyền trục xuất. Vào tháng Sáu, Cục phó John Morton viết về ý định ưu tiên trục xuất "những tội phạm nguy hiểm là người ngoại tịch". Nếu được thi hành, đó sẽ là một cải cách quan trọng - từ trước đến nay số người nhập cư bị trục xuất nhiều nhất là những tội phạm cấp thấp và không sử dụng bạo lực - nhưng triển vọng về thay đổi trong cách làm của Cục Chấp pháp Hải quan và Di trú vẫn chưa có gì rõ ràng, tính đến thời điểm viết báo cáo này.
Căn cứ trên các số liệu do Trung tâm Quyền Hợp Hiến và các nhóm khác công bố năm 2010, 79 phần trăm số trường hợp trục xuất theo chương trình "Cộng đồng An toàn" của Cục Chấp pháp Hải quan và Di trú là những đối tượng phạm các tội không nghiêm trọng và không sử dụng bạo lực. Theo kết quả phân tích riêng của Tổ chức Theo dõi Nhân quyền dựa trên số liệu của chính phủ, ba phần tư số người ngoại tịch bị trục xuất trong khoảng thời gian từ năm 1997 đến 2007 là do phạm những tội nhẹ hoặc không sử dụng bạo lực. Dựa trên các điều luật hà khắc được thông qua năm 1996, trong nhiều vụ trục xuất, quan tòa không có quyền cho phép những di dân phạm các tội nhẹ nói trên được ở lại trên đất Mỹ, dù họ từng nhập cảnh hợp pháp, có vợ hoặc chồng, hay con là công dân Mỹ, đã có đóng góp kinh tế hoặc phục vụ trong quân đội Mỹ.
Nỗ lực của Quốc hội nhằm cải thiện hệ thống di trú vẫn dậm chân tại chỗ. Không có một điều luật mới nào về cải tổ di trú được thông qua tại Quốc hội, kể cả Điều luật Hy vọng (DREAM-Act) - được xây dựng để hỗ trợ trẻ em nhập cư lớn lên trên đất Mỹ - bắt đầu được đưa ra bàn thảo từ năm 2001. Hệ thống hiện tại tạo ra một số đông người sinh sống bất hợp pháp - những người sống không có giấy tờ nhiều năm nay trên đất Mỹ. Theo Trung tâm Nghiên cứu người gốc Mỹ La tinh thuộc quỹ Pew, có 5,9 triệu người không có giấy tờ (tức là 53 phần trăm tổng số người không có giấy tờ) đã sống ở Mỹ trên 10 năm, và 1,4 triệu đã sống ở đây hơn 20 năm. Báo cáo tháng Bảy của Tổ chức Theo dõi Nhân quyền, nhan đề Cứng rắn, công bằng và mềm dẻo chỉ rõ những thất bại của ngành lập pháp trong việc cải tổ luật di trú Hoa Kỳ là vi phạm những nguyên tắc cơ bản của nhân quyền.
Trong năm 2010, một số tiểu bang tại Hoa Kỳ tiếp tục đưa ra những luật lệ di trú bất cập. Bộ luật SB 1070 của bang Arizona, cho quyền cảnh sát được xét hỏi bất kỳ ai có biểu hiện là người nhập cư không có giấy tờ. Trong tháng Bảy, một tòa án liên bang đã ra phán quyết cấm thi hành những nội dung đang gây tranh cãi nhiều nhất của điều luật SB 1070, trong đó có quyền thẩm vấn "dựa trên dấu hiệu khả nghi", trên cơ sở: luật tiểu bang Arizona phải phù hợp với luật di trú liên bang, và không được phép tạo gánh nặng cho những người nhập cư hợp pháp. Phán quyết đó đang trong quá trình phúc thẩm.
Quyền của người lao động
Công nhân Hoa Kỳ tiếp tục phải đối mặt với những trở ngại nghiêm trọng trong việc thành lập và tham gia hoạt động công đoàn, còn Chính phủ Hoa Kỳ hiện không đáp ứng được nghĩa vụ quốc tế đảm bảo cho công nhân thực thi các quyền nói trên. Tổ chức Theo dõi Nhân quyền ủng hộ Điều luật Tự do Lựa chọn cho Người Làm công, một đề xuất lập pháp khiêm tốn nhằm giảm bớt những trở ngại nói trên, nhưng một Thượng nghị sỹ đe dọa sẽ dùng biện pháp câu giờ (filibuster) khiến Dự thảo không được đưa ra nghị sự suốt hai năm qua.
Báo cáo tháng Chín 2010 của Tổ chức Theo dõi Nhân quyền, tựa đề Một vụ kỳ lạ, tập trung vào những vi phạm đối với quyền lập hội và thương lượng của công nhân Hoa Kỳ làm việc cho các tập đoàn đa quốc gia có trụ sở tại châu Âu đang hoạt động tại Hoa Kỳ. Các công ty châu Âu, từng tuyên bố tuân thủ những tiêu chuẩn cơ bản về Luật Tổ chức Lao động Quốc tế và các điều luật về nhân quyền khác, thường xuyên vi phạm những quy tắc này khi hoạt động trên đất Mỹ, nơi mà điều luật lao động thiếu những đảm bảo đủ tiêu chuẩn trong các lĩnh vực cốt yếu.
Báo cáo ra tháng Năm 2010 của Tổ chức Theo dõi Nhân quyền, Những cánh đồng bất trắc, bộc lộ thực trạng điều kiện làm việc của hàng trăm ngàn trẻ em đang lao động trên các nông trại ở Hoa Kỳ. Điều luật Tiêu chuẩn Lao động Công bằng ban hành năm 1938 trực tiếp loại trẻ em làm việc trong các nông trại khỏi quy định giới hạn độ tuổi nhỏ nhất và số giờ tối đa áp dụng cho trẻ em làm trong tất cả các ngành nghề khác, khiến các em có nguy cơ phải bắt đầu làm việc ở độ tuổi nhỏ hơn nhiều, làm dài giờ hơn và trong điều kiện độc hại hơn rất nhiều. Những quy định bảo hộ của liên bang thì có nhưng ít khi được giám sát, và luật về lao động trẻ em của các tiểu bang chênh nhau rất nhiều về mức độ nghiêm khắc và chế tài. Kết quả là trẻ em làm việc ở các nông trại, đa số là các em gốc Mỹ La tinh, thường phải làm việc hơn 10 tiếng mỗi ngày, có nguy cơ bị nhiễm độc thuốc trừ sâu, cảm nắng, tai nạn và thương tật suốt đời. Nhiều em phải bỏ học và một số trường hợp các em gái trở thành đối tượng bị quấy rối tình dục.
Chính sách y tế
Trong tháng Ba 2010, Tổng thống Obama ký Điều luật Bảo hộ Bệnh nhân và Chăm sóc Hợp khả năng chi trả, tạo điều kiện cho hơn 32 triệu dân Hoa Kỳ hiện không có Bảo hiểm Y tế có cơ hội được bảo hiểm. Tuy nhiên, quy định của điều luật hạn chế cách thức các công ty bảo hiểm xét duyệt chi phí cho các ca nạo thai có thể gây khó khăn cho việc tiếp cận dịch vụ nạo thai.
Trong tháng Bảy 2010, chính quyền Obama ban hành Chiến lược Quốc gia Phòng chống AIDS lần đầu tiên ở Hoa Kỳ. Tỷ lệ nhiễm HIV tại Hoa Kỳ tiếp tục tăng ở mức báo động, đặc biệt là trong các cộng đồng thiểu số, và nhiều tiểu bang tiếp tục tỏ ra coi thường nhân quyền và sức khỏe cộng đồng, vì có chương trình giáo dục giới tính chỉ giới hạn trong phạm vi khuyên không quan hệ tình dục, thiếu sự bảo trợ pháp lý cho những người nhiễm HIV dương tính, không thực hiện các chương trình hạn chế nguy cơ lây nhiễm như cung cấp xi lanh sạch, và không cấp đủ ngân sách cho hoạt động phòng chống và điều trị HIV/AIDS.
Quyền của phụ nữ và trẻ em gái
Dù chính phủ Obama đã tuyên bố ủng hộ việc thông qua hiệp ước về quyền phụ nữ toàn cầu, Hiệp ước về Xóa bỏ mọi Hình thức Phân biệt đối xử với Phụ nữ, nhưng cả chính phủ lẫn Thượng nghị viện đều không xúc tiến việc ký kết. Tính đến thời điểm hiện tại, Hoa Kỳ là một trong số bảy quốc gia duy nhất còn lại trên thế giới chưa tham gia Hiệp ước nói trên. Một điều luật nhằm tăng cường nỗ lực của Hoa Kỳ trong việc ngăn ngừa bạo lực đối với phụ nữ trên toàn cầu đã được tạo đà rất tốt trong năm 2010, nhưng vẫn đang nằm trên bàn của Quốc hội tính đến thời điểm viết báo cáo này.
Ở công sở, nữ giới vẫn chỉ được trả khoảng 77 phần trăm tiền công so với nam giới. Hoa Kỳ là một trong số vài quốc gia không bảo đảm cho phụ nữ được hưởng lương khi nghỉ đẻ, và số lượng các khiếu kiện về phân biệt đối xử với người mang thai đang gia tăng đột biến. Vẫn chưa có nhiều đại diện phụ nữ trong bộ máy chính phủ ở các cấp, ngay cả ở Quốc hội, nơi phụ nữ chỉ chiếm hơn 17 phần trăm thành viên.
Ở Hoa Kỳ, vẫn có nhiều trở ngại khi những người phụ nữ bị bạo hành muốn tìm sự bảo vệ và công lý. Hàng năm, có hàng ngàn đơn của phụ nữ yêu cầu nơi trú ngụ khẩn cấp hoặc tạm trú chuyển tiếp sau khi thoát nạn bạo hành gia đình không được giải quyết đầy đủ, một phần vì ngân sách liên bang cho các dịch vụ đó không đáp ứng đủ nhu cầu. Vào tháng Bảy, Tổ chức Theo dõi Nhân quyền công bố một báo cáo trong đó thống kê rõ có tới 80 phần trăm các mẫu tang vật hãm hiếp (bằng chứng DNA thu được trên cơ thể nạn nhân) ở bang Illinois chưa từng được giảo nghiệm. Tiểu bang này đang nỗ lực khắc phục vấn đề nói trên: Thống đốc Pat Quinn đã ký một văn bản luật vào cùng thời gian báo cáo của Tổ chức Theo dõi Nhân quyền được công bố, chỉ thị cho các sỹ quan chấp pháp phải gửi ngay các mẫu tang vật hãm hiếp đến nơi xét nghiệm, khiến Illinois trở thành tiểu bang đầu tiên của Hoa Kỳ áp dụng quy định trên.
Phân biệt đối xử dựa trên xu hướng tình dục và căn cước giới tính
Luật pháp Hoa Kỳ không có những quy định cấm phân biệt đối xử dựa trên xu hướng tình dục và căn cước giới tính. Điều luật Đoàn tụ Gia đình Hoa Kỳ, công nhận quan hệ đồng giới giữa một công dân Hoa Kỳ và một người nước ngoài nhằm mục đích giải quyết thủ tục di trú, không được Quốc hội thông qua. Điều luật Bảo vệ Hôn nhân, ngăn cấm chính quyền liên bang công nhận các quan hệ giữa hai người đồng giới vẫn còn nguyên hiệu lực.
Ở cấp tiểu bang, có một số bước tiến nhằm cải thiện quyền của những người đồng tính luyến ái nam, nữ, quan hệ lưỡng giới và chuyển đổi giới tính. Một tòa án liên bang đặt tại một quận của bang Masachusetts tuyên bố điều khoản của Luật Bảo vệ Hôn nhân ngăn cấm chính phủ liên bang công nhận các cuộc hôn nhân đồng giới đã được đăng ký ở các địa hạt khác là vi hiến. Một vài tòa án cấp quận ở bang California phán quyết rằng Tu chính án dựa trên hiến pháp của Bang California ngăn cấm kết hôn đồng giới (Dự luật số 8) và chính sách của liên bang ngăn cản những người luyến ái đồng tính và lưỡng tính công khai phục vụ trong quân đội (Quy định "Không hỏi, không nói") là vi phạm Hiến pháp Hoa Kỳ.
Trong tháng Năm, Quốc hội có một động thái hướng tới hủy bỏ quy định "Không hỏi, không nói", nhưng tính đến thời điểm viết báo cáo này vẫn chưa có kết quả. Điều luật Cấm Phân biệt Đối xử trong Tuyển dụng - với các quy định ngăn ngừa phân biệt đối xử khi tuyển dụng ở cấp liên bang vì xu hướng tình dục hay căn cước giới tính - vẫn đang nằm trên bàn Quốc hội.
Chống khủng bố
Mặc dù có những bằng chứng hiển nhiên về việc quan chức chính quyền dưới thời Bush cha đã ký duyệt các biện pháp thẩm vấn trái luật, bao gồm tra tấn và đối xử tồi tệ, chính quyền Obama vẫn chưa triển khai việc truy tố bất kỳ một quan chức cao cấp hay thành lập một ủy ban thanh tra nào. Vào tháng Giêng, Văn phòng Trách nhiệm Chuyên môn thuộc Bộ Tư pháp công bố một báo cáo kết luận rằng các luật sư cao cấp nhất trong Văn phòng Cố vấn Pháp luật dưới thời Bush không vi phạm các quy định đạo đức ngành nghề theo luật định khi soạn thảo các bị chú cho phép thực hiện cái gọi là các biện pháp thẩm vấn nâng cao, mà chỉ "thể hiện sự thiếu cân nhắc".
Mặc dù trong năm 2009 Bộ trưởng Tư pháp Eric Holder đã chỉ định một công tố viên liên bang phụ trách việc đánh giá lại các biện pháp thẩm vấn áp dụng sau sự kiện 11/9, vị này chưa công bố báo cáo nào và, căn cứ trên các biểu hiệu thấy được, việc điều tra này chắc không đụng chạm tới trách nhiệm của các quan chức cao cấp, những người đã chấp thuận chính sách và cho phép lạm dụng tù nhân. Một số phiên tòa đã chấp thuận việc chính quyền Obama tiếp tục áp dụng một khái niệm quá rộng về đặc quyền "bí mật quốc gia", cắt đi thêm một triển vọng phục hồi công bằng cho các nạn nhân bị tra tấn và chịu các hình thức lạm dụng khác.
Về việc chuyển các can phạm khủng bố ra nước ngoài, chính quyền Obama phát biểu rằng họ tiếp tục trông cậy vào các "cam kết ngoại giao": những lời hứa không có ràng buộc cụ thể và thường bất khả tín từ các quốc gia tiếp nhận rằng tù nhân sẽ được đối xử nhân đạo. Vào tháng Bảy, chính quyền Obama chuyển giao một can phạm gốc Algieria từ trại Guantanamo về nước này, cũng trên cơ sở các cam kết nói trên, bất chấp những lời tuyên bố của anh ta về việc mình sẽ bị tra tấn hoặc chịu sự đối xử tồi tệ từ phía chính phủ Algieria hoặc các thành phần bên ngoài chính phủ.
Chính quyền Obama không thực hiện được việc đóng cửa nhà tù Guantanamo đúng thời điểm tự ấn định, và đã thất bại trong việc đưa ra những chỉ dấu cụ thể cho thấy khi nào thì trại này sẽ chính thức được đóng cửa. Dù chính phủ không tìm cách thúc đẩy các điều luật về giam giữ để phòng ngừa, nhưng những nghi can ở Guantanamo vẫn tiếp tục bị giam giữ không rõ tội danh, chỉ căn cứ trên quyền hạn bắt giam trong thời chiến. Vào tháng Năm, chính phủ tuyên bố tiếp tục giam giữ vô thời hạn đối với ít nhất 48 nghi can, dù họ đã bị giam giữ ở Hoa Kỳ khoảng tám năm. Sau khi có vụ một người Nigieria, được cho là đã qua huấn luyện với Al Qaeda tại Yemen, âm mưu đánh bom một máy bay Mỹ, chính quyền Obama quyết định ngừng chuyển giao tù nhân tới Yemen khiến 57 người Yemen đã có quyết định chuyển giao bị kẹt lại Guantanamo không biết đến bao giờ.
Làn sóng phản đối chính trị sau khi Bộ trưởng Tư pháo Holder tuyên bố vào tháng 11 năm 2009 rằng Khalid Sheikh Mohammed và bốn nghi can "cao giá" nữa sẽ bị xử tại tòa hình sự liên bang, khiến chính quyền Obama phải xem xét lại quyết định của mình. Tại thời điểm báo cáo này được viết, vẫn chưa có quyết định về việc phiên tòa sẽ diễn ra ở đâu và như thế nào.
Cùng thời điểm đó, chính quyền Obama tiến hành các vụ án khác thông qua các ủy ban quân sự, trong đó có vụ xử Ibrahim al Qosi, một người Sudan đã thú nhận có tội nhưng mức án vẫn còn trong vòng bí mật. Chính quyền Obama cũng dùng ủy ban quân sự để xét xử Omar Khadr, một chiến binh vị thành niên, dù Khadr mới chỉ được 15 tuổi vào thời điểm bị bắt, và tội danh bị truy tố không phải là tội ác chiến tranh. Dù đã có một số cải thiện, các ủy ban quân sự vẫn thiếu những bảo đảm cơ bản cho việc xét xử công bằng như ở các tòa án liên bang Hoa Kỳ, vẫn cho phép sử dụng những bằng chứng thu được bằng cách ép buộc, kỳ thị những người ngoại tịch. Các ủy ban quân sự là công cụ để khởi tố những người có hành vi mà trước đó chưa từng bị coi là vi phạm luật chiến tranh, gây những quan ngại nghiêm trọng về tính hồi tố.