לאחר הבחירות השנויות במחלוקת לנשיאות, שהתקיימו ב-12 ביוני, ובעקבות מחאות ההמונים שהן עוררו, נקטה הממשלה באמצעי הדיכוי הנרחבים ביותר מזה עשור. על-פי מקורות רשמיים, כוחות הביטחון אחראיים למותם של 30 בני אדם לפחות. ב-13 באוגוסט אמר דובר הרשות השופטת, עלי רזא ג'משידי, כי מאז הבחירות ועד לאותו מועד עצרו הרשויות 4,000 בני אדם, בעיקר בפעולות מחאה שהתקיימו בחוצות ואשר היו בלתי אלימות בעיקרן. כמו כן, כוחות ביטחון עצרו עשרות ממבקריה הבולטים של הממשלה, ובהם עורכי דין הפועלים למען זכויות האדם שהוחזקו בידי הממשלה ללא משפט, רבים מהם בבידוד. הרשות השופטת, משמרות המהפכה, מיליציית בסיג' ומשרד המודיעין - כולם מוסדות הכפופים למנהיג העליון עלי ח'אמנאי - נושאים באחריות להפרות רבות וקשות של זכויות האדם. בה בעת, נמשכו גם השנה הפגיעות בזכויות האדם שהיו נהוגות בשנים עברו, ובכלל זה הגבלות על חופש הביטוי ועל חופש ההתאגדות, אפליה על רקע דת ומגדר, והשימוש התכוף בעונש מוות, המוטל גם על עבריינים קטינים.

עינויים ויחס בלתי נאות לאסירים פוליטיים

לאחר הבחירות השנויות במחלוקת, הן מפגינים מן השורה והן גורמי אופוזיציה בולטים היו נתונים למעצר ללא משפט, ליחס אכזרי שכלל אלימות מינית, ולשלילה של הזכות להליך הוגן, כולל מניעת גישה לעורכי דין שהם בוחרים לעצמם. ארגון Human Rights Watch תיעד לפחות 26 מקרים שבהם עצירים היו נתונים לעינויים ו/או אולצו למסור הודאות שווא, אף כי פעילים מקומיים מעריכים כי היו מקרים רבים כאלה שלא תועדו. כמה מהעצירים ששוחררו סיפרו לארגון Human Rights Watch כי הם הוחזקו בבידוד וכי נשללה מהם הגישה למזון ולטיפול רפואי נאות. אנשי כוחות הביטחון השתמשו במכות, איימו על בני משפחה, מנעו שינה וביימו הוצאות להורג כדי להטיל אימה על עצירים ולהכריח אותם להודות כי הסיתו לקיום מהומות לאחר הבחירות וכי תכננו "מהפכת קטיפה". הממשלה קיימה סדרה של משפטי ראווה שבמהלכם "הודו" בפומבי בהאשמות אלה גורמים פוליטיים בולטים כמו סגן הנשיא לשעבר, מוחמד עלי אבטחי, מוחמד אתריאנפאר, סעיד חג'אריאן, סעיד שריעתי, עבדאללה מומני, הדאיית אר'איי וכן עיתונאים ופרשנים כמו מאזיאר בהארי, אמיר חוסיין מהדווי וחוסיין רסאם.

חופש הביטוי

הרשויות באיראן המשיכו לכלוא עיתונאים ועורכים על כך שנתנו פומבי להשקפות ביקורתיות. הרשויות פיקחו באופן הדוק על פרסומים ועל הפעילות האקדמית.

בתקופה שלאחר הבחירות עצרו הרשויות למעלה מ-30 עיתונאים וכותבי בלוגים. כמה מהעיתונאים שנכלאו ומבני משפחותיהם טענו כי כוחות הביטחון נקטו נגדם יחס בלתי נאות במהלך המעצר והתעללו בהם.

במהלך שנת 2009 העבירה המועצה הלאומית לביטחון של איראן לעיתונים אזהרות רשמיות ובלתי רשמיות לבל יסקרו עניינים כמו הפרות של זכויות האדם ומחאות חברתיות. משרד התרבות וההכוונה האסלאמית ממשיך לפקח על עיתונים עצמאיים ולצנזר אותם לפני הפרסום.

ב-15 ביוני השעו הרשויות את פרסומו של "כּלמה סאבְּז" (המילה הירוקה), עיתון שנמצא בבעלותו של מועמד האופוזיציה לנשיאות, מיר חוסיין מוסאווי. ב-17 באוגוסט נסגר "אעתמאד מלי", עיתון הקשור למועמד נוסף, מהדי כָּרוּבִּי, בשל פרסום מכתבו של כרובי שבו טען כי חלק מאנשים שנעצרו באיראן לאחר הבחירות סבלו מהטרדות מיניות ונאנסו במעצר.

אוניברסיטאות ציבוריות אסרו על סטודנטים מסוימים שהיו פעילים פוליטית להירשם לתכניות לימודים לתואר שני אף כי קיבלו בתואר הראשון ציונים שאמורים היו להבטיח את קבלתם.

בעקבות הבחירות הגבירה הממשלה מאוד את ההגבלות המוטלות על התקשורת המקומית והזרה, עצרה לפחות שני עיתונאים שעבדו עבור תחנות בינלאומיות, ואסרה על לפחות תריסר עיתונאים לסקר את ההתפתחויות שחלו לאחר הבחירות, ובכך כפתה עליהם לעזוב את המדינה. בתחילת חודש אוקטובר החרימו כוחות הביטחון את דרכוניהם של שלושה עיתונאים איראנים בכירים בנמל התעופה של טהראן - בדרולסדת מופידי, פרזאנה רוסתאי וזהרא אברהימי - ומנעו מהם לעזוב את גבולות המדינה.

הממשלה חוסמת בשיטתיות אתרי אינטרנט איראניים וזרים המפרסמים חדשות וניתוח פוליטי. הממשלה אף חיבלה בשירותי שליחת מסרוני טקסט בטלפונים ניידים לקראת התכנסויות של קבוצות אופוזיציה.

חופש ההתאגדות 

הממשלה הגבירה את ההגבלות המוטלות על ארגונים של החברה האזרחית הפועלים למען זכויות האדם וחופש הביטוי. ב-23 בדצמבר 2008 סגרו כוחות הביטחון את המרכז למגני זכויות האדם שבראשו עמדה כלת פרס נובל לשלום לשנת 2003 שירין עבאדי. במועד מאוחר יותר איימו הרשויות על עורכי דין העוסקים בתחום זכויות האדם ומקושרים למרכז שנסגר ודרשו מהם להפסיק לשתף פעולה עם עבאדי.

ב-17 באוגוסט סגרו גורמים רשמיים, שהחזיקו בצו מטעם סעיד מורתזווי, התובע הכללי של טהראן, את אגודת העיתונאים האיראניים ביום כינוסו של המפגש השנתי של האגודה. בכך שמו גורמים אלה קץ לפעילותה של אגודת העיתונאים הגדולה ביותר באיראן, והיחידה שהנה עצמאית, שבה חברים 3,700 אנשי תקשורת.

ב-21 בינואר שר המדע, המחקר והטכנולוגיה, מוחמד מהדי זאהדי, הכריז כי ארגון הסטודנטים העצמאי "דפתר תחכים וחדת" (המשרד לחיזוק האחדות) הפועל בכל רחבי המדינה הנו ארגון בלתי חוקי. השר אסר על הארגון להמשיך לפעול בתוך כל אוניברסיטה שהיא. ב-2 באוקטובר עצרו הרשויות 14 ממנהיגי ארגון הסטודנטים בשעה שערכו פגישה בלתי רשמית בפארק בצפון טהראן. הממשלה אף מוסיפה לאסור על פעולת ארגוני החברה האזרחית דוגמת "פעילים בהתנדבות" (מרכז מידע לארגוני החברה האזרחית), מרכז ההכשרה לארגונים לא ממשלתיים ומכון רהי, שכולם מנוהלים בידי פעילים בולטים בחברה האזרחית ואת כולם הממשלה סגרה באורח שרירותי בשנים 2008-2007.

מאז שנת 2006 נקטו הרשויות יד קשה נגד ארגוני עובדים, ארגוני מורים וארגונים הפועלים למען זכויות נשים אשר פעלו למען שיפור בתנאי ההעסקה, משכורות טובות יותר, הטבות ודרישות לשינוי בחוקים מפלים. בשנת 2009 עצרו הרשויות מנהיגי איגודים ופעילוֹת לזכויות נשים, ופיזרו כינוסים של מורים ועובדים.

עונש המוות

איראן מבצעת מדי שנה יותר הוצאות להורג מכל מדינה אחרת זולת סין. עונשים אלה מבוצעים לעתים מזומנות לאחר הליך משפטי בלתי הוגן או בעל אופי פוליטי מבלי שניתנה לנאשם גישה הולמת לייעוץ משפטי. בשנת 2009 הוציאו הרשויות להורג בתלייה בעיר כּרג' 20 בני אדם שנאשמו בסחר בסמים ו-13 חברי ג'ונדאללה, ארגון אופוזיציה חמוש הפועל במחוז סיסתאן ובַלוּצִ'סְתאן.

איראן היא המובילה בעולם בהוצאה להורג של עבריינים קטינים. מתחילת שנת 2009 ועד חודש אוקטובר הוציאה איראן להורג שלושה עבריינים קטינים. החוק האיראני מתיר הטלת עונשי מוות על אנשים שהגיעו לבגרות מינית, המוגדרת בחוק האיראני כגיל 9 לבנות וגיל 15 לבנים. לפחות 130 עבריינים קטינים אחרים נידונו למוות וממתינים לביצוע עונשם. במקרים רבים נקבעו עונשים אלה במשפט לא הוגן.

ב-21 בינואר הוציאה איראן להורג אזרח אפגאני בן 21 בשם מולה גול חסן בגין פשע שבוצע לכאורה כשהיה בן 17. ב-1 במאי הוציאה איראן להורג בתלייה את דלרה דרבי, בת 22, שהואשמה במעשה רצח שבוצע כשהייתה בת 17. ההוצאה להורג, שבוצעה בחשאי, נקבעה כעונש חרף ההליך המשפטי הפגום שקדם לה ולמרות צו מניעה שהוצא ב-19 באפריל למשך חודשיים בידי האייתולה שאהרודי, ראש הרשות השופטת. ב-12 באוקטובר הוציאו הרשויות להורג את בהנוד שוג'עי בגין מעשה הרג שביצע בשנת 2005 בעת שהיה בן 17, אף על פי שמשפחת הקרבן העניקה לו מחילה ראשונית.

מגני זכויות האדם

בשנת 2009 החמירה הממשלה את אמצעי הדיכוי שהיא נוקטת נגד עורכי דין הפועלים למען זכויות האדם, החזיקה את חלקם במעצר שרירותי, הטילה עליהם איסורי נסיעה והטרידה אותם. מאז הבחירות השנויות במחלוקת שהתקיימו ב-12 ביוני עצרו הרשויות לפחות ארבעה עורכי דין הפועלים למען זכויות האדם, ובהם עבדולפתאח סולטאני, שאדי סדר, מוחמד מוסטפאי ומוחמד עלי דדח'אה. פעולות הדיכוי של הממשלה נגד עורכי דין בולטים כאלה היו ניסיון להטיל אימה לא רק עליהם אלא גם על עורכי דין צעירים ובולטים פחות השוקלים לייצג עצירים פוליטיים.

בכירים ברשות השופטת לא התירו לבני משפחות של עצירים לבחור עבורם עורכי דין בולטים ועצמאיים. לדברי בני משפחות של עצירים, גורמים רשמיים מסרו להם כי אם יבחרו עורך דין מבין אלה, הרי שיקיריהם "יישארו בכלא הרבה זמן". כמה עצירים ששוחררו אמרו לארגון Human Rights Watch כי כאשר ביקשו לבחור לעצמם עורך דין, נאסר עליהם לנקוב בשמה של שירין עבאדי או בשמם של עורכי דין בולטים אחרים.

היחס למיעוטים

הממשלה ממשיכה לשלול את חופש הדת מבני האמונה הבהאית, שהנם המיעוט הדתי הלא-מוסלמי הגדול ביותר באיראן. בחודש מאי 2008 עצרו הרשויות שבעה ממנהיגי הארגון הכלל-ארצי של הבהאים על סמך האשמות ביטחוניות כוזבות. הממשלה האשימה אותם בריגול בלי לספק כל ראיה לכך, ודחתה את בקשות עורכי דינם לשחררם בערבות ולקיים לאלתר משפט חופשי והוגן. נכון לחודש נובמבר 2009, השבעה עדיין עצורים.

במחוזות הצפון-מערביים אזרביג'אן וכורדיסתאן מגבילה הממשלה את הפעילות התרבותית והפוליטית, ובכלל זה את פעילותם של ארגונים המתמקדים בעניינים חברתיים. הממשלה אף מגבילה

את אפשרותם של מיעוטים אלה לפעול לקידום תרבויותיהם ולשונותיהם.

גורמי מפתח בינלאומיים

הממשלה מאשימה כלי תקשורת זרים וממשלות זרות בהסתה לקיום הפגנות לאחר הבחירות השנויות במחלוקת לנשיאות שהתקיימו באמצע חודש יוני. הממשלה גירשה מתחומי המדינה את מרבית הכתבים הזרים ועצרה אזרחים איראנים שהועסקו בשגרירות בריטניה בטהראן.

לאחר הבחירות גינה ממשל אובמה את האלימות שננקטה נגד מפגינים וקרא לכבד את זכויות האדם באיראן. הממשל האמריקאי הקפיד שמדברי הגינוי לא תשתמע הבעת תמיכה בתנועת האופוזיציה.

ב-26 באוקטובר פרסמה שבדיה, שהייתה באותה עת הנשיאה התורנית של האיחוד האירופי, דברי גינוי קשים בנוגע למצב זכויות האדם לאחר הבחירות, ובמיוחד נוכח העלייה במספר עונשי המוות, המשפטים ההמוניים של כ-150 אסירים שהואשמו בביצוע פשעים נגד הביטחון הלאומי ומעצרם השרירותי של עיתונאים, פעילים למען זכויות האדם ופעילים פוליטיים.

מאז שנת 2005 מנעה הממשלה ממומחים עצמאיים של מועצת זכויות האדם של האו"ם לבקר באיראן ולחקור טענות בדבר הפרות של זכויות האדם. הוועדה השלישית של העצרת הכללית של האו"ם, המורכבת מכל המדינות החברות בעצרת הכללית עצמה, אישרה ב-20 בנובמבר החלטה המותחת ביקורת על איראן בגין "הטרדה, הטלת מורא ורדיפה של אנשי אופוזיציה, כולל באמצעות מעצר שרירותי, כליאה או העלמה", וכן בגין "אלימות והטלת מורא על-ידי מיליציות הפועלות בהנחיית הממשלה".