بدنبال انتخابات ریاست جمهوری اختلاف انگیز 12 ژوئن و اعتراضات وسیعی که براه افتاد، حکومت ایران دست به سرکوبی زد که وسعت آن طی یک دهه گذشته بیسابقه بوده است. بر اساس منابع رسمی، نیروهای امنیتی مسئول مرگ دستکم 30 نفر هستند. علیرضا جمشیدی سخنگوی قوه قضائیه در 13 اوت گفت 4000 نفر پس از انتخابات دستگیر شدند که بیشتر آنها در جریان تظاهرات خیابانی عمدتا مسالمت آمیز بود. مامورین امنیتی همچنین دهها نفر از منتقدان سرشناس حکومت از جمله وکلای حقوق بشر را بدون اتهام دستگیر و بسیاری از آنها را در سلولهای انفرادی حبس کردند. قوه قضائیه، سپاه پاسداران، بسیج و وزارت اطلاعات که همگی به علی خامنه ای رهبر ایران گزارش می دهند مسئول بسیاری از موارد جدی نقض حقوق بشر بوده اند. در همین حال مشکلات همیشگی در زمینه حقوق بشر از جمله محدودیت آزادی بیان و اجتماعات، تبعیض های دینی و جنسیتی و نیز استفاده  فراوان از مجازات اعدام حتی علیه کودکان بزهکار بی وقفه ادامه یافته است.

شکنجه و بدرفتاری با زندانیان سیاسی

بدنبال این انتخابات جنجالی، هم تظاهرکنندگان معمولی و هم چهره های برجسته مخالف بدون محاکمه، رعایت تشریفات قانونی و دسترسی به وکلای مورد انتخاب خود بازداشت شدند و مورد بدرفتاری و خشونت جنسی قرار گرفتند. دیده بان حقوق بشر دستکم گزارش مستندی از 26 مورد از بازداشت شدگانی که مورد شکنجه قرار گرفتند و/یا مجبور به اعترافات دروغین قرار گرفتند تهیه کرده است. فعالان در ایران معتقدند تعداد این موارد بسیار بیشتر است. برخی از افرادی که آزاد شدند به دیده بان حقوق بشر گفته اند در سلولهای انفرادی نگهداری شده و از آب و مراقبت های پزشکی مناسب محروم بوده اند. مامورین امنیتی از ضرب و شتم، تهدید علیه اعضای خانواده، محرومیت از خواب و اعدام های کاذب برای ارعاب بازداشت شدگان و مجبور نمودن آنها به اعتراف به تحریک شورش های پس از انتخابات و توطئه برای "انقلاب مخملی" استفاده کردند. حکومت مجموعه ای از دادگاه های نمایشی را به راه انداخت که در آن برخی چهره های سیاسی سرشناس همچون محمد علی ابطحی معاون پیشین رئیس جمهور، محمد عطریانفر، سعید حجاریان، سعید شریعتی، عبدالله مومنی، هدایت آقایی و نیز روزنامه نگاران و تحلیلگرانی نظیر مازیار بهاری، امیر حسین مهدوی و حسن رسام علنا به این اتهام ها "اعتراف" کردند.

آزادی بیان

مقام های ایران به زندانی کردن روزنامه نگاران و سردبیرانی که ناشر دیدگاه های انتقادی هستند ادامه داده و فعالیتهای انتشاراتی و آکادمیک را به شدت کنترل کردند.

به دنبال این انتخابات بیش از 30 روزنامه نگار و وبلاگنویس دستگیر شده اند. برخی روزنامه نگاران دستگیر شده و خانواده هایشان گفته اند نیروهای امنیتی در دوران بازداشت با آنها بدرفتاری کرده و آنها را آزار داده اند.

در طول سال 2009 شورای امنیت ملی ایران به روزنامه ها نسبت به پوشش موضوعاتی همچون نقض حقوق بشر و اعتراضات اجتماعی بطور رسمی و غیررسمی هشدار داد. وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی به نظارت و سانسور روزنامه های مستقل پیش از انتشار ادامه داد.

در 15 ژوئن مسئولین انتشار روزنامه کلمه سبز را که متعلق به میر حسین موسوی کاندیدای ریاست جمهوری مخالف بود تعطیل کردند. در 17 اوت اعتماد ملی روزنامه کاندیدای دیگر به دلیل انتشار نامه کروبی که در آن گفته شده بود بازداشت شدگان پس از انتخابات مورد آزار و تجاوز جنسی قرار گرفته اند تعطیل شد.

دانشگاه های دولتی به دانشجویان فعال سیاسی اجازه ندادند برای دوره های تحصیلات تکمیلی ثبت نام کنند در حالیکه آنها به دلیل نمرات دوران کارشناسی توانسته بودند به مقاطع بالاتر راه پیدا کنند.

حکومت به دنبال انتخابات محدودیت رسانه های داخلی و خارجی را به شدت افزایش داد، دستکم دو خبرنگار را که با رسانه های خارجی همکاری می کردند دستگیر کرد و به دهها روزنامه نگار دیگر اجازه نداد تحولات پس از انتخابات را پوشش دهند و آنها را مجبور به ترک کشور کرد. نیروهای امنیتی در اوایل اکتبر گذرنامه های سه روزنامه نگار برجسته ایرانی بدرالسادات مفیدی، فرزانه روستایی و زهرا ابراهیمی را در فرودگاه تهران مصادره کرد و مانع شد از کشور خارج شوند.

حکومت بطور سیستماتیک سایت های ایرانی و خارجی را که اخبار سیاسی منتشر می کنند مسدود کرده و سرویس های اس ام اس را نیز پیش از تجمعات گروه های مخالف مختل می کند.

آزادی اجتماعات

حکومت محدودیت سازمان های جامعه مدنی حامی حقوق بشر و آزادی بیان را افزایش داده است. مامورین امنیتی در 23 دسامبر 2008 کانون مدافعین حقوق بشر را که تحت مسئولیت شیرین عبادی برنده جایزه صلح نوبل سال 2003 بود تعطیل کردند. آنها سپس وکلای حقوق بشر مرتبط با این کانون را تهدید کرده و خواستار پایان همکاری آنها با عبادی شدند.

در 17 اوت انجمن روزنامه نگاران ایران با حکم سعید مرتضوی دادستان کل تهران همزمان با نشست سالانه این انجمن تعطیل شد و به این ترتیب فعالیت تنها انجمن مستقل و بزرگترین کانون روزنامه نگاران با بیش از 3700 عضو به پایان رسید.

در 21 ژانویه محمد مهدی زاهدی وزیر علوم، تحقیقات و فناوری دفتر تحکیم وحدت را که یک انجمن مستقل و ملی دانشجویی است غیرقانونی اعلام کرد و ادامه فعالیت آن در همه دانشگاه ها را ممنوع خواند. در 2 اکتبر مسئولین 14 تن از رهبران تحکیم را در جریان جلسه غیررسمی آنها در پارکی در شمال تهران دستگیر کردند. علاوه بر این حکومت همچنان فعالیت سازمان های جامعه مدنی نظیر "بازیگران داوطلب" (منبعی برای سازمان های جامعه مدنی)، "مرکز آموزش ان جی او" و "موسسه رهی" را غیرقانونی می داند. این سازمانها توسط فعالان برجسته جامعه مدنی تاسیس شدند و همگی در سالهای 2007 و 2008  بطور خودسرانه توسط حکومت بسته شدند.

از سال 2006 مقام های ایران برخورد خشنی با گروه های حقوق کارگران، معلمان و زنان کرده است. این گروه ها خواستار بهبود شرایط کاری، دستمزد و مزایای بیشتر و نیز تغییر قوانین تبعیض آمیز هستند. در سال 2009 رهبران اتحادیه ها و فعالان حقوق زنان دستگیر شده و تجمعات معلمین و کارگران سرکوب شده است.

مجازات اعدام

ایران بعد از چین بیش از هر کشور دیگری در دنیا اعدام می کند. این اعدام ها اغلب ناعادلانه و برای جرایم سیاسی بدون دسترسی کافی به مشاوره های قانونی انجام می شود. در طی سال 2009 بیست نفر در شهر کرج به اتهام قاچاق مواد مخدر و 13 نفر از اعضای جند الله (گروه مسلحانه و مخالف در استان سیستان و بلوچستان) به دار آویخته شدند.

ایران سردمدار اعدام کودکان بزهکار در جهان است. تا اکتبر 2009 ایران سه کودک بزهکار را اعدام کرد. قوانین ایران مجازات اعدام برای افرادی که به سن بلوغ رسیده باشند را مجاز می داند. بر اساس قوانین ایران سن بلوغ برای دختران 9 سال و برای پسران 15 سال است.  هم اکنون حداقل 130 کودک بزهکار در انتظار اعدام هستند. این احکام در بسیاری از موارد پس از محاکمات غیرعادلانه انجام می شود.

در 21 ژانویه ایران یک شهروند 21 ساله افغان بنام ملا گل حسن را برای جرمی که گفته می شد در 17 سالگی مرتکب شده اعدام کرد. در 1 مه دلارا دارابی 22 ساله که متهم به قتلی در سن 17 سالگی شده بود به طور مخفیانه اعدام شد. این درحالیست که محاکمه دارابی نواقص متعددی داشت و در 19 آوریل آیت الله شاهرودی رئیس قوه قضائیه دستور داده بود اجرای این حکم برای دو ماه متوقف شود. در 12 اکتبر بهنود شجاعی برای جرمی که در سال 2005 و در سن 17 سالگی مرتکب شده بود اعدام شد. این اعدام در شرایطی صورت گرفت که وکیل شجاعی رضایت اولیه خانواده قربانی را جلب کرده بود.

مدافعین حقوق بشر

در سال 2009 حکومت سرکوب وکلای حقوق بشر را تشدید کرد و با حبس های خودسرانه، ممنوع الخروج کردن و آزار و اذیت به آنها فشار آورد. از انتخابات جنجالی 12 ژوئن تاکنون دستکم چهار وکیل حقوق بشر دستگیر شده اند: عبدالفتاح سلطانی، شادی صدر، محمد مصطفایی و محمد علی دادخواه. حکومت با سرکوب این وکلا بدنبال ارعاب آنها و نیز وکلای جوانی است که شهرت کمتری دارند و در صدد وکالت بازداشت شدگان سیاسی هستند.

مقام های قوه قضائیه به خانواده های دستگیر شدگان اجازه نمی دهند وکلای مستقل و سرشناس حقوق بشر را برای دفاع از بازداشت شدگان انتخاب کنند. اعضای خانواده های بازداشت شدگان می گویند مسئولین به آنها گفته اند اگر این وکلا را انتخاب کنند عزیزانشان "برای مدتی طولانی در زندان باقی خواهند ماند." تعدادی از بازداشت شدگانی که آزاد شده اند به دیده بان حقوق بشر گفته اند به آنها اجازه داده نشد شیرین عبادی و یا دیگر وکلای معروف حقوق بشر را بتوانند برای خود انتخاب کنند.

رفتار با اقلیتها

حکومت همچنان پیروان بهائیت را که بزرگترین اقلیت دینی غیر مسلمان در ایران هستند از آزادی های دینی محروم می کند. در مه 2008 هفت تن از رهبران سازمان ملی بهائیان به اتهام های ساختگی امنیتی دستگیر شدند. حکومت بدون ارائه مدارک آنها را متهم به جاسوسی کرده است. درخواست وکلای آنها برای آزادی با قرار وثیقه و برگزاری سریع دادگاهی آزاد و عادلانه نیز رد شد. این هفت نفر همچنان (نوامبر 2009) در زندان هستند.

در استانهای آذربایجان و کردستان فعالیت های فرهنگی و سیاسی از جمله سازمان هایی که بر موضوعات اجتماعی متمرکز هستند با محدودیتهای حکومتی زیادی مواجه است. محدودیتهایی نیز برای ترویج فرهنگ و زبان این اقلیت ها وجود دارد.

بازگیران بین المللی کلیدی

حکومت رسانه ها و دولت های خارجی را به تحریک تظاهرات پس از انتخابات جنجالی ریاست جمهوری در اواسط ژوئن متهم کرده و بیشتر خبرنگاران خارجی را اخراج و کارمندان محلی (ایرانی) سفارت بریتانیا در تهران را دستگیر کرده است.

دولت اوباما پس از انتخابات خشونت علیه تظاهرکنندگان را محکوم کرد و خواستار احترام برای حقوق بشر در ایران شد. اما او از هر گونه اظهار نظری که حاکی از حمایت از جنبش مخالفین باشد خودداری کرد.

در 26 اکتبر سوئد که ریاست دوره ای اتحادیه اروپا را بر عهده داشت بیانیه ای قوی صادر کرد و در آن وضعیت حقوق بشر در ایران را پس از انتخابات محکوم کرد. در این بیانیه به افزایش مجازات اعدام، دادگاه های جمعی حدود 150 زندانی متهم به اقدام علیه امنیت ملی و حبس خودسرانه روزنامه نگاران، فعالان حقوق بشر و زندانیان سیاسی اشاره  شد.

از سال 2005 تاکنون حکومت مانع از دیدار کارشناسان شورای حقوق بشر سازمان ملل متحد از ایران برای بررسی نقض حقوق بشر در این کشور شده است. در 20 نوامبر کمیته سوم مجمع عمومی سازمان ملل متحد که شامل کشورهای عضو مجمع است قطعنامه ای را تصویب کرد که از ایران به دلیل "آزار، ارعاب، تعقیب، از جمله دستگیری و حبس های خودسرانه و ناپدیدی مخالفین" و نیز " خشونت و ارعاب توسط شبه نظامیان تحت فرمان حکومت" انتقاد کرد.