Zbog zastoja u pregovorima Hrvatske o pridruživanju Europskoj uniji, do kojega je došlo zbog graničnog spora sa Slovenijom i koji je trajao do listopada, te ostavke premijera Ive Sanadera u srpnju, zemlja je većim dijelom 2009. godine bila u stanju političke nesigurnosti.
U međuvremenu je reforma ljudskih prava pala u drugi plan.
Hrvatska i dalje vodi sudske postupke protiv osoba osumnjičenih za ratne zločine, no njena nedosljedna suradnja s Međunarodnim kaznenim sudom za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) i nesrazmjerno velik broj srpskih optuženika (mnogima od kojih se sudi u odsutnosti) i dalje su razlog za zabrinutost.
Osobe s duševnim smetnjama u Hrvatskoj izložene su uskraćivanju prava, a zakon o osobama s invaliditetom iskorištava se za ograničavanje sloboda. Unatoč nekim poboljšanjima, još uvijek nedostaju ključne zaštitne mjere za tražitelje azila i pritvorene migrante. Prijetnje medijskim slobodama sve se više očituju u uplitanju politike u državne medije i vršenju pritiska na novinare, a manje u nasilnim napadima.
Odgovornost za ratne zločine
Suđenje hrvatskim generalima Anti Gotovini, Ivanu Čermaku i Mladenu Markaču na MKSJ-u nastavilo se tijekom 2009. Njih trojica optuženi su za ratne zločine i zločine protiv čovječnosti počinjene u vojnoj ofenzivi 1995. protiv pobunjenih Srba. Hrvatske vlasti i dalje poriču posjedovanje ključnih dokumenata koje traži tužiteljstvo MKSJ-a. Europska komisija pozvala je u listopadu Zagreb da poduzme "sve nužne korake" za rješavanje toga problema.
Za studeni je zakazana sjednica Vrhovnog suda u povodu žalbe Državnog odvjetništva na duljinu sedmogodišnje kazne zatvora izrečene 2008. generalu Mirku Norcu i na oslobađajuću presudu generalu Rahimu Ademiju po optužbi za ratne zločine nad srpskim civilima. Riječ je o prvom predmetu koji je MKSJ prepustio Hrvatskoj.
Srbi i dalje čine većinu optuženika u domaćim suđenjima za ratne zločine. U prvih osam mjeseci 2009. godine hrvatske vlasti podigle su osam novih optužnica za ratne zločine protiv 16 osoba od kojih su 14 bili Srbi.
U prvih osam mjeseci 2009. godine završeno je 20 suđenja za ratne zločine u Hrvatskoj; od 61 optuženih u tim suđenjima njih 37 bili su Srbi. Nešto više od polovine optuženika bili su nazočni na suđenju, uključujući i 20 Srba, od kojih su mnogi bili optuženici iz dvaju predmeta vođenih pred Županijskim sudom u Vukovaru. Jedno vukovarsko suđenje, koje je trajalo duže od četiri godine, završeno je u veljači 2009., a većina optuženih je osuđena.
U svibnju su saborski zastupnik Branimir Glavaš i petorica suoptuženika proglašeni krivima za ratne zločine nad srpskim civilima i osuđeni na kazne od pet do deset godina zatvora. Na dan izricanja presude Glavaš koji ima dvojno državljanstvo, hrvatsko i bosansko, pobjegao je u Bosnu. Hrvatski zahtjev za izručenjem odbijen je zato što Bosna (jednako kao Hrvatska i Srbija) ne dopušta izručivanje svojih državljana. Tijekom 2009. godine nije došlo do napretka u omogućavanju izručivanja državljana Hrvatske susjednim državama, unatoč tome što je Hrvatska davala pozitivne naznake u tom smjeru u 2008. godini.
Povratak i integracija Srba
Osobe raseljene unutar zemlje i izbjeglice srpske nacionalnosti i dalje se suočavaju s preprekama održivom povratku. U prvoj polovini 2009. godine u Hrvatsku se vratilo 465 izbjeglica, svi srpske nacionalnosti, a u istom se razdoblju, prema podacima Visokog povjerenika UN-a za izbjeglice (UNHCR), u svoje domove vratilo 95 osoba raseljenih unutar zemlje (IDP), uglavnom pripadnika hrvatske nacionalnosti. Od preostale 2 402 osobe u Hrvatskoj koje su raseljene unutar zemlje 1 638 su Srbi.
Premda su vladini programi i dalje omogućavali povratnicima da podnesu molbe i dobiju socijalne stanove, prema podacima za listopad tisuće slučajeva još je uvijek bilo na čekanju ili su odbijeni, a više od 2 000 osoba koje su dobile rješenje još uvijek nisu dobile kuće. Nije postignut pomak u obeštećivanju Srba kojima je tijekom rata bilo oduzeto imovinsko pravo na stanove u društvenom vlasništvu.
Postignut je pozitivan pomak u vraćanju zaposjednutog poljoprivrednog zemljišta srpskim vlasnicima. U travnju su vlada, bivši posjednici i trenutni vlasnici postigli izvansudsku nagodbu i vratili posjed nad 28 čestica poljoprivrednog zemljišta njihovim srpskim vlasnicima.
Postignut je određeni napredak u priznavanju prava Srbima na ostvarivanje mirovine za rad u ratnom razdoblju u područjima koja su bila pod pobunjeničkom vlašću. Zaključno s kolovozom 2009. obrađeno je 55 posto od 17 586 predanih zahtjeva, premda je jedva polovica od tog broja bila pozitivno riješena, djelomično zbog prijepora o prihvatljivosti dokaza.
Kršenja prava povezana s duševnim smetnjama
U prosincu 2008. Europski sud za ljudska prava presudio je u predmetu X protiv Hrvatske da je Hrvatska prekršila pravo na obiteljski život jedne žene s duševnim smetnjama kad su domaći sudovi dali na usvajanje njezinu kćer bez majčina sudjelovanja ili pristanka.
Pretjerano i nepotrebno nametano smještanje ljudi u ustanove na osnovi duševne bolesti i dalje je krajnje zabrinjavajuće. Slučaj Ane Dragičević s kojim je javnost upoznata 2009. dobar je primjer toga. Anu Dragičević su u psihijatrijsku bolnicu smjestili njezini roditelji 2004. godine, kada je imala 16 godina, pošto su saznali za njezinu ljubavnu vezu s jednom drugom djevojkom. Iz ustanove je otpuštena u svibnju 2008. godine nakon intervencije Državnog odvjetništva i dugotrajne kampanje lokalnih medija i organizacija civilnog društva. U vrijeme pisanja ovog izvještaja u tijeku je postupak pokrenut na temelju njene privatne tužbe zbog protuzakonitog smještanja u ustanovu.
Značajan problem je i liječenje ljudi u ustanovama za duševno zdravlje, uz česte prijave o zlostavljanju i zanemarivanju. Jedan takav događaj zbio se u svibnju 2009. kada je mladić u Centru za autizam Zagreb zadobio po život opasne povrede od vrele vode dok ga je jedan djelatnik centra tuširao. Nadležni djelatnik je otpušten, a u trenutku pisanja ovog izvještaja u tijeku je kazneni postupak koji je u lipnju pokrenula majka žrtve.
Hrvatske nevladine organizacije koje se bave pitanjima invalidnosti i dalje vrše pritisak na vladu da popravi službeni hrvatski prijevod Članka 19 Konvencije o pravima osoba s invaliditetom koji zatvaranje osoba u ustanove za smještaj pogrešno navodi kao oblik mogućeg "života u zajednici".
Postupanje s tražiteljima azila i migrantima
Postupanje Hrvatske s tražiteljima azila i migrantima i dalje je ispod međunarodnih i europskih standarda. Prema podacima UNHCR-a, u 2009. godini u pritvoru je zadržano više tražitelja azila, unatoč tome što ih je manje optuženo za ilegalan ulazak u zemlju. Tražitelji azila i migranti zadržani u Prihvatnom centru za strance Ježevo nemaju mogućnost pravodobnog ulaganja žalbe na zadržavanje u centru. Tražitelji azila sada mogu komunicirati uz pomoć prevoditelja u svim stadijima postupka, ali novopridošli na granici nemaju odgovarajući pristup prevoditeljima.
Stopa priznavanja statusa azilanta ostaje iznimno niska; u prvih sedam mjeseci 2009. godine odobren je samo jedan od 93 zahtjeva .
Medijske slobode
Bojazni oko uplitanja politike u rad državnih medija osobito su došle do izražaja u prosincu 2008. godine kada je voditelju popularne informativne emisije na državnoj televiziji, Denisu Latinu, raskinut ugovor te mu je zabranjeno pojavljivanje u drugim emisijama državne televizije nakon što se pobunio protiv odluke uprave da ne dopusti pojavljivanje jednog istraživačkog novinara u njegovoj emisiji. Medijske slobode bile su pod stalnim pritiskom tijekom 2009: novinari koji se bave istraživanjem korupcije i osjetljivih tema bili su izloženi prijetnjama i otpuštani ili su sudski gonjeni.
U veljači je ministar unutarnjih poslova, Tomislav Karamarko, podnio kaznenu tužbu protiv novinara Željka Peratovića zbog "širenja vijesti koje mogu uznemiriti javnost", pošto ga je Peratović optužio za ometanje istrage o smrti jednog svjedoka u predmetu ratnog zločina. Tužba povlači mogućnost kazne zatvora do godine dana, kao i novčanu kaznu. U trenutku pisanja ovog izvještaja postupak je u tijeku.
U 2009. opao je broj fizičkih napada na novinare, no u istragama ubojstava i napada na novinare koji su se dogodili 2008. godine postignut je samo ograničen napredak. U zasebnim istragama hrvatsko je odvjetništvo podiglo optužnice protiv šest, a srbijansko protiv dvije osobe za ubojstva Ive Pukanića, urednika Nacionala, i njegovog marketinškog direktora, Nike Franjića, koja su se dogodila u listopadu 2008. godine. Policija u Hrvatskoj tek treba utvrditi moguće osumnjičenike za napad koji je u lipnju 2008. godine izvršen na istraživačkog novinara Dušana Miljuša.
Branitelji ljudskih prava
Osobni napadi na branitelje ljudskih prava u državnim i komercijalnim medijima učinili su okružje za rad u području ljudskih prava u Hrvatskoj iznimno neprijateljskim, no skupine i dalje slobodno djeluju.
Ključni međunarodni čimbenici
Kako se predviđa da će završni pregovori o članstvu uslijediti tijekom 2010. godine, Europska Unija ostaje najutjecajnijim međunarodnim čimbenikom. Većim dijelom 2009. godine pregovori su bili u zastoju zbog graničnog spora sa susjednom Slovenijom, no taj je problem u listopadu došao nadomak rješenju nakon što je Slovenija povukla veto na hrvatsko članstvo.
Izvješće Europske unije o napretku, objavljeno u listopadu, izdvojilo je odgovornost za ratne zločine protiv Srba, pravo na pristup pravosuđu i slobodu izražavanja kao područja u kojima je potrebno ostvariti daljnji napredak. U izvješću se zaključuje da od prošlog izvješća "nije došlo do napretka" u deinstitucionaliziciji osoba s poremećajima duševnog zdravlja i u njihovoj integraciji u zajednicu.
Hrvatska je u travnju postala članica NATO-a.