בשנת 2009 המשיכה ממשלת בחריין להגביל באורח שרירותי את חופש הביטוי, חופש ההתאספות וחופש ההתאגדות. במהלך השנה חלה הסלמה בעימותים בין כוחות הביטחון לבין מפגינים שמחו על מה שהגדירו כאפלייתה לרעה של האוכלוסייה השיעית, המהווה רוב במדינה, בידי הממשלה, הנשלטת בידי אנשים מהזרם הסוני. ארגונים מקומיים לזכויות האדם האשימו את הרשויות בשימוש מופרז בכוח נגד מפגינים ובעינוי פעילי אופוזיציה שנעצרו והתעללות בהם. התנגשויות שאירעו בחודשים מארס ואפריל הובילו למותו של עובד פקיסטני (שמכוניתו נפגעה מבקבוק תבערה) ושל איש כוחות הביטחון, גם הוא פקיסטני.
ב-11 באפריל, חנן השיח' חמד אבן עיסא אל-ח'ליפה, מלכה של בחריין, 178 פעילי אופוזיציה שהואשמו, ובחלקם אף הורשעו, בעברות הקשורות בביטחון. עם זאת, צו החנינה לא פורסם מעולם בכתב העת הרשמי, ולפיכך לא ברור אם תהליכי האישום וריצוי העונש יושבו על כנם.
ב-10 בנובמבר מילאה בחריין את התחייבותה למועצת האו"ם לזכויות האדם והקימה מכון לאומי לזכויות האדם, גוף ממשלתי שהופקד על בחינה ופיתוח של חקיקה שתהיה תואמת למנגנונים בינלאומיים בתחום זכויות האדם.
חופש הביטוי והתקשורת
הרשויות מוסיפות להשתמש בחוק העיתונות (חוק מס' 47/2002) להגבלת סיקורם של נושאים שנויים במחלוקת, ובכלל זה של שחיתות בקרב גורמים רשמיים. בחודש מאי 2008 הכריזה הממשלה על הצעה לנוסח חדש לחוק העיתונות אשר במסגרתו תבוטל הענישה הפלילית על רוב העברות העיתונאיות. עם זאת, נראה כי בהצעת החוק נשמרה האפשרות להטיל עונשים פליליים על סוגים מסוימים של הערות בעל-פה ובכתב, כולל כאלה שיימצא כי הן "פוגעות באחדות הלאומית". בעת כתיבת שורות אלה ממתינה עדיין הצעת החוק לאישור האספה הלאומית. כמה עיתונאים הועמדו לדין פלילי מתוקף החוק הקיים בגין מאמרים שבהם העלו טענות בדבר משוא פנים ושחיתות במוסדות ממשלתיים.
כמה וכמה עיתונאים סיפרו לארגון Human Rights Watch כי גורמים רשמיים ממשרד הפנים יצרו עמם קשר כדי להתלונן בפניהם לאחר שבמאמרים שפרסמו מתחו ביקורת, ולו מתונה, על מדיניות ממשלתית. במקרים מסוימים, גורמים אלה אף התערבו כדי למנוע פרסום של מידע. בחודש אפריל 2009 הורו הרשויות על סגירתו של העיתון היומי "אח'בר אל-ח'ליג'", בעילה של הפרת חוק העיתונות, אך לאחר 24 שעות חזרו בהן מכך.
ספקית האינטרנט היחידה לבתים פרטיים במדינה, "בטלקו", היא בבעלות הממשלה. מרכז בחריין העצמאי לזכויות האדם דיווח כי בשנת 2009 חסמו הרשויות למעלה מ-1,000 אתרים, ובכלל זה פורומים פוליטיים, בלוגים, אתרי עיתונים ודפי אינטרנט של ארגונים לזכויות האדם כגון "הרשת הערבית למידע בנושא זכויות האדם".
בחודש יוני 2009 מחקה אוניברסיטת בחריין, שהנה האוניברסיטה הציבורית היחידה במדינה, שנת לימודים מהרישום האקדמי של הסטודנטית לעסקים נור עבאס כעונש על כך שהפיצה הצהרה המבקרת את מדיניות האוניברסיטה ומתקניה. מאוחר יותר המתיקה האוניברסיטה את עונשה של עבאס ל"שלוש אזהרות", שמשמעותן כי אם תבצע עבירה אחת נוספת יביא הדבר לסילוקה. עקב זאת, הפסיקה עבאס את פעילותה הציבורית באוניברסיטה.
בחודש נובמבר 2008, לאחר שכמה פעילים בחריינים לזכויות האדם ופעילי אופוזיציה קיימו מפגשים בוושינגטון הבירה, איים עליהם שר הפנים רשיד אבן עבדאללה אל-ח'ליפה כי יועמדו לדין בגין הפרת סעיף 134 לדיני העונשין, הקובע כי ניתן להטיל עונשי מאסר וקנסות על אזרחים שהשתתפו מפגשים בחו"ל כדי לדון בענייני פנים של בחריין מבלי לקבל היתר לכך מהממשלה.
חופש ההתאספות
חוק מס' 32/2006 מחייב את מארגניו של כל אירוע פוליטי להודיע עליו לראש מנגנון הביטחון הציבורי לפחות שלושה ימים מראש, ומסמיך גורם זה לקבוע האם האירוע מחייב נוכחות משטרתית על סמך "הנושא שלו... או כל נסיבות אחרות". החוק מדגיש כי מארגני פגישות נושאים באחריות "לאסור על כל התבטאות או דיון הפוגעים בסדר הציבורי או במוסר", אך אינו מספק הגדרה למונחים "הסדר הציבורי או המוסר".
מרכז בחריין העצמאי לזכויות האדם דיווח כי הרשויות כפו על מרכז אל-עטאר לבטל אירוע שנועד להתקיים בחודש אוגוסט 2009, ושבו אמורים היו לנאום כמה ממנהיגי האופוזיציה. גורמים במשרד הפנים הודיעו לנשיא המרכז כי בכוונתם לפרוס כוחות ביטחון כדי למנוע את קיום האירוע, והפעילו על המארגנים לחץ לחתום על הצהרה שלפיה הם מקבלים על עצמם אחריות אישית אם האירוע אכן יתקיים. ביום האירוע מנעו כוחות הביטחון כל גישה למרכז.
החברה האזרחית וחופש ההתאגדות
הממשלה ממשיכה למנוע ממרכז בחריין העצמאי לזכויות האדם מעמד חוקי. בשנת 2004 הורתה הממשלה על פירוק המרכז לאחר שנשיאו דאז האשים את ראש הממשלה בשחיתות ובהפרות של זכויות האדם. כמה ארגונים אחרים, כולל הוועדה הלאומית למען המובטלים וחברת הנוער של בחריין למען זכויות האדם, ניסו בשנת 2005 להירשם במשרד לפיתוח חברתי, כנדרש בחוק, אך נכון לעת כתיבת שורות אלה, בקשותיהם לא זכו למענה כלשהו. נכון לחודש אוקטובר 2009, תלויות ועומדות נגד מוחמד אל-מסקטי, נשיא חברת הנוער של בחריין למען זכויות האדם, האשמות הנוגעות לעבודתו בהתאגדות בלתי מוכרת, שהעונש עליהן עלול להגיע לשישה חודשי מאסר בכלא ו/או קנס.
בשנת 2005 הציע המשרד לפיתוח חברתי הצעת חוק חדשה בנוגע לארגוני החברה האזרחית, אך נכון לעת כתיבת שורות אלה המשרד טרם העביר את ההצעה לפרלמנט. הצעת החוק מכילה שיפורים מסוימים לעומת החוק הקיים, שמספרו 21/1989, אך כוללת גם הוראות רבות שאינן עומדות בסטנדרטים בינלאומיים. נוסח של ההצעה שהופץ בחודש נובמבר 2007 מסמיך את המשרד לפיתוח חברתי לסגור כל ארגון למשך עד 60 יום ללא צו של בית משפט אם מצא כי הארגון הפר חוק כלשהו של בחריין, ובכלל זה חוק ההתאגדות.
בחריין אישררה כמה מהאמנות של ארגון העבודה הבינלאומי, אך לא את שתי אמנות הליבה העוסקות בחופש ההתאגדות. חוק מס' 33/2002 מתיר לעובדים להקים ארגוני עובדים ולהצטרף לארגונים כאלה. בניגוד להמלצות הוועדה לחופש ההתאגדות של ארגון העבודה הבינלאומי, נותר בתוקף צו שפרסם ראש הממשלה בשנת 2006, האוסר על עובדים במגזרים רבים של הכלכלה לשבות בטענה כי הם מספקים שירותים חיוניים.
זכויות מהגרי העבודה
בבחריין שוהים כ-462,139 מהגרי עבודה, רובם מדרום אסיה. בחודש מאי 2009 הכריז שר העבודה מג'יד אל-עלאווי על הצעה לתיקון שיטת ה"כפאלה" (החסות) במטרה לצמצם את הסכנה לניצול מהגרי עבודה ולהתעללות בהם. לפי השיטה הקודמת, אשרות העבודה של מהגרי העבודה ומעמדם כמהגרים היו תלויים בקשר שלהם עם מעסיקיהם, והדבר אפשר למעסיקים להפר את זכויותיהם ומנע מהעובדים להחליף מקום עבודה או לעזוב את המדינה. על-פי החוק המתוקן, שאומץ ב-1 באוגוסט, הממשלה היא נותנת החסות הרשמית לכל עובד ועובדת, דבר המאפשר להם להחליף מקום עבודה ביתר קלות. בעת כתיבת שורות אלה עדיין לא ברור האם הרפורמה יושמה במלואה. קהילת העסקים של בחריין התנגדה בחריפות לשינויים, והעובדים עדיין זקוקים לחסות בפועל של אדם או חברה כדי להישאר במדינה באורח חוקי. מהגרי עבודה מתלוננים כי מעסיקים מסוימים מחזיקים באופן בלתי חוקי בדרכוניהם ונמנעים מתשלום שכרם.
החוק המתוקן אינו חל על מהגרי עבודה המועסקים במשקי בית, ואשר חשופים במיוחד להפרות בשל בידודם בבתים פרטיים. מקרים בולטים שאירעו בשנת 2009 כללו התעללות פיזית, ריתוק כפוי לבית, ואף מקרי מוות של עובדים במשקי בית.
זכויות הנשים
בחודש מאי 2009 התקבל בבחריין לראשונה חוק כתוב הנוגע למעמד אישי (חוק מס' 19/2009), אך חוק זה חל על בני הזרם הסוני בלבד. חכמי דת שיעים דורשים ערובות חוקתיות לכך שלא ניתן יהיה לשנות את חוק המעמד האישי, ואילו ארגוני נשים פועלים להחלת חוק מעמד אישי אחיד על כל האזרחים. הממשלה הודיעה כי היא פועלת להשגת קונצנזוס חברתי שיאפשר חקיקת חוק מעמד אישי שיחול גם על השיעים.
שופטים שרעיים המכהנים בבתי משפט - והנם לרוב חכמי דת שמרניים שהשכלתם המשפטית הרשמית מוגבלת - מכריעים בתיקי נישואין, גירושין, משמורת וירושה על-פי הבנתם האישית את תורת המשפט האסלאמי ומבלי להסתמך על ספר החוקים של המדינה. שופטים אלה מפלים גברים לטובה בעקביות בפסיקתם ואינם חשים צורך להצטדק על התנגדותם להענקת זכויות שוות לנשים. עדיין לא ברור אם החקיקה בתחום זה שיפרה את מצבן של נשים סוניות המתמודדות עם בעיות אלה.
בחודש יולי 2009 פתחה מועצת הנשים, שהנה גוף רשמי למחצה, בקמפיין הקורא לזכויות אזרחות שוות. סעיף 4 לחוק האזרחות משנת 1963 אינו מאפשר לאזרחיות בחריין שנישאו לגברים שאינם אזרחי המדינה להעביר את אזרחותן לילדיהן, ובכך מפלה לרעה למעלה מ-2,000 משפחות בבחריין. בשנת 35/2009 אישר המלך חוק הקובע כי גובה התשלומים שמשלמים ילדיהן של משפחות אלה עבור שירותים ממשלתיים כגון בריאות, חינוך ומגורים יהיה שווה לגובה התשלומים שמשלמים עבורם ילדיהם של אזרחים.
אמצעים הננקטים במסגרת המאבק בטרור
בחודש אוגוסט 2006 חתם המלך על החוק "להגנה על החברה מפני מעשי טרור" ונתן לו בכך תוקף. החתימה בוצעה אף על פי שמדווח האו"ם המיוחד לענייני זכויות האדם במהלך המאבק בטרור הביע את חששו מכך שהחוק מכיל הגדרות רחבות יתר על המידה לטרור ולמעשי טרור. החוק אף מאפשר מעצר לתקופה ממושכת ללא הגשת כתבי אישום וללא ביקורת שיפוטית.
בחודש פברואר 2009 העמידה הרשות השופטת לדין כמה אנשי אופוזיציה בולטים מתוקף החוק למאבק בטרור. נאשמים אלה נמנו עם האנשים שזכו בחודש אפריל לחנינה מהמלך.
עינויים והתעללות
ארגונים מקומיים לזכויות האדם דיווחו על תלונות רבות בדבר הפרות של הזכות להליך הוגן, כולל 11 וידויים ששודרו בטלוויזיה ואשר הושגו ככל הנראה בכפייה. הממשלה הכחישה כי גורמים רשמיים עינו עצורים או נהגו בהם באורח בלתי אנושי. בדו"ח שהגישה במסגרת מנגנון הבחינה העולמית התקופתית של מועצת זכויות האדם של האו"ם בחודש אפריל 2008 הצהירה בחריין כי "אין בממלכה מקרים של עינויים".
בספר החוקים מופיע עדיין צו מס' 56/2002, המעניק חסינות מפני חקירה או העמדה לדין לעובדי ממשלה שנטען כי היו אחראים לעינויים או להפרות חמורות אחרות של זכויות האדם שבוצעו לפני שנת 2001.
גורמי מפתח בינלאומיים
בחריין מארחת את מפקדת הצי השישי של חיל הים האמריקאי ומספקת תמיכה לוגיסטית למבצעים צבאיים בעיראק ובאפגניסטן.