בשנת 2009 המשיכה מצרים לפעול לדיכויה של התנגדות פוליטית. חוק החירום (חוק מס' 162 משנת 1958) נותר בתוקף, והיווה בסיס למעצרים שרירותיים ולמשפטים בלתי הוגנים. הממשלה מעולם לא מסרה את מספרם של העצורים; ארגונים מצריים לזכויות האדם מעריכים כי בין 5,000 ל-10,000 בני אדם מוחזקים מבלי שהוגשו נגדם כתבי אישום.
הרשויות הטרידו בשנה זו פעילים לזכויות האדם ועצרו עיתונאים, כותבי בלוגים וחברים בתנועת האחים המוסלמים (ארגון המהווה את קבוצת האופוזיציה הגדולה במדינה, ואשר פעילותו נאסרה). הרשויות השתמשו בכוח קטלני נגד מהגרים ופליטים שניסו לחצות את הגבול לתוך ישראל, והחזירו בכפייה מבקשי מקלט ופליטים למדינות שבהן הם עלולים להיות נתונים לעינויים.
חופש ההתאספות וההתאגדות
בשנת 2009 המשיכו כוחות הביטחון לעצור באורח שרירותי מפגינים לא אלימים. בחודש ינואר עצרו כוחות הביטחון עיתונאים שסיקרו הפגנה נגד פעולת הצבא הישראלי ברצועת עזה. בחודש מארס אמרו נציגי האחים המוסלמים כי כוחות הביטחון עצרו לפחות 711 מחבריהם מאז החל העימות ברצועת עזה בשלהי חודש דצמבר, בעיקר בגין הפגנות שארגנה התנועה. מאז עצרה הממשלה מאות מחברי האחים המוסלמים והאשימה אותם בחברות בארגון בלתי חוקי. על העצורים נמנו גם מנהיגים בכירים כמו עבד אל-מונעם אבו אל-פתוח.
פעילים צעירים שקראו לקיים ב-6 באפריל שביתה ארצית במחאה על סוגיות שונות נתקלו בפריסה משטרתית נרחבת. המשטרה עצרה לפחות 40 בני אדם בקהיר, כפר א-שיח' ובמקומות אחרים, ובהם עיתונאים שסיקרו את המחאה.
חוק 84/2002 המצרי החל על אגודות קובע עונשים פליליים המביאים לשיתוקה של פעילות לגיטימית של ארגונים לא ממשלתיים, בין היתר בגין "עיסוק בפעילות פוליטית או בפעילות של איגודי עובדים". הרשויות לא נתנו פומבי לשינויים שהוצע להכניס בנוסח חוק הארגונים הלא ממשלתיים, אך ארגונים מסוג זה הביעו חשש בנוגע לכך משום שהרשויות לא נועצו בהם עד כה. חוק 40/1977 החל על מפלגות פוליטיות מסמיך ועדה שבראשה עומדת המפלגה הלאומית הדמוקרטית השלטת להשעות את פעילותן של מפלגות אחרות "למען האינטרס הלאומי".
חופש הביטוי
כוחות הביטחון התנכלו לכותבי בלוגים ולעיתונאים שמתחו ביקורת על מדיניות הממשלה או חשפו הפרות של זכויות האדם. ב-6 בפברואר עצרו שוטרי היחידה לביטחון לאומי את דיאא א-דין גאד לאחר שמתח ביקורת על מדיניות מצרים בנושא רצועת עזה בבלוג שהוא כותב. השוטרים החזיקו אותו במעצר מבלי להגיש נגדו כתב אישום, וזאת מכוח צווי מעצר רציפים שהוצאו מתוקף חוק החירום, עד לשחרורו ב-27 במארס. כרים עמר (ששמו האמיתי הוא עבד אל-כרים נביל סולימאן) מוחזק בכלא בורג אל-ערב מאז ה-7 בנובמבר 2006 בגין דברים שכתב בנושא מתחים בין מוסלמים ונוצרים באלכסנדריה ובגין ביקורת שמתח בבלוג שלו על הנשיא חוסני מובארכ ועל הממסד הדתי של אל-אזהר. ב-22 בפברואר 2007 גזר בית משפט על כרים עמר עונש של ארבע שנות מאסר בגין "העלבת הנשיא", "הפצת מידע המשבש את הסדר הציבורי", ו"הסתה לשנאת מוסלמים". ב-3 באוקטובר 2008 עצרו הרשויות את האני נזיר, שגם הוא כותב בלוג. נכון לעת כתיבת שורות אלו הוא עודנו מוחזק בכלא בורג אל-ערב מתוקף חוק החירום ואינו מורשה לקבל מבקרים. נזיר ביטא עמדות ביקורתיות כלפי הנצרות והאסלאם. מוסעד אבו אל-פגר, שמתח ביקורת על הפרת זכויותיהם של בדואים בסיני, מוחזק בכלא למרות כמה החלטות של בית משפט שהורו על שחרורו. אבו אל-פגר נעצר לראשונה בחודש דצמבר 2007.
בתי המשפט דנו עיתונאים לעונשי מאסר על-פי הוראות החוק הפלילי המגדיר השמצה כעברה. בעלי תפקידים רשמיים מגישים לעתים מזומנות תביעות בגין השמצה נגד אנשים שמתחו עליהם ביקורת בשל שחיתות. בחודש יוני 2009 גזר בית משפט על עורכו של השבועון אל-מוגיז שישה חודשי מאסר בגין השמצתו כביכול של חבר הפרלמנט מוסטפא בכרי.
אנשי ביטחון בשדה התעופה עצרו בחודש יולי שלושה כותבי בלוגים והחזיקו בהם במשך חמישה ימים, ובחודש יוני עצרו את כותב הבלוגים ואאיל עבאס למשך שמונה שעות והחרימו את המחשב הנייד שלו לאחר שמתח ביקורת על הממשלה בנוכחות גורמים רשמיים מהמפלגה הלאומית הדמוקרטית בכנס שהתקיים בשבדיה. בחודש ספטמבר עצרו הרשויות שני חברים במרכז לאיגודים מקצועיים ולשירותים לעובדים בשדה התעופה של קהיר, החזיקו בהם למשך כמה שעות ושחררו אותם, ושבו ועצרו אותם בחודש אוקטובר בעת שהיו בדרכם לכנסים בחו"ל.
זכויות העובדים
לכל אורך שנת 2009 הייתה מצרים עדה לגלים של מחאה ושל שביתות שהתקיימו ללא היתר, החל בעובדי הטקסטיל בערים מחלה ואל-מנופיה שדרשו שכר טוב יותר וכלה בנהגי התחבורה הציבורית שדרשו פטור מהקנסות הגבוהים על עברות התנועה. אנשי סוכנויות הביטחון הטרידו מנהיגי שובתים, ומעסיקים איימו להתנקם בהם. חוק העבודה המצרי, שסימנו 35/1975, קובע כי כל שביתה טעונה אישור של הפדרציה הרשמית של איגודי העובדים של מצרים (ETUF) או של הממשלה.
חוק העבודה המצרי אוסר גם על הקמתו של איגוד כלשהו ללא היתר של הממשלה, ומחייב את העובדים להיות חברים בפדרציה הרשמית של איגודי העובדים. בחודש דצמבר 2008 הצביעו גובי מס המקרקעין, שקיימו מספר שביתות מוצלחות, בעד הקמת איגוד עובדים עצמאי. בחודש אפריל 2009 הכיר משרד האוצר במרומז באיגוד, בכך שאישר את בקשת רשות מס המקרקעין (RETA) להקים קרן לטיפול סוציאלי, אשר תספק הטבות פרישה לחברי האיגוד. עם זאת, חברים באיגוד סבלו מהטרדות, מאיומים, מניסיונות שיטתיים לערער את האמון במנהיגי האיגוד, ממעצרים ומהגבלות על תנועתם. בחודש אוגוסט, בעקבות תלונה שהגיש נשיא הפדרציה הרשמית של איגודי העובדים, חוסיין מאור, זימן משרד התובע הציבורי את נשיא רשות מס המקרקעין כמאל אבו עיטה לתשאול.
עינויים והתעללות
המשטרה וכוחות הביטחון משתמשים בעינויים ובאלימות באורח שגרתי בתחנות משטרה ובמתקני מעצר וכן בעת ביצוע מעצרים. ב-17 במאי 2009 דחפו שני שוטרי היחידה לביטחון לאומי את פארס ברכאת ממרפסת בקומה הרביעית כשביקש לראות צו מעצר. ברכאת אושפז במחלקה לטיפול נמרץ בבית החולים כשהוא אזוק למיטתו.
בחודש אוגוסט עצרו שוטרים את רגאי מוניר סולטאן, הסובל מבעיות נפשיות, בעת שהלך על חוף הים באלכסנדריה. השוטרים הכו את סולטאן בתחנת המשטרה ושברו את גולגולתו. ב-7 בנובמבר גזר בית משפט באלכסנדריה על הקולונל אכרם סולימאן חמש שנות מאסר וקנס בסך 10,000 לירות מצריות (קרוב ל-7,000 ש"ח) על שימוש מופרז בכוח וגרימת נכות קבועה לסולטאן.
זכויות נשים וילדות
במצרים לא קיימת עדיין סביבה משפטית המגנה על נשים מפני אלימות, מעודדת את הקורבנות לדווח על התקפות או מרתיעה מבצעי הפרות. סקר שנערך בשנת 2009 על-ידי המועצה הלאומית לנשים, ארגון נשים הפועל בחסות הממשלה, מצא כי 62.6 אחוזים מהנשים סובלות מאלימות במשפחה וכי ארבעה מתוך כל חמישה גברים מודים בכך שנקטו אלימות נגד בנות זוגם. בחודש יולי 2009 נקטה הממשלה צעד חיובי כשהפיצה עלוני מידע בנושא הטרדה מינית במסגדים ברחבי המדינה, אך ארגוני נשים במצרים קראו לממשלה לנקוט צעדים נוספים הכוללים חקיקה.
בחודש אוגוסט 2009 עצרו הרשויות לראשונה גבר בגין מילת ילדה, והעמידו אותו לדין מתוקף חוק משנת 2008 הקובע כי נוהג זה הוא עברה פלילית.
איידס והזכות לפרטיות
בחודש ינואר 2009 עצרו הרשויות בקהיר עשרה גברים שנחשדו בקיום יחסי מין בהסכמה עם גברים אחרים, ערכו להם בדיקות דם לגילוי נגיף האיידס, הכו אותם והעמידו אותם לדין בגין "הוללות כשגרה" - שהחוק המצרי מפרש באופן שהופך מין בהסכמה בין גברים בגירים לעברה פלילית.
חופש הדת
אף שהחוקה המצרית מבטיחה שוויון זכויות ללא קשר לדת, האפליה נגד נוצרים מצרים נמשכת וכך גם אי-הסובלנות של השלטונות כלפי בני האמונה הבהאית, כלפי מוסלמים מפלגים מסוימים וכלפי מוסלמים שהתנצרו. עם זאת, ב-9 במארס נקט שר הפנים צעד חיובי ופרסם צו המתיר לבני האמונה הבהאית ולמאמיני דתות "לא מוכרות" אחרות לקבל מסמכי זיהוי חיוניים מבלי שיהיה עליהם לספק הצהרת שווא על כך שהנם מוסלמים או נוצרים כביכול.
בחודש מארס תקפו עשרות גברים בכפר א-שוראנייה שבסוהאג את בתיהם של בני האמונה הבהאית במשך מספר ימים, והשליכו עליהם סלעים ובקבוקי תבערה. המשטרה פיזרה את ההמון אך לא עצרה איש. מחלוקות בין מוסלמים לנוצרים מצרים התלקחו מספר פעמים לכדי עימותים אלימים, שהביאו להרג ולפציעה כמו-גם להרס רכוש. בחודש מאי הסלים מאבק בין מוסלמים לנוצרים בבולאק א-דכּרור במהירות לכדי חילופי אש שבהם נפצעו כמה אנשים. הרשויות השתמשו בחוק החירום כדי לעצור את המעורבים בהתנגשויות, אך נמנעו מחקירה מלאה של תקריות רבות.
פליטים ומהגרים
מתחילת שנת 2009 ועד חודש נובמבר ירו אנשי משטרת הגבולות המצרית למוות ב-16 מהגרים שניסו לחצות את הגבול בסיני לתוך ישראל. בחודש ספטמבר אמר גורם רשמי במצרים כי מדיניות זו נועדה להרתיע מהגרים לבל יתקרבו לגבול.
מצרים ממשיכה לעצור פליטים ומהגרים ולהעמיד אותם לדין בגין כניסה בלתי חוקית למדינה בבתי דין צבאיים שאינם עומדים בסטנדרטים הבינלאומיים למשפט הוגן. כמו כן ממשיכה מצרים למנוע מנציגים רשמיים של נציבות האו"ם לפליטים גישה לפליטים ומהגרים עצורים, ובכך מונעת מאלה האחרונים להגיש בקשות למקלט. הרשויות אף ממשיכות לגרש פליטים ומהגרים מבלי להעריך את צורכי ההגנה שלהם. בחודשים דצמבר 2008 וינואר 2009 הפרה מצרים את האיסור הבינלאומי על החזרה כשהשיבה בכפייה לפחות 45 אזרחי אריתריאה למדינתם.
גורמי מפתח בינלאומיים
ארה"ב עודנה התורמת הגדולה ביותר של מצרים, אולם בשנת 2009 היא צמצמה באורח ניכר את המימון שהיא מעניקה לתחום הדמוקרטיה וזכויות האדם. ארה"ב אף קיבלה את דרישתה של מצרים שלא לממן באורח ישיר ארגונים לא רשומים. ב-18 באוגוסט ביקר הנשיא מובארכ בוושינגטון הבירה בפעם הראשונה מזה ארבע שנים.
ב-4 ביוני הצהיר הנשיא ברק אובמה, במסגרת נאומו באוניברסיטת קהיר, על כוונתה של ארה"ב לבנות מחדש יחסי אמון עם העולם המוסלמי.