การสิ้นสุดวาระของรัฐบาลที่มาจากการแต่งตั้งของกองทัพไม่ได้นำไปสู่การฟื้นฟูสิทธิมนุษยชน และประชาธิปไตยในประเทศไทย ทั้งนี้ การแบ่งขั้วทางการเมืองระหว่างกลุ่มที่สนับสนุน และกลุ่มที่ต่อต้านรัฐบาล ซึ่งเกิดขึ้นภายหลังจากที่มีการเลือกตั้งในเดือนธันวาคม 2550 และการจัดตั้งรัฐบาลพลเรือนในเดือนมกราคม 2551ได้ก่อให้เกิดการประท้วงอย่างยืดเยื้อ และในบางครั้งก็เกิดการปะทะกันจนถึงขั้นที่มีผู้เสียชีวิต ส่วนเสรีภาพของสื่อมวลชน และเสรีภาพในการแสดงความความคิดเห็นนั้นก็ถูกบั่นทอน เนื่องจากการคุกคาม และแทรกแซงจากรัฐบาล และกลุ่มต่างๆ ที่ต่อต้านรัฐบาล
ในจังหวัดชายแดนภาคใต้ กองกำลังฝ่ายความมั่นคงของไทยยังคงใช้วิธีการสังหารนอกกฏหมาย และการทรมาน ส่วนทางด้านกลุ่มก่อความไม่สงบนั้นก็ยังโจมตีพลเรือนอย่างโหดเหี้ยมต่อไป
"สงครามยาเสพติด" ครั้งใหม่
ระหว่างการแถลงนโยบายของรัฐบาลต่อรัฐสภาเมื่อวันที่ 20 กุมภาพันธ์ เฉลิม อยู่บำรุง รัฐมนตรีกระทรวงมหาดไทยในขณะนั้นได้ประกาศจะทำ "สงครามยาเสพติด" ครั้งใหม่ ซึ่งมีความคล้ายคลึงกันกับนโยบายในปี 2546 ของรัฐบาลทักษิณ ชินวัตร โดยระบุว่า "นโยบายปราบปรามยาเสพติดอย่างเข้มข้นเป็นเรื่องจำเป็น จะ 3,000 ศพหรือ 5,000 ศพ ก็จำเป็น เพราะเป็นคนร้าย" ถึงแม้คำประกาศดังกล่าวจะไม่ถูกนำมาปฏิบัติ เนื่องจากแรงต่อต้านจากทั้งภายในประเทศ และระหว่างประเทศ แต่รัฐบาลก็ไม่ได้แสดงความสนใจที่จะสอบสวนการสังหารนอกกฏหมายจำนวน 2,819 กรณีที่เกิดขึ้นในช่วงปี 2546 นอกจากนี้ นายกรัฐมนตรีสมชาย วงสวัสดิ์ยังประกาศการรณรงค์ต่อต้านยาเสพติดอีกครั้งเมื่อวันที่ 7 พฤศจิกายน
รัฐบาลล้มเหลวที่จะยุติการละเมิดสิทธิมนุษยชน และความโหดร้ายที่เกิดขึ้นจากการกระทำของตำรวจอย่างเป็นระบบในปฏิบัติการปราบปรามยาเสพติด ยกตัวอย่างเช่น ร้อยตำรวจเอก ร.ต.อ.ณัฎฐ์ ชนนิธิวณิชย์ และเจ้าหน้าที่อีกเจ็ดนายของกองกำกับการตำรวจตระเวณชายแดนที่ 41 ถูกกล่าวหาว่าได้ลักพาตัว และทรมานคนไปมากกว่า 60 คน เพื่อรีดไถเงิน และบีบบังคับให้รับสารภาพในคดีเกี่ยวกับยาเสพติดในช่วงเวลาสามปีที่ผ่านมา ถึงแม้การจับกุมตำรวจตระเวณชายแดนชุดนี้เมื่อวันที่ 25 มกราคม จะเป็นข่าวครึกโครม แต่กลับมีความคืบหน้าเพียงเล็กน้อยในการลงโทษผู้กระทำความผิด
พันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย
ตั้งวันที่ 25 พฤษภาคม พันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตยได้เริ่มการประท้วงต่อต่านรัฐบาลอย่างยืดเยื้อในกรุงเทพฯ และจังหวัดอื่นๆ โดยระบุว่า รัฐบาลสมัคร สุนทรเวช และรัฐบาลสมชาย วงสวัสดิ์ (น้องเขยของทักษิณ) เป็นหุ่นเชิดตัวแทนของทักษิณ รวมทั้งยังได้กล่าวหารัฐบาลว่า ฉ้อราษฏร์บังหลวง ใช้อำนาจโดยมิชอบ และไม่รักชาติ ผู้ประท้วงปิดถนน และการจราจรในกรุงเทพฯ นานหลายเดือน ระหว่างนั้นได้เกิดเหตุการณ์ที่กลุ่มที่สนับสนุนรัฐบาลใช้กำลังทำร้ายผู้เข้าร่วมการชุมนุมของพันธมิตรฯ หลายครั้ง โดยที่ตำรวจไม่ได้ดำเนินการป้องกัน และระงับเหตุอย่างจริงจัง
เมื่อวันที่ 26 สิงหาคม ผู้ประท้วงฝ่ายพันธมิตรฯ บุกยึดสถานที่ราชการหลายแห่งในกรุงเทพฯ รวมถึงสถานีโทรทัศน์ NBT และทำเนียบรัฐบาล ถึงแม้จะมีคำสั่งคุ้มครองจากศาล แต่พันธมิตรฯ ก็ไม่ยอมยุติการยึดครองทำเนียบรัฐบาล ต่อมาภายหลังจากที่มีการปะทะกันระหว่างตำรวจกับผู้ประท้วงฝ่ายพันธมิตรฯ พันธมิตรฯ ก็ได้ตอบโต้ด้วยการปิดสนามบินนานาชาติในจังหวัดภาคใต้ และยังยุติการบริการรถไฟโดยสารทั่วประเทศอีกด้วย
ความรุนแรงขยายตัวขึ้นเมื่อเกิดการปะทะกันระหว่างพันธมิตรฯ กับกลุ่มที่สนับสนุนรัฐบาล คือ แนวร่วมประชาธิปไตยต่อต้านเผด็จการแห่งชาติ (นปช.) เมื่อวันที่ 2 กันยายน ทำให้มีผู้เสียชีวิตหนึ่งคน และบาดเจ็บอีกมากกว่า 40 คน นายกรัฐมนตรีสมัครประกาศสถานการณ์ฉุกเฉินในกรุงเทพฯ แต่ผู้บัญชาการทหารบก พลเอกอนุพงษ์ เผ่าจินดา ปฏิเสธที่จะใช้อำนาจฉุกเฉินเพื่อปราบปรามพันธมิตรฯ และริดรอนเสรีภาพขั้นพื้นฐาน ต่อมาภายหลังจากที่นายกรัฐมนตรีสมัคร ถูกศาลรัฐธรรมนูญตัดสินให้พ้นจากตำแหน่ง (เนื่องจากมีการกระทำที่ขัดต่อรัฐธรรมนูญ โดยไปรับค่าจ้างจากรายการทำอาหารระหว่างที่ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรี) นายกรัฐมนตรีสมชายก็ได้อนุมัติข้อเสนอของพลเอกอนุพงษ์ที่ให้ยกเลิกประกาศสถานการณ์ฉุกเฉินเมื่อวันที่ 9 กันยายน
เมื่อวันที่ 7 ตุลาคม ผู้ประท้วงฝ่ายพันธมิตรฯ หลายพันคนได้ปิดล้อมรัฐสภาเพื่อขัดขวางไม่ให้นายกรัฐมนตรีสมชายแถลงนโยบาย ตำรวจปราบจราจล และตำรวจตระเวณชายแดนใช้แก๊สน้ำตา และกระสุนยางสลายการชุมนุม ซึ่งตำรวจหลายคนได้ยิงแก๊ซน้ำตาในระยะประชิดเป็นแนวตรงเข้าใส่ผู้ประท้วง ซึ่งผู้ประท้วงฝ่ายพันธมิตรฯ ตอบโต้ด้วยการยิงปืน ยิงหนังสติ๊ก และขว้างก้อนอิฐเข้าใส่ ตำรวจบางคนถูกตีด้วยท่อนเหล็ก ถูกรถทับ หรือถูกแทงด้วยด้ามธง กระทรวงสาธารณสุขระบุว่า ในเหตุการณ์ครั้งนี้ ผู้ชุมนุมประท้วงเสียชีวิตสองคน และบาดเจ็บ 443 คน (รวมถึงกรณีที่ต้องสูญเสียอวัยวะสี่คน) ขณะที่มีตำรวจได้รับบาดเจ็บประมาณ 20 คน
เมื่อวันที่ 13 ตุลาคม คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติสรุปว่า กระสุน และระเบิดแก๊ซน้ำตาที่ผลิตในจีน ซึ่งตำรวจนำมาใช้เมื่อวันที่ 7 ตุลาคมนั้น อาจจะเป็นสาเหตุที่ทำให้ผู้ประท้วงเสียชีวิต และได้รับบาดเจ็บสาหัส
แกนนำของพันธมิตรฯ เรียกร้องให้กองทัพสามารถเข้ามาแทรกแซงการเมืองเพื่อป้องกัน และปราบปรามการฉ้อราษฎ์บังหลวง รวมทั้งเพื่อปกป้องสถาบันพระมหากษัตริย์ และอธิปไตยของชาติ นอกจากนี้ แกนนำพันธมิตรฯ ยังเสนอให้มีการลดจำนวนสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรที่มาจากการเลือกตั้งให้เหลือเพียงร้อยละ 50 ส่วนจำนวนที่เหลือนั้นเสนอให้มาจากการแต่งตั้ง
จนถึงขณะนี้ ยังไม่มีการสอบสวนที่เป็นอิสระ และเป็นกลางเกี่ยวกับความรุนแรงทางการเมือง และการละเมิดสิทธิมนุษยชนที่เกิดจากการกระทำของพันธมิตรฯ แต่อย่างใด
[*ข้อมูลเพิ่มเติมภายหลังจากที่รายงานฉบับภาษาอังกฤษตีพิมพ์แล้ว: ตั้งแต่วันที่ 23 พฤศจิกายน ถึงวันที่ 3 ธันวาคม พันธมิตรฯ ประกาศ "สงครามครั้งสุดท้าย" ในการโค่นล้มรัฐบาลของนายกรัฐมนตรีสมชาย สนธิ ลิ้มทองกุล และแกนนำคนอื่นๆ ของพันธมิตรฯ ได้นำผู้ประท้วงหลายพันคนออกจากทำเนียบรัฐบาล (ซึ่งถูกพันธมิตรฯ ยึดครองตั้งแต่วันที่ 26 สิงหาคม) ไปปิดล้อมรัฐสภาอีกครั้งหนึ่ง เมื่อวันที่ 24 พฤศจิกายน และตัดกระแสไฟฟ้าจนทำให้การประชุมร่วมระหว่างสภาผู้แทนราษฎร และวุฒิสภาต้องยกเลิก ขณะที่ผู้ประท้วงอีกกลุ่มหนึ่งก็ได้ไปปิดล้อมกองบัญชาการตำรวจนครบาลที่อยู่ในบริเวณใกล้เคียงกัน อย่างไรก็ตาม ตำรวจตัดสินใจที่จะไม่ใช้กำลังสลายผู้ประท้วงในเหตุการณ์ครั้งนี้ เพราะเกรงว่า จะทำให้ความรุนแรงลุกลามไปจนเป็นเงื่อนไขให้กองทัพทำรัฐประหาร
สมาชิกส่วนหนึ่งของพันธมิตรฯ ที่ทำหน้าที่เป็นการ์ดติดอาวุธอ้างว่า พวกตนต้องป้องกันพื้นที่การชุมนุมประท้วงบริเวณรัฐสภา และทำเนียบรัฐบาล ดังนั้นจึงได้ไปยึดรถโดยสารประจำทางมาจอดขวางถนนเพื่อปิดกั้นการจราจร และใช้รถอีกจำนวนหนึ่งไปขนย้ายผู้ประท้วงไปยังพื้นที่ต่างๆ ตำรวจจับกุมการ์ดของพันธมิตรฯ หกคนขณะที่กำลังพยายามยึดรถโดยสารประจำทาง โดยใช้มีด ปืน และระเบิดมือเป็นอาวุธ เมื่อวันที่ 24 พฤศจิกายน
ภายหลังจากที่ประกาศชัยชนะในการทำให้การประชุมรัฐสภาต้องยกเลิกไปแล้ว แกนนำพันธมิตรฯ ได้สั่งให้ผู้ประท้วงเดินทางไปยึดที่ทำการชั่วคราวของรัฐบาล ซึ่งตั้งอยู่ที่สนามบินดอนเมืองเมื่อวันที่ 24 พฤศจิกายน และต่อมาในวันที่ 25 พฤศจิกายน ผู้ประท้วงฝ่ายพันธมิตรฯ ได้เดินทางไปยึดสนามบินสุวรรณภูมิ และสนามบินดอนเมืองเมื่อวันที่ 25 และ 27 พฤศจิกายน ตามลำดับ ภาพข่าว และปากคำของพยานที่เห็นเหตุการณ์ในบริเวณการชุมนุมประท้วงระบุว่า การ์ดของพันธมิตรฯ ซึ่งมีอาวุธได้ทำร้าย และควบคุมตัวคนจำนวนมากที่ถูกกล่าวหาว่าเป็นฝ่ายที่สนับสนุนรัฐบาล
ในช่วงเวลาดังกล่าว กลุ่มที่สนับสนุนรัฐบาลก็ละเมิดสิทธิมนุษยชนด้วยเช่นกัน โดยสมาชิกของกลุ่มต่างๆ ที่อยู่ในเครือข่าย นปช. มักจะคอยดักโจมตีขบวนรถของฝ่ายพันธมิตรฯ ด้วยก้อนอิฐ ขวดน้ำ และหนังสติ๊ก รวมทั้งบุกโจมตีศูนย์ประสานงานของฝ่ายพันธมิตรฯ ในจังหวัดต่างๆ ทำให้มีผู้เสียชีวิต และได้รับบาดเจ็บ ซึ่งผู้ประท้วงฝ่ายพันธมิตรฯ ได้ตอบโต้ด้วยการยิงปืน และหนังสติ๊กเข้าใส่ฝ่าย นปช. นอกจากนี้ สถานที่ชุมนุมประท้วงของพันธมิตร รวมทั้งสถานีโทรทัศน์ ASTV ก็ถูกโจมตีด้วยระเบิด และถูกปืนยิงใส่เกือบทุกคืน จนทำให้มีผู้เสียชีวิตไปอย่างน้อยสี่คน และบาดเจ็บอีกมากกว่า 50 คน แกนนำพันธมิตรฯ กล่าวหาว่า กลุ่มที่สนับสนุนรัฐบาลอยู่เบื้องหลังเหตุการณ์เหล่านี้
นายกรัฐมนตรีสมชายมอบอำนาจภายใต้พระราชกำหนดการบริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉินให้แก่ตำรวจเมื่อวันที่ 27 พฤศจิกายน เพื่อที่จะยุติการยึดครองสนามบินทั้งสองแห่ง แต่ก็ไม่สามารถมีผลใดๆ จนกระทั่ง พันธมิตรฯ ประกาศยุติการชุมนุมไปเอง เมื่อวันที่ 3 ธันวาคม ภายหลังจากที่ศาลรัฐธรรมนูญมีคำพิพากษา (เมื่อวันที่ 2 ธันวาคม) ตัดสินให้ยุบพรรคพลังประชาชนของนายกรัฐมนตรีสมชาย และพรรคร่วมรัฐบาลอีกสองพรรค คือ พรรคชาติไทย และพรรคมัชฌิมาธิปไตยในกรณีทุจริตการเลือกตั้ง]
เสรีภาพในการแสดงความคิดเห็น และเสรีภาพสื่อ
รัฐบาลยังคงแทรงแซงสื่ออย่างต่อเนื่อง รายงานเล่าข่าวของอดีตวุฒิสมาชิกเจิมศักดิ์ ปิ่นทอง ถูกยุติการออกอากาศเมื่อวันที่ 13 กุมภาพันธ์ ภายหลังจากที่กล่าวหาว่า นายกรัฐมนตรีสมัครบิดเบือนข้อเท็จจริงเกี่ยวกับการสังหารหมู่นักศึกษาที่มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ในเหตุการณ์วันที่ 6 ตุลาคม 2519 ต่อมาเมื่อวันที่ 19 เมษายน จักรภพ เพ็ญแข รัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรี ซึ่งควบคุมกรมประชาสัมพันธ์ได้สั่งให้ผู้ประกอบการวิทยุชุมนุมกว่า 500 แห่งต้องจัดสรรเวลาวันละสามชั่วโมงให้กับการสนับสนุนรัฐบาล มิฉะนั้นจะสั่งปิดสถานีที่ขัดขืน
นายกรัฐมนตรีสมัครพยายามใช้การออกอากาศของสถานีโทรทัศน์ NBT ตอบโต้การวิพากษ์วิจารณ์ของสถานีโทรทัศน์ ASTV และสถานีวิทยุผู้จัดการ ซึ่งเป็นกระบอกเสียงของพันธมิตรฯ เมื่อวันที่ 21 กรกฎาคม ช่วงเวลาของรายการ "ข่าวหน้าสี่" ที่สถานีโทรทัศน์ NBT ถูกโอนไปให้กับผู้จัดรายการอีกกลุ่มหนึ่ง ซึ่งมีความสัมพันธ์กับพรรคmujmeพลังประชาชน เพื่อให้จัดรายการ "ความจริงวันนี้"
ในการชุมนุมประท้วงของพันธมิตรฯ นั้นได้มีการใช้ความรุนแรงต่อสื่อมวลชน เมื่อวันที่ 26 สิงหาคม ผู้ประท้วงฝ่ายพันธมิตรฯ ซึ่งมีปืน มีดดาบ และหนังสติ๊กเป็นอาวุธ ได้บุกเข้าไปในสถานีโทรทัศน์ NBT เพื่อยุติการส่งสัญญาณออกอากาศทางโทรทัศน์ และวิทยุ ในวันเดียวกันนั้น ผู้ประท้วงฝ่ายพันธมิตรฯ ได้ข่มขู่ผู้สื่อข่าว และเจ้าหน้าที่ของสถานีโทรทัศน์ NBT ซึ่งปฏิบัติหน้าที่อยู่ที่ทำเนียบรัฐบาล และขับไล่ให้ออกจากรถถ่ายทอดสด
กลุ่มที่สนับสนุนรัฐบาลก็ได้คุกคามสื่อมวลชนด้วยเช่นกัน เมื่อวันที่ 3 พฤศจิกายน กลุ่ม "คนเสื้อแดง" ที่เป็นสมาชิกของกลุ่มรักเชียงใหม่ 51 บุกไปปิดล้อมสำนักงานภูมิภาคของสถานีโทรทัศน์ TPBS รวมทั้งยังได้ข่มขู่ว่าจะตัดกระแสไฟฟ้า และน้ำประปา เพื่อตอบโต้การที่สถานีโทรทัศน์ TPBS รายงานข่าวว่า สมาชิกของกลุ่มรักเชียงใหม่ 51 ได้รับค่าจ้างคนละ 2,000 บาท เพื่อเข้าร่วมการชุมนุมของ นปช. ที่กรุงเทพฯ เมื่อวันที่ 1 พฤศจิกายน
[*ข้อมูลเพิ่มเติมภายหลังจากที่รายงานฉบับภาษาอังกฤษตีพิมพ์แล้ว: ตั้งแต่วันที่ 23 พฤศจิกายน ถึงวันที่ 3 ธันวาคม พันธมิตรฯ ประกาศ "สงครามครั้งสุดท้าย" ในช่วงเวลาดังกล่าว พันธมิตรฯ แสดงความเป็นศัตรูอย่างเปิดเผยต่อสื่อมวลชน ผู้สื่อข่าวจากสถานีโทรทัศน์ NBT มักถูกผู้ประท้วงฝ่ายพันธมิตรฯ ข่มขู่คุกคาม และขับไล่ออกจากบริเวณพื้นที่การชุมนุมประท้วง เมื่อวันที่ 30 พฤศจิกายน รถออกอากาศของสถานีโทรทัศน์ TNN ถูกยิงด้วยปืนขณะที่กำลังรายงานข่าวการชุมนุมประท้วงที่สนามบินสุวรรณภูมิ ผู้ประท้วงฝ่ายพันธมิตรฯ ยังบังคับให้ผู้สื่อข่าวต้องถอดเสื้อที่มีข้อความรณรงค์ยุติการใช้ความรุนแรงออกระหว่างที่เข้าไปปฏิบัติหน้าที่ในพื้นที่การชุมนุมประท้วง
เมื่อวันที่ 26 พฤศจิกายน สมาชิกกลุ่มเชียงใหม่ 51 ประมาณ 100 คน ซึ่งมีปืน ระเบิด หนังสติ๊ก มีดดาบ ท่อนเหล็ก และก้อนอิฐเป็นอาวุธ ได้บุกโจมตีสถานีวิทยุชุมชนวิหคเรดิโอของพันธมิตรฯ ในอำเภอเมือง จังหวัดเชียงใหม่ จนทำให้มีผู้เสียชีวิตหนึ่งคน]
พันธมิตรฯ พรรคประชาธิปัตย์ (ซึ่งเป็นฝ่ายค้านในขณะนั้น) และนายทหารชั้นผู้ใหญ่เคลื่อนไหวอย่างแข็งขันให้มีการนำเอาข้อหาหมิ่นพระบรมเดชานุภาพมาเล่นงานผู้ที่สนับสนุนรัฐบาล จักรภพต้องลาออกจากตำแหน่งเมื่อวันที่ 30 พฤษภาคม ภายหลังจากที่ถูกตั้งข้อหาว่า หมิ่นพระบรมเดชานุภาพจากการที่ไปกล่าวบรรยายเกี่ยวกับระบบอุปถัมภ์ที่สมาคมผู้สื่อข่าวต่าวประเทศ เมื่อวันที่ 22 กรกฎาคม ดารณี ชาญเชิงศิลปกุล (ดา ตอร์ปิโด) ถูกจับกุมในข้อหาหมิ่นพระบรมเดชานุภาพในการปราศรัยบนเวทีของ นปช. อนึ่ง ในปี 2551 ทางการไทยได้ปิดเว๊บไซด์ที่ถูกกล่าวหาว่าส่งเสริมการแสดงความคิดเห็นต่อต้านสถาบันกษัตริย์ ไปมากกว่า 400 แห่ง
ทางการไทยเตือนสื่อมวลชนต่างประเทศไม่ให้วิพากษ์วิจารณ์บทบาทของสถาบันกษัตริย์ โจนาธาน เฮด ผู้สื่อข่าวของ BBC ประจำกรุงเทพฯ ถูกสอบสวนเกี่ยวกับการหมิ่นพระบรมเดชานุภาพ ภายหลังจากที่เขียนบทความที่ถูกกล่าวหาว่าต่อต้านสถาบันกษัตริย์
ความรุนแรง และการละเมิดสิทธิมนุษยชนในจังหวัดชายแดนภาคใต้
เจ้าหน้าที่ฝ่ายความมั่นคงของไทย และกลุ่มติดอาวุธแบ่งแยกดินแดนยังคงโจมตีพลเรือนในจังหวัดชายแดนภาคใต้ มีการเปิดเผยข้อมูลว่า ทหารจากหน่วยเฉพาะกิจที่ 39 ในอำเภอรือเสาะ จังหวัดนราธิวาสซ้อม และฆาตกรรมอิหม่ามยะผา กาเซ็ง เมื่อวันที่ 21 มีนาคม ขณะที่เมื่อวันที่ 21 มิถุนายน กลุ่มผู้ก่อความไม่สงบพร้อมอาวุธครบมือได้บุกขึ้นไปบนรถไฟโดยสารที่อำเภอระแงะ จังหวัดนราธิวาส และสังหารตำรวจรถไฟ และพนักงานรถไฟที่เป็นคนไทยพุทธรวมสี่คน มีการใช้คาร์บอมบ์ในการวางระเบิดที่โรงแรมซีเอสปัตตานี จังหวัดปัตตานี เมื่อวันที่ 15 มีนาคม และที่อำเภอสุไหงโกลก จังหวัดนราธิวาส เมื่อวันที่ 21 สิงหาคม กลุ่มผู้ก่อความไม่สงบยังพยายามสร้างความหวาดกลัวในหมู่คนไทยพุทธด้วยการตัดศรีษะ หรือจุดไฟเผาเหยื่อ นอกจากนี้ กลุ่มผู้ก่อความไม่สงบยังวางเพลิงเผาโรงเรียน และซุ่มโจมตีขบวนครู และนักเรียนระหว่างที่เดินทางไป-กลับโรงเรียน รวมทั้งยังได้ลอบสังหารครูด้วย
ถึงแม้รัฐบาล และพลเอกอนุพงษ์จะให้สัญญาว่าจะให้มีความยุติธรรมต่อชาวมลายูมุสลิมในจังหวัดชายแดนภาคใต้ แต่เจ้าหน้าที่ฝ่ายความมั่นคงของไทยยังแทบจะไม่ถูกลงโทษเลยจากกรณีที่เกี่ยวข้องกับการสังหารนอกกฏหมาย การซ้อมทรมาน และการจับกุมที่มิชอบ นอกจากนี้ ยังมีรายงานเกี่ยวกับการ "อุ้มหาย" เพิ่มมากขึ้นอีกครั้งหนึ่ง หลังจากที่ลดลงระยะหนึ่งในปี 2550
ผู้ลี้ภัย และแรงงานต่างด้าว
ยังคงมีการละเมิดหลักกฏหมายระหว่างประเทศห้ามไม่ให้มีการบังคับส่งผู้ลี้ภัยออกไปยังประเทศใดๆ ที่จะมีอันตรายต่อชีวิตของผู้ลี้ภัยเหล่านั้น (หลัก non-refoulement) ในปี 2551 โดยทางการไทยส่งชาวกะเหรี่ยงที่เข้ามาขอลี้ภัยกลับไปพม่า และมีการส่งชาวม้งที่เข้ามาขอลี้ภัยในจังหวัดเพชรบูรณ์กลับไปลาว
ไทยเป็นเจ้าภาพการประชุมรัฐมนตรีแรงงานอาเซียนในเดือนมิถุนายน แต่แรงงานต่างด้าวยังคงแทบจะไม่ได้รับการคุ้มครองภายใต้กฏหมายแรงงานไทย ทำให้แรงงานเหล่านั้นเสี่ยงที่จะถูกจับกุม และรีดไถจากเจ้าหน้าที่ รวมทั้งยังเสี่ยงที่จะถูกกดขี่ ละเมิดสิทธิ และถูกทำให้เสียชีวิต เมื่อวันที่ 10 เมษายน แรงงานชาวพม่า 54 คนเสียชีวิตจากการขาดอากาศหายใจในรถบรรทุกที่ลักลอบนำตัวพวกเขาเดินทางไปทำงานที่จังหวัดระนอง มีการบังคับใช้คำสั่งของผู้ว่าราชการจังหวัดระนอง จังหวัดระยอง และจังหวัดพังงาห้ามไม่ให้แรงงานต่างด้าวออกนอกสถานที่ในเวลากลางคืน ห้ามพกโทรศัพท์มือถือ และห้ามขับรถจักรยานยนต์
นักสิทธิมนุษยชน
มีความคืบหน้าน้อยมากในการสืบสวนอย่างเป็นทางการเกี่ยวกับการสังหารนักสิทธิมนุษยชน 20 คนที่เกิดขึ้นในสมัยรัฐบาลทักษิณ ซึ่งรวมถึงกรณีการ "อุ้มหาย" และการสังหารทนายมุสลิม สมชาย นีละไพจิตร
ทางการไทยข่มขู่ที่จะถอนใบอนุญาตจดทะเบียนองค์เอกชนระหว่างประเทศ เพื่อห้ามปรามไม่ให้องค์กรเหล่านั้นเปิดโปงปัญหาการละเมิดสิทธิมนุษยชนโดยเจ้าหน้าที่ของรัฐบาลในจังหวัดชายแดนภาคใต้
ตัวแสดงระหว่างประเทศที่สำคัญ
ไทยรับตำแหน่งประธานตามวาระหมุนเวียนของอาเซียนในปี 2551 ถึงแม้ในขณะนั้นจะยังไม่ได้ให้สัตยาบันกฏบัตรอาเซียนก็ตาม ความพยายามของไทยในการกำหนดกรอบของกลไกสิทธิมนุษยชนอาเซียนถูกบั่นทอนความน่าเชื่อถือไปจากปัญหาสิทธิมนุษยชนภายในประเทศ และความสัมพันธ์ของไทยกับรัฐบาลทหารพม่า นายกรัฐมนตรีสมชายใช้เวทีการประชุมอาเซมที่กรุงปักกิ่ง เมื่อเดือนตุลาคม ในการเคลื่อนไหวทางการทูตเพื่อสนับสนุนรัฐบาลทหารพม่า โดยเสนอให้มีการยกเลิกการคว่ำบาตรทางเศรษฐกิจ และให้มีการหันไปสนับสนุนรัฐบาลทหารพม่า ซึ่งนายกรัฐมนตรีสมชายอ้างว่าจะเป็นประโยชน์ต่อการพัฒนาประชาธิปไตยในพม่า
สหรัฐอเมริกา และรัฐบาลประเทศตะวันตกอื่นๆ ฟื้นฟูความสัมพันธ์กับไทยเข้าสู่ภาวะปกติ ภายหลังจากที่ไทยมีรัฐบาลที่มาจากการเลือกตั้ง สหรัฐอเมริกาใช้ความสัมพันธ์ทวิภาคีที่ใกล้ชิดกับไทบเป็นประโยชน์ในการเสนอประเด็นความกังวลเกี่ยวกับสถานการณ์สิทธิมนุษยชน ทั้งกรณีที่เกี่ยวข้องกับการเผชิญหน้าทางการเมืองในกรุงเทพฯ และความรุนแรงในจังหวัดชายแดนภาคใต้
สหรัฐอเมริการ่วมมือกับอังกฤษ สหภาพยุโรป และออสเตรเลียในการสนับสนุนให้มีการฟื้นฟูประชาธิปไตยในไทย และแสดงความไม่เห็นด้วยกับการที่มีความพยายามจากกลุ่มการเมืองต่างๆ ที่จะยั่วยุให้เกิดการรัฐประหาร และริดรอนสิทธิเสรีภาพ