Mientras llegaba a su término el mandato de cuatro años del Presidente Álvaro Arzú, y estaba prevista la llegada de un nuevo gobierno en enero del 2000, la impunidad por violaciones a los derechos humanos siguió intacta. Los acuerdos de paz firmados en diciembre de 1996 mantuvieron la promesa de reformas institucionales en la judicatura, la policía y las Fuerzas Armadas, pero éstas se vieron frustradas por la incapacidad del Gobierno para enfrentar el legado autoritario de los 35 años de conflicto armado en Guatemala. El respaldo popular a las reformas estaba decayendo claramente y las enmiendas constitucionales que habrían formalizado algunas de las reformas clave de la judicatura y las Fuerzas Armadas fueron derrotadas en un referéndum nacional en mayo. Al mismo tiempo, la ausencia de una aplicación eficaz de la ley contribuyó a una inseguridad tremenda entre la mayoría de la población, como puso de manifiesto el número cada vez mayor de linchamientos públicos.

La impunidad por las violaciones a los derechos humanos cometidas durante la guerra se destacó en los debates políticos, especialmente con la publicación en febrero de un informe de la Comisión de Esclarecimiento Histórico (CEH), patrocinada por las Naciones Unidas y también denominada comisión de la verdad. El informe de la CEH, fruto de más de 18 meses de trabajo por parte de más de 200 funcionarios guatemaltecos e internacionales, documentaba más de 42.000 casos de violaciones a los derechos humanos. Las fuerzas estatales y los grupos paramilitares aparecían como los responsables del 93 por ciento de los casos documentados, los insurgentes de la Unidad Revolucionaria Nacional Guatemalteca (URNG) del tres por ciento, y los responsables del restante 4 por ciento no se habían identificado. La comisión atribuyó 626 masacres al Ejército y 32 a la guerrilla, la mayoría de ellas ocurridas a principios de los ochenta. Sin embargo, la condena más grave era la conclusión de que el Ejército había cometido actos de genocidio contra la población maya en cuatro áreas del país, entre 1981 y 1983.

El informe de la CEH también recomendaba medidas serias para promover la reconciliación y contribuir al cese de la impunidad. Entre ellas se encontraban las reformas de la judicatura y el aparato de seguridad, así como un programa de reparaciones para las víctimas del conflicto, la puesta en marcha de una política de exhumaciones en cientos de fosas clandestinas, una purga administrativa de las Fuerzas Armadas y la creación de una comisión (con la participación de la sociedad civil) encargada del seguimiento de otras recomendaciones de la CEH. Un mes después de la publicación del informe, el Gobierno respondió quitando importancia a las recomendaciones al reafirmar su compromiso retórico de poner fin a la impunidad, promover los derechos humanos y las reformas ya establecidas en los acuerdos de paz, mientras afirmaba que no era necesario crear una nueva comisión encargada del seguimiento. También reiteró una declaración realizada por el Presidente Arzú con motivo del segundo aniversario de los acuerdos de paz, en la que pedía disculpas al pueblo guatemalteco por las "acciones u omisiones, por lo que hicimos o dejamos de hacer." Aunque esta reacción fue considerada "preliminar," la ausencia de otros comentarios oficiales la convirtieron en una posición final, lo que implicaba que no se adoptarían nuevas medidas para responder a las recomendaciones de la CEH. La respuesta de los miembros de la URNG no fue mucho mejor: lamentaron los "excesos, equivocaciones e irresponsabilidades" cometidos por sus fuerzas durante el conflicto armado, a pesar de que la CEH había concluido que dichos actos formaban parte de un estrategia político militar deliberada o habían sido llevados a cabo bajo las órdenes del alto mando.

En mayo, varias organizaciones con sede en Estados Unidos, entre ellas Human Rights Watch, hicieron pública una copia de un diario del Ejército en el que se documentaban las actividades de una unidad de las Fuerzas Armadas guatemaltecas responsable de secuestros, torturas y ejecución de presuntos izquierdistas entre 1983 y 1985. El diario, que contenía los nombres de 183 personas (de los cuales algunos, aunque no todos, se sabía que habían sido ejecutados o desaparecidos), fue sacado secretamente de los archivos de las Fuerzas Armadas por uno de sus miembros. Se informó que el Ejército estaba destruyendo todos los documentos de este tipo a principios de 1999. Algunos grupos de derechos humanos iniciaron procedimientos judiciales basándose en las pistas que aportaba este documento y agentes del Ministerio Público fueron asignados a la investigación del caso.

El pasado fue también un aspecto destacado en la campaña política, en la que participaron por primera vez en la historia de las elecciones los guerrilleros desmovilizados de la URNG, constituidos ahora en partido político. Sin embargo, el principal contrincante a la presidencia no era un partido de izquierdas sino conservador, el Frente Republicano Guatemalteco (FRG), cuyo secretario general, el General Efraín Ríos Montt, había gobernado militarmente el país entre marzo de 1982 y agosto de 1983. Las posibilidades del candidato presidencial del FRG, Alfonso Portillo, estuvieron a punto de sucumbir cuando la prensa descubrió que había huido de la justicia mexicana en 1982, acusado de un doble homicidio que dijo haber cometido en defensa propia. El caso judicial contra Portillo había sido archivado en 1995.

A pesar de los años de masiva asistencia internacional, la modernización del sistema judicial seguía siendo una realidad lejana. El Relator Especial de la ONU sobre la independencia de abogados y jueces, Param Cumaraswamy, dibujó un panorama desalentador de Guatemala al concluir su visita en agosto, y dijo que el sistema de justicia aún tenía que recuperarse de los males que lo plagaron durante el conflicto armando, entre ellos la corrupción, el tráfico de influencias, la falta de recursos y las amenazas, y la intimidación de abogados y jueces. Cumaraswamy dijo que había recibido información que indicaba que tan sólo el 10 por ciento de los casos de homicidio llegaban a juicio, y que de éstos muy pocos se saldaban con condenas.

El terrible estado de la administración de justicia en Guatemala se puso de evidencia en la investigación del asesinato, en abril de 1998, del obispo Juan Gerardi, muerto justo dos días antes de la publicación de informe patrocinado por la Iglesia sobre las violaciones en tiempo de guerra. Mientras que el primer fiscal del caso se concentró exclusivamente en el padre Mario Orantes, que compartía casa con Gerardi y fue detenido poco después del asesinato, a principios de 1999, un nuevo juez y fiscal empezaron a investigar la existencia de motivos políticos. Sin embargo, cada nueva prueba conseguida tenía un coste: todo testigo importante para el caso tuvo que huir del país; la Oficina de Derechos Humanos del Arzobispado (ODHA) fue objeto de numerosas amenazas; el juez Henry Monroy, que hizo avances en el caso, se vio obligado a renunciar y salir del país después de recibir amenazas telefónicas; y el fiscal Celvin Galindo también padeció incontables acciones de intimidación y salió del país a principios de octubre, tras renunciar al caso.

Otro caso destacado que ilustra los formidables obstáculos para la administración de justicia estaba relacionado con el procesamiento de una patrulla militar por los asesinatos de 11 personas en 1995, en la comunidad de retornados de Xamán, Alta Verapaz; una masacre considerada por la Misión de las Naciones Unidas en Guatemala (MINUGUA) la más grave violación a los derechos humanos desde su llegada al país en 1994. Tras un prolongado proceso repleto de irregularidades (entre ellas tácticas dilatorias por parte del juez encargado, falta de cooperación de las autoridades militares y amenazas a los fiscales), el 13 de agosto, un tribunal de Cobán halló culpables de homicidio al subteniente que lideraba la patrulla y a diez soldados, mientras que otros 14 fueron hallados culpables de complicidad en el homicidio (un delito inexistente en el código penal guatemalteco). Las condenas de cinco y cuatro años, respectivamente, eran conmutables por el pago de cinco quetzales (unos 67 centavos de dólar) por cada día de prisión, es decir, 1.218 dólares para cada miembro del primer grupo y 975 para los del segundo.

Otros prolongados intentos de llevar ante la justicia a violadores a los derechos humanos se saldaron con resultados igualmente desalentadores en 1999. En abril, cuatro patrulleros civiles, que cumplían condenas de 30 años por el asesinato en 1994 del ex candidato presidencial Jorge Carpio, fueron puestos en libertad por la Sala Tercera de la Corte de Apelaciones debido a los "graves errores" procesales en el juicio. Ese mismo mes, el ex comisionado militar Cándido Noriega fue absuelto por segunda vez de varios cargos de asesinato, tortura y violación relacionados con la masacre de Tululché, en el departamento del Quiché. Una corte de apelaciones revocó esa decisión en julio y estaba siendo juzgado de nuevo cuando se escribió este informe. En el caso del asesinato en 1990 de Myrna Mack, se formularon finalmente cargos contra tres ex oficiales de alto rango del Ejército en febrero, aunque el caso había avanzado apenas en octubre de 1999. También en octubre, tres ex patrulleros civiles fueron sentenciados a muerte por su participación en la masacre de 1982 en Río Negro, aunque las pruebas que vinculaban a personal militar con los hechos nunca fueron investigadas.

La Corte de Constitucionalidad de Guatemala dictó un fallo inquietante en enero, al afirmar que las garantías de la libertad de expresión sólo son aplicables a miembros de la prensa. En septiembre, el Centro para la Justicia y el Derechos Internacional (Center for Justice and International Law, CEJIL) presentó conjuntamente con la ODHA una demanda ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos en la que alegaba que la decisión violaba la Convención Americana sobre Derechos Humanos.

La mayoría de las preocupaciones en materia de derechos humanos se derivaba de la constante situación de violencia e inseguridad producto de la actividad delictiva y las malas condiciones sociales y económicas. En un informe elaborado por el Banco Interamericano de Desarrollo se citaba la Ciudad de Guatemala como la tercera ciudad más violenta de Latinoamérica, según cifras de 1996. El número de linchamientos, con frecuencia, aunque no siempre, llevados a cabo por masas espontáneas contra presuntos ladronzuelos, también parecía estar aumentando. Desde 1994, se habían producido unos 250 linchamientos, mientras que sólo se estaban investigando dos casos en octubre de 1999.

La respuesta gubernamental a la constante actividad delictiva fue intentar cumplir el objetivo de los acuerdos de paz de contar con un cuerpo de Policía Nacional Civil (PNC) con 20.000 efectivos en el año 2000. Debido al reclutamiento, la selección y las prácticas de entrenamiento inadecuados (como señaló MINUGUA en sus noveno informe de derechos humanos publicado en marzo), el Gobierno acabó instituyendo cambios cuantitativos en lugar de cualitativos en la nueva fuerza policial. MINUGUA concluyó que seguían produciéndose abusos policiales, agravados aún más por la falta de mecanismos de disciplina interna eficaces, y que prácticamente todos los agentes de la PNC habían sido reciclados de las poco profesionales Policía Nacional, Guardia de Hacienda o el Ejército, mediante un curso de capacitación de sólo tres meses de duración.

En virtud de los acuerdos de paz, las Fuerzas Armadas desistirían de participar en la seguridad interna y se dedicarían principalmente a la defensa del exterior. Sin embargo, con la derrota de las enmiendas constitucionales en mayo, las Fuerzas Armadas continuaron participando en asuntos de seguridad interna. La inteligencia militar siguió investigando los secuestros y el crimen organizado, mientras que los soldados de a pie también participaban en patrullas conjuntas con la policía civil, de conformidad con un decreto ejecutivo de 1996.