A pesar del anuncio en diciembre de 1998 de una iniciativa federal para promover y fortalecer los derechos humanos, las violaciones graves y numerosas a los derechos humanos, entre ellas la tortura y la detención arbitraria, continuaron teniendo lugar en México durante 1999. Como en años anteriores, los abusos se produjeron con frecuencia en el contexto del sistema de procuración e impartición de justicia, ya fuera cuando la policía o los soldados realizaron detenciones, o cuando los agentes del Ministerio Público procesaron casos. En lugar de enfrentar estos problemas cara a cara, los políticos ignoraron totalmente los asuntos relativos a los derechos humanos o decidieron culpar a los grupos de derechos humanos por exacerbar los problemas de seguridad pública. De hecho, las organizaciones de derechos humanos mexicanas e internacionales fueron criticadas cada vez más por líderes políticos, empresariales e incluso religiosos, quienes les acusaron públicamente de proteger a criminales en detrimento de los ciudadanos respetuosos de la ley. Con los problemas de seguridad pública ocupando un lugar principal en la agenda nacional y las elecciones presidenciales previstas para julio del 2000, transcurrió otro año sin que los profundamente enraizados problemas de derechos humanos de México recibieran una atención adecuada por parte de las autoridades.

Aunque el gobierno mexicano no adoptó las medidas necesarias para mejorar la grave situación de los derechos humanos en el país, sí emprendió varias iniciativas importantes para un mayor reconocimiento del derecho y los mecanismos internacionales de derechos humanos. En diciembre de 1998, México aceptó oficialmente la competencia de la Corte Interamericana de Derechos Humanos. En julio de 1999, México prometió también ratificar la Convención sobre Refugiados de 1951 y su protocolo de 1967. Las autoridades informaron asimismo a Human Rights Watch que, al amparo del programa de derechos humanos de diciembre de 1998, se habían realizado avances en la identificación de otros tratados de derechos humanos para su ratificación y de reservas a otros tratados ya ratificados por México para la retirada de éstas. Durante el año, México autorizó la visita de la Relatora Especial de la ONU sobre ejecuciones extrajudiciales, sumarias y arbitrarias, Asthma Jahangir, y cuando se escribió este informe, tenía previsto recibir a la Alta Comisionada de la ONU para los Derechos Humanos, Mary Robinson, en noviembre. También fue positiva la ampliación de autonomía de la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH) del gobierno federal, cuyo presidente había sido nombrado por el Presidente de México y cuyo presupuesto provenía del Ejecutivo. Tras las reformas, el presidente y el presupuesto de la comisión dependerían del Legislativo.

Siguió existiendo un amplio abismo entre el apoyo retórico a los derechos humanos y la protección efectiva de derechos y el cumplimiento de normas internacionales. El Programa Nacional de Promoción y Fortalecimiento de los Derechos Humanos, anunciado en diciembre de 1998, por ejemplo, carecía de medidas concretas para tratar los problemas de derechos humanos del país. Aunque la ratificación de acuerdos de derechos humanos tenía una importancia vital, el hecho de que México violara tan flagrantemente los acuerdos que ya había ratificado indicaba que tendrían que adoptarse medidas nuevas e innovadoras para poder contrarrestar los abusos a los derechos humanos.

Con respecto a los instrumentos internacionales de derechos humanos, entre ellos la Convención Americana sobre Derechos Humanos, el Gobierno demostró una alarmante falta de voluntad de cumplir sus obligaciones. El Gobierno ignoró recomendaciones incluidas en informes fuertes de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos y no puso en práctica las sugerencias hechas en 1998 por el Relator Especial de la ONU sobre la tortura, Nigel Rodley. El Brigadier General Francisco Gallardo, encarcelado en 1993 por recomendar el nombramiento de un procurador de los derechos humanos dentro del Ejército, siguió en prisión, a pesar de que en un informe de la comisión de 1996 se concluía que debía ser puesto en libertad.

El tema de la seguridad pública y los derechos humanos siguió muy presente en la situación de los derechos humanos en México en 1999. En febrero y marzo, el gobierno federal aprobó enmiendas a la Constitución que podrían debilitar las protecciones a los derechos humanos. Los cambios en el procedimiento legal mexicano para recurrir las acciones de las autoridades, conocido como amparo, ampliarían las circunstancias en las que se podría iniciar un procesamiento a pesar de la violación de las garantías del debido proceso. Las modificaciones harían asimismo más fácil para los agentes del Ministerio Público obtener órdenes de arresto, al requerirse la documentación de menos hechos en relación con presuntos delitos. Las organizaciones de derechos humanos mexicanas criticaron las revisiones por que hacían posible el abuso en un sistema legal con una tendencia adquirida a fabricar pruebas y coaccionar a acusados. Cuando se escribió este informe, las enmiendas constitucionales no se habían puesto en vigor todavía, dado que la mayoría de los estados mexicanos aún no las habían aprobado.

La iniciativa para facilitar los procesamientos respondía a la protesta generalizada del público ante los índices de delincuencia disparados, una situación que se achacaba en parte a las garantías de derechos humanos. En enero, un Cardenal en México, Juan Sandoval, arremetió contra los grupos de derechos humanos por defender a delincuentes en el estado de Jalisco. Haciendo referencia a la prestigiosa Comisión Estatal de Derechos Humanos de Jalisco, un organismo autónomo del Gobierno, el Cardenal señaló: "No están aquí en cuestión los derechos humanos, sino esta organización de derechos humanos que no ha llevado una práctica provechosa para la sociedad." Prosiguió criticando lo que llamó la práctica de la organización de "defender constantemente a delicuentes." Se informó de que al referirse a Human Rights Watch como "la madre de todas las organizaciones no gubernamentales," el Cardenal ridiculizó a la organización diciendo que se dedicaba a desestabilizar a gobiernos. Líderes empresariales del estado de Jalisco también criticaron a los grupos de derechos humanos por defender a delincuentes. En otras partes del país, las organizaciones de derechos humanos también fueron objeto de ataques. En el Estado de México, por ejemplo, un nuevo gobernador salió electo en julio gracias en parte al empuje del eslogan de la campaña de mano dura contra la delincuencia: "los derechos humanos son para los humanos, no para las ratas."

Durante 1999, Human Rights Watch continuó documentando casos de violaciones a los derechos humanos cometidas en el contexto de los procesos penales. En un estudio de dos años publicado en enero por Human Rights Watch, se concluía que a pesar de las numerosas reformas legales e institucionales que gobiernos mexicanos sucesivos habían esgrimido como prueba de su compromisos de proteger los derechos humanos, las violaciones a los derechos humanos—entre ellas la detención arbitraria, la tortura e incluso la desaparición forzada—seguían teniendo lugar como parte del proceso judicial en México. Las violaciones a los derechos humanos no sólo eran fruto de la tolerancia oficial al abuso, sino también de la protección ineficaz por parte del sistema de procuración de justicia de garantías individuales, y la forma poco rigoroso de éste con respecto a las violaciones a los derechos humanos. Los agentes del Ministerio Público utilizaron pruebas obtenidas mediante violaciones a los derechos humanos y los jueces se arrogaron leyes y precedentes legales permisivos para condenar a las víctimas mientras ignoraban los abusos.

El informe de Human Rights Watch concluía: "El gobierno mexicano no ha estructurado el sistema de procuración e impartición de justicia—que engloba a la policía, el Ministerio Público y los tribunales—para que la finalidad de la investigación de delitos y de la sanción a delincuentes esté en consonancia con los objetivos de la protección de los derechos humanos y la promoción del Estado de derecho." Los abusos se produjeron en la jurisdicción tanto estatal como federal y en todas las regiones del país, independiente de que la víctima fuera sospechosa de robo, narcotráfico o un presunto guerrillero de la izquierda.

El caso de Alfonso Martín del Campo ilustró las deficiencias en materia de derechos humanos del sistema de procuración e impartición de justicia mexicano. Después de ser condenado a 50 años de prisión por un horrible doble asesinato cometido el 30 de mayo de 1992, Martín del Campo perdió su última oportunidad de libertad en marzo de 1999, cuando un magistrado del Tribunal Superior del Distrito Federal rechazó su solicitud de reconocimiento de inocencia. Salvo una declaración inculpándose a si mismo realizada el día de su detención arbitraria en 1992, el expediente del caso estaba desprovisto de toda prueba contra él. Contenía, sin embargo, documentos médicos que demostraban que había sido gravemente golpeado. Tras haber realizado presuntamente esta primera declaración, se retractó en varias ocasiones afirmando que había sido torturado—empleando métodos tales como cubrirle la cabeza con una bolsa de plástico. A pesar de los hechos, los jueces de tres niveles judiciales confirmaron sucesivamente su condena, gracias al principio de inmediatez procesal, que citaron para ignorar las muestras de coacción utilizada para obligarle a realizar una declaración incriminándose a sí mismo. Según su interpretación en México, el principio sostiene que la primera declaración realizada por un sospechoso puede considerarse más fidedigna que las declaraciones posteriores.

La Comisión Interamericana de Derechos Humanos calificó de "errónea" la manera en que se interpreta este principio en México. En un informe publicado en 1998, la comisión señaló: "El Estado mexicano está concibiendo el principio de inmediación procesal en una forma tal que, en vez de servir como una garantía procesal para los inculpados de los delitos, tiende a transformarse en su antítesis, en una fuente de abusos para los inculpados." En otros países, el principio de inmediatez procesal se interpreta de manera exactamente contraria a la de México: la declaración más fidedigna no es la primera sino la realizada en presencia de un juez.

Aunque algunos jueces mexicanos eran responsables de no haber tenido en cuenta los problemas de derechos humanos en sus sentencias, también hubo casos en que los tribunales mexicanos dictaron fallos positivos basándose en principios de derechos humanos. En junio, por ejemplo, un tribunal federal de apelaciones decidió que las violaciones procesales en el juicio por asesinato a Juan Lorenzo Rodríguez Osuna invalidaban la sentencia condenatoria que había sido dictado contra él dos años antes. El tribunal ordenó un nuevo juicio y, cuando se escribió este informe, no estaba claro si los agentes del Ministerio Público del estado de Tamaulipas iban a retirar los cargos, una decisión que había sido reclamada por Human Rights Watch. En otro caso en el que las técnicas fundamentales de investigación consistieron en la detención ilegal y la tortura—el juicio de Manuel Manríquez, acusado de asesinato—un magistrado del Tribunal Superior del Distrito Federal decidió a favor de la solicitud de reconocimiento de inocencia de Manríquez en abril, basándose en parte en las conclusiones de un informe publicado en febrero por la Comisión Interamericana de Derechos Humanos. Aunque eran positivos, estos casos subrayaban asimismo una inquietante debilidad del sistema de impartición de justicia de México: los jueces podían ignorar años de injusticia y la posibilidad de obtener justicia no dependía de un respeto arraigado a los derechos humanos dentro del sistema de justicia, sino de la capacidad de una víctima de recabar apoyo público para su caso.

Los problemas de derechos humanos en el estado de Chiapas también continuaron recibiendo especial atención en México. Cuando se escribió este informe, 20 personas habían sido condenadas por la masacre, en diciembre de 1997, de 45 personas en la aldea de Acteal. Las autoridades federales habían asumido la competencia sobre el caso, cuyo juicio habría correspondido de otro modo a las autoridades estatales. La mayoría de los condenados fueron acusados de autoría material de los asesinatos y posesión de armas reservadas para el uso exclusivo del Ejército. Entre los inculpados, pero aún no condenados, se encontraba un general retirado del Ejército, Julio César Santiago Díaz, que era funcionario de la seguridad pública cuando ocurrieron los asesinatos. La policía bajo su mando ignoró las muestras de que se estaba produciendo una masacre. Los agentes del Ministerio Público le acusaron de asesinato por omisión.

Los agentes federales del Ministerio Público realizaron progresos en 34 casos del ámbito estatal de los que se hicieron cargo como parte de la investigación de la masacre de Acteal. Los casos, todos los cuales tuvieron lugar durante el año previo a la masacre e incluían delitos tales como asesinato, secuestro y otros crímenes violentos cometidos en el interior o los alrededores de Acteal, no habían avanzado en los tribunales estatales. Cuando se escribió este informe, unas 193 personas habían sido imputadas en estos casos; se habían formulado cargos también contra varios agentes estatales del Ministerio Público por no haber procesado los casos en los que existían suficientes pruebas para ello. Los agentes federales del Ministerio Público también hicieron progresos en el caso de Rubicel Ruiz, también ocurrido en Chiapas y cuya jurisdicción asumió la Procuraduría General de la República en 1998. Ruiz, que había sido asesinado a tiros en febrero de 1998, trabajaba con campesinos que querían obtener beneficios del estado. Aunque las autoridades federales lograron identificar a los pistoleros y el autor intelectual del crimen, un miembro de una familia políticamente poderosa, cuando se escribió este informe, el tribunal todavía no había adoptado una decisión final sobre el caso.

A pesar de los avances realizados en el caso Acteal, siguieron sin resolverse otros graves asuntos de derechos humanos en Chiapas. Poco después de hacerse cargo de la investigación, el Procurador General Jorge Madrazo anunció que su oficina investigaría varios aspectos ajenos a la propia masacre, como la existencia de grupos civiles armados activos en el estado, de los cuales se habían denunciado más de una decena; las razones por las que había fallado el sistema de procuración e impartición de justicia en la municipalidad de Chenalhó, que engloba a Acteal; y por qué las autoridades estatales habían permitido que el grupo que llevó a cabo la masacre se armara. Aunque seguían abiertas, estas líneas de investigación habían arrojado muy pocos resultados. Las organizaciones de derechos humanos mexicanas continuaron denunciando la actividad ilegal, los grupos civiles armados, a los que solían llamar grupos paramilitares, y la extrema debilidad del sistema de justicia del estado. En lugar de resolver estos problemas subyacentes, las autoridades federales siguieron recurriendo a las Fuerzas Armadas para garantizar la calma en Chiapas, mientras los grupos de derechos humanos, entre ellos el Centro de Derechos Humanos Fray Bartolomé de las Casas, continuaban documentando casos en los que la presencia del Ejército era la causa, en lugar del remedio, de la tensión en el estado.

En septiembre, el Gobierno hizo pública una nueva propuesta de paz para Chiapas después de años de negociaciones moribundas. El plan contemplaba una promesa de que las autoridades analizarían detenidamente las quejas de hostigamiento y otros actos ilegales denunciados por diversas organizaciones de derechos humanos, y del establecimiento de un programa dependiente de la Procuraduría General de la República para recibir y analizar dichos casos. En octubre, casi dos años después de la masacre de Acteal, la Procuraduría anunció que había establecido una unidad especial en Chiapas para investigar a los grupos de civiles armados. Afirmó que las autoridades ya habían emprendido cientos de acciones, entre ellas la toma de declaraciones.

Cuando se escribió este informe, no estaba claro si la propuesta conduciría a la adopción de medidas para mejorar la situación de los derechos humanos en Chiapas. Tras el anuncio del plan de paz, los funcionarios estatales empezaron la puesta en libertad de personas detenidas en 1998 durante una ofensiva gubernamental contra "municipios autónomas," gobiernos locales establecidos por los simpatizantes del Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN) que se negaban a reconocer la autoridad del gobierno estatal. Según organizaciones mexicanas de derechos humanos, ninguna de las personas puestas en libertad tenía que haber sido detenida para empezar; las detenciones estuvieron marcadas por procedimientos ilegales, entre ellos la falta de pruebas y de órdenes de arresto.

Los estados de Guerrero y Oaxaca también presentaron problemas inquietantes de derechos humanos. En enero de 1999, el Centro de Derechos Humanos Miguel Agustín Pro Juárez (PRODH) publicó un informe sobre estos estados en el que documentaba el gran número de actos violentos que se habían producido en el contexto de los problemas agrarios, la política local y regional, la siembra y el tráfico de drogas, la militarización y la presencia de grupos armados. El PRODH describía casos específicos ilustrativos de estos problemas, entre ellos la detención ilegal y la tortura por parte del Ejército de Rodolfo Montiel Flores y Teodoro Cabrera García, y la ejecución extrajudicial de Salomé Sánchez Ortiz, en Pizotla, Guerrero. Las tres víctimas eran miembros de una organización medioambiental opuesta a las prácticas madereras en la región. El PRODH sospechaba que habían sido atacados por su trabajo. Las dos víctimas sobrevivientes fueron obligadas a confesar delitos que no habían cometido y fueron juzgadas en un proceso repleto de irregularidades, entre ellas el uso de declaraciones hechas en una base militar. El PRODH y otros grupos de derechos humanos documentaron asimismo en Guerrero la violación de dos mujeres y el asesinato de un hombre y un muchacho por parte de soldados, en Barrio Nuevo, un área donde los opositores al Gobierno llevaban años intentando establecer un gobierno local independiente del partido gobernante.

Persistieron otros abusos a los derechos humanos en México, tales como las violaciones a los derechos laborales y las limitaciones de la libertad de prensa. El sistema oficial de tribunales laborales continuó limitando la libertad sindical, e incluso cuando las sentencias fueron favorables para los trabajadores, éstas no siempre fueron acatadas por el Gobierno. Uno de estos casos seguido de cerca por Human Rights Watch durante varios años—relacionado con el Sindicato Democrático de Trabajadores de la Secretaría del Medio Ambiente, Recursos Naturales y Pesca (SIDT-SEMARNAP)—siguió sin resolverse. A pesar de las victorias judiciales que autorizaban la existencia oficial del sindicato, los funcionarios del Gobierno siguieron negándose a permitir el pleno funcionamiento de éste. Un aspecto positivo fue que la Suprema Corte de México dictó una sentencia importante en mayo confirmando el derecho de los trabajadores a formar más de un sindicato en cualquier organismo del Gobierno.

Para periodistas que cubrían temas delicados, como el narcotráfico, su profesión siguió entrañando peligros. Por ejemplo, Jesús Barraza, editor del semanario Pulso de San Luis Río Colorado, estado de Sonora, fue amenazado de muerte después de que su publicación informara sobre asuntos de narcotráfico, en mayo. Un guardaespaldas de la policía estatal le retiró la protección después de ser golpeado por agentes de la policía federal en junio, al parecer en represalia por proteger al periodista.