בשנת 2009 החמיר משבר זכויות האדם בשטחים הפלשתינאים הכבושים, המוחזקים בידי ישראל, ובייחוד ברצועת עזה, שבתחומה הרגו כוחות ישראליים מאות אזרחים פלשתינאים במהלך מבצע "עופרת יצוקה", מתקפה צבאית נרחבת שהחלה ב-27 בדצמבר 2008 והסתיימה ב-18 בינואר 2009. במהלך מתקפה זו אף הרסו כוחות הביטחון הישראליים בתי אזרחים ותשתיות. המצור הישראלי המתמשך על רצועת עזה שלל ממיליון וחצי תושבי הרצועה מצרכי יסוד ומנע ביצוע פעולות שיקום לאחר המלחמה.
חמאס, הג'יהאד האסלאמי וארגונים פלשתינאים חמושים אחרים ירו ללא הבחנה רקטות על יישובים בישראל. בשיאן של פעולות ירי אלה נחתו בישראל למעלה מ-100 רקטות ליום, שהרגו שלושה אזרחים ישראלים. רקטות בעלות טווח ירי מוגדל העמידו בסכנה 800 אלף ישראלים.
במהלך המלחמה ולאחריה הרגו כוחות חמאס ברצועה אנשים שנחשדו בשיתוף פעולה עם ישראל וכן ירו ופצעו יריבים פוליטיים רבים.
בגדה המערבית המשיכה ישראל להטיל הגבלות רבות על חופש התנועה של הפלשתינאים. ישראל אף הרסה מאות בתים מכוח תקנות מפלות, המשיכה בבניית התנחלויות בלתי חוקיות והוסיפה לעצור ילדים ומבוגרים באורח שרירותי.
רצועת עזה
ארגונים פלשתינאים חמושים
בין החודשים נובמבר 2008 ומארס 2009 ירו הזרועות הצבאיות של חמאס, הג'יהאד האסלאמי, החזית העממית לשחרור פלשתין וארגונים אחרים על ריכוזי אוכלוסייה בישראל מאות רקטות, רובן מתוצרת מקומית, הרגו שלושה אזרחים ופצעו קשה ארבעה. קרוב ל-800 אלף אנשים חיו בטווח ההתקפות. בכמה מקרים לא הגיעו הרקטות ליעדן בישראל ופגעו בפלשתינאים ברצועת עזה, ובהם שתי ילדות קטנות שנהרגו מפגיעת רקטות בצפון הרצועה. התקפות הרקטות הצטמצמו מאוד מאז חודש מארס 2009.
ההתקפות החוזרות ונשנות על ריכוזי אוכלוסייה באמצעות רקטות שלא ניתן לכוונן במדויק וכן הצהרות מפי ארגונים פלשתינאים חמושים מצביעות על כך שההתקפות נועדו לפגוע באזרחים. חמאס וארגונים אחרים הצהירו כי ההתקפות היו מעשי תגמול על התקפות ישראליות בלתי חוקיות או אמצעים של התנגדות לכיבוש. התקפות מכוונות או חסרות הבחנה על אזרחים הן הפרה חמורה של המשפט ההומניטארי הבינלאומי יהיו אשר יהיו הסיבות לביצוען.
ארגונים פלשתינאים חמושים חשפו אזרחים פלשתינאים לסכנה מיותרת של פעולות תגמול בכך שירו רקטות מתוך אזורים מיושבים בצפיפות. בנוסף, מדיווחי התקשורת וממידע שמסר ארגון לא ממשלתי עולה כי במקרים מסוימים, ארגונים פלשתינאים חמושים הסתתרו במכוון מאחורי אזרחים והשתמשו בהם באורח בלתי חוקי כמגנים כדי להרתיע את הכוחות הישראליים מפני ביצוע התקפות-נגד.
חמושים רעולי פנים, שככל הנראה השתייכו לחמאס, הרגו החל בשלהי חודש דצמבר 2008 ולפחות עד לחודש מארס 2009 לפחות 32 אנשים שנחשדו בשיתוף פעולה עם ישראל - כולל גברים שהוחזקו במשמורת ואחרים שלא נשקפה מהם באותה עת כל סכנה. חמושים אלה אף ירו בפלשתינאים רבים אחרים או הכו אותם קשות. רוב הקרבנות היו חברים במפלגת הפתח היריבה. בתגובה, הגבירו הרשויות שבשליטת פתח בגדה המערבית את אמצעי הדיכוי שלהן נגד חברי חמאס ותומכיו בגדה.
ככל הידוע, חמאס או פלגים פלשתינאים אחרים לא ניהלו חקירות כלשהן בנוגע להתקפות רקטות בלתי חוקיות נגד אזרחים ישראלים, בנוגע לפעולות שביצעו ארגונים פלשתינאים חמושים ואשר חשפו אזרחים פלשתינאים לסכנה מיותרת, או בנוגע להרג חשודים בשיתוף פעולה או יריבים פוליטיים ולהתעללות בהם. בחודש אוקטובר התחייב חמאס לחקור פשעי מלחמה שבוצעו כביכול, ובכלל זה התקפות רקטות.
ארגונים פלשתינאים חמושים ברצועת עזה המשיכו להחזיק במעצר ללא תקשורת עם העולם את החייל הישראלי גלעד שליט שנלכד בחודש יוני 2006, וסירבו לאפשר לוועד הבינלאומי של הצלב האדום לבקרו או להעביר מסרים בינו לבין בני משפחתו. בחודש אוקטובר שחררה ישראל 20 אסירות בתמורה לצילום וידאו של שליט, שהוכיח כי הוא בין החיים.
ישראל
במהלך העימות ברצועת עזה נגרם סבל רב לאזרחים. על-פי הארגון הישראלי לזכויות האדם "בצלם", במהלך מבצע "עופרת יצוקה" נהרגו לפחות 773 אזרחים פלשתינאים. הארגון מנה 330 לוחמים שנהרגו ו-248 שוטרים (ארגון Human Rights Watch לא הצליח להעריך האם ובאיזו מידה השוטרים ברצועת עזה היו אזרחים המוגנים מפני התקפה או לוחמים המשתתפים באורח ישיר במעשי האיבה ולפיכך מטרות לגיטימיות). צה"ל גרם נזק לבתי חולים ולמתקני או"ם שבהם מצאו מחסה אנשים שנעקרו מבתיהם. ישראל ומצרים סירבו לפתוח את גבולותיהן, ובכך מנעו מאזרחים להימלט מהעימות, צעד שהנציב העליון של האו"ם לפליטים מתח עליו ביקורת.
הכוחות הישראליים הפגיזו אזורים מיושבים בצפיפות בארטילריה כבדה, ובכלל זה פגזי 155 מ"מ בעלי נפיצות גבוהה ותחמושת מיסוך עם זרחן לבן, שהם כלי נשק בלתי מבחינים מטבעם כאשר משתמשים בהם באזורים כאלה. במקרה אחד, ב-15 בינואר, נחתו פגזים בעלי נפיצות גבוה ופגזי זרחן לבן של צה"ל במתחם המפקדה הראשית של סוכנות אונר"א, בתוך העיר עזה. מפגיעת הפגזים נפצעו שלושה בני אדם ופרצו שריפות שכילו ארבעה מבנים, וכן מזון ואספקה רפואית שנועדו לסייע לאוכלוסייה. קודם לכן, בחודש נובמבר 2006, השעה צה"ל את השימוש בארטילריה כבדה באזורי מגורים ברצועת עזה, בעקבות התקפה ארטילרית שבה נהרגו 23 אזרחים. ישראל מעולם לא השתמשה קודם לכן בזרחן לבן ברצועת עזה, ובתחילה הכחישה כי השתמשה בו במבצע "עופרת יצוקה".
חיילים ישראלים ירו והרגו באורח בלתי חוקי לפחות 11 אזרחים פלשתינאים, כולל חמש נשים וארבעה ילדים, שהיו בקבוצות שהניפו דגלים לבנים כדי לסמן שהינם אזרחים.
על-פי ארגונים לא ממשלתיים לזכויות האדם, מטוסים ישראליים ללא טייס (מל"טים) שיגרו טילים שהרגו 87 אזרחים ברצועת עזה (הנתון אינו כולל שוטרים). על הקורבנות נמנו ילדים ששיחקו על גגות בתים וסטודנטים שהמתינו לאוטובוס באזורים שבהם לא היו שום ראיות לפעילות צבאית. לרשות מפעילי המל"טים עומדים הזמן והאמצעים הטכניים הנחוצים כדי לראות בבירור את המטרות שלהם על הקרקע.
בכמה אזורים ברצועת עזה הרס צה"ל מבנים אזרחיים או גרם להם נזק, ובכלל זה טחנת קמח, מפעלים לייצור מזון, בתי חרושת למלט וחממות - ללא צורך צבאי כנדרש על-פי המשפט הבינלאומי. על-פי נתוני האו"ם, נהרסו או ניזוקו מידי הכוחות הישראליים בסה"כ 14 אלף בתי מגורים, כ-60 מתקני בריאות, 68 בנייני ממשלה ו-31 משרדים של ארגונים לא ממשלתיים.
לכל אורך העימות אסרו הרשויות הישראליות על כניסת עיתונאים ופקחי זכויות האדם לרצועת עזה, והטילו הגבלות על פעולות מחאה לא אלימות נגד המלחמה. רשויות ממשלת ישראל פעלו להפסקת מימונו של ארגון "שוברים שתיקה", קבוצה של חיילים משוחררים שפרסמה את עדויותיהם של 26 חיילים ישראלים שהשתתפו במבצע "עופרת יצוקה",לקחו חלק בהפרות שבוצעו במהלכו ומתחו עליהן ביקורת.
בחודש אפריל פרסם צה"ל את ממצאיהם של חמישה תחקירים פנימיים בנוגע לפעולותיו ברצועת עזה. בממצאי התחקירים נקבע כי צה"ל "פעל בהתאם לכללי המשפט הבינלאומי" וכי במהלך המבצע אירעו "מספר לא גדול של טעויות ושגיאות מודיעיניות או מבצעיות". בחודש יולי פרסם משרד החוץ הישראלי דו"ח שחזר על טענות אלה והאשים את חמאס בשימוש באזרחים כמגנים אנושיים. בחודש נובמבר דיווח משרד החוץ כי צה"ל פתח בחקירה לגבי 128 תקריות. נתון זה כולל תחקירים מבצעיים שנערכו בתוך יחידות צבאיות בידי בעלי תפקידים בשרשרת הפיקוד, שממצאיהם אינם יכולים לשמש כראיות לביצוע עבירות פליליות ו-27 חקירות פליליות בידי המשטרה הצבאית. נכון לחודש נובמבר העמידו הרשויות הישראליות לדין רק חייל אחד שהיה מעורב במלחמה בעזה, וזאת על עבירה של גניבת כרטיס אשראי.
ועדת הבדיקה שמינה מזכ"ל האו"ם לבחינת האירועים שבהם נפגעו רכוש ואנשי סגל של האו"ם במהלך המלחמה הגיעה בחודש מאי למסקנה כי "ממשלת ישראל הייתה אחראית למקרי המוות והפציעה... ולנזק הפיזי" בשבעה מתוך תשעה מקרים שנבחנו; במקרה נוסף, גרמה רקטה פלשתינית נזק למחסן (ועדת הבדיקה לא הצליחה לקבוע מי היה הגורם האחראי למקרה התשיעי). הוועדה לבדיקת העובדות בנוגע לעימות ברצועת עזה, שהוקמה על-ידי מועצת זכויות האדם של האו"ם בראשותו של השופט ריצ'רד גולדסטון, קבעה בדו"ח שפרסמה בחודש ספטמבר כי שני הצדדים לעימות ביצעו פשעי מלחמה וייתכן שאף פשעים נגד האנושות. ישראל סירבה לשתף פעולה עם הוועדה.
המצור
המצור המקיף שישראל מטילה על רצועת עזה מאז חודש יוני 2007 נמשך, ונמשכו גם השלכותיו ההומניטאריות והכלכליות הקשות על האוכלוסייה האזרחית, בייחוד במהלך המלחמה. מאות אלפי אנשים נותרו ללא חשמל, מים זורמים, גז לבישול, דלק ומוצרים אחרים במשך שבועות רצופים; ביוב גולמי הציף רחובות מסוימים בערים; בבתי החולים שררו צפיפות יתר ומחסור בתרופות חיוניות, ולעתים מזומנות לא התאפשר לפצועים להגיע אליהם.
נכון לחודש ספטמבר נותרו כ-20 אלף בני אדם מחוסרי בית וכ-10 אלף נותרו ללא מים זורמים. המוצרים שישראל אוסרת להכניס לרצועה כוללים חומרי בניין לשיקום, גרגירי חומוס, תמרים, פסטה, מערכת לטיהור מים, ו-120 מטעני משאיות של ציוד ללימודים בבית הספר. הייצוא היחיד שישראל התירה כלל כמה משלוחים של פרחי ציפורן.
גורמים ישראלים רשמיים הצהירו כי המצור לא יוסר עד שחמאס ישחרר את גלעד שליט. המצור, שמצרים תומכת בו בגבולה עם הרצועה ברפיח, מהווה צורה של ענישה קולקטיבית המוחלת על מיליון וחצי האזרחים החיים ברצועה תוך הפרה של המשפט הבינלאומי. ישראל היא ספקית החשמל העיקרית של הרצועה ומקור הדלק היחיד שלה. ישראל אינה מאפשרת אספקת דלק לרצועה ממקורות אחרים. לפיכך, ההגבלות שהיא מטילה על אספקתם פוגעות בתחבורה כמו-גם בשאיבת המים, בטיפול בביוב ובהפעלת מתקני התברואה.
בחודש ספטמבר ניתק משרד מתאם פעולות הממשלה בשטחים, יחידה במשרד הביטחון הישראלי, את קשריו עם ארגונים ישראליים לזכויות האדם המטפלים בבקשות פרטניות להיתרי יציאה מרצועת עזה. ניתוק הקשרים חל גם במצבי חירום הומניטאריים. לתושבי הרצועה אין כל גישה ישירה לרשויות הצבא הישראליות.
הגדה המערבית
הרשות הפלשתינית
שלושה גברים, כולם על-פי דיווחים תומכי חמאס, מתו במשמורת שירותי הביטחון של הרשות הפלשתינית בגדה המערבית. רק במקרה אחד הועמדו חשודים לדין: מותו של היית'ם עמרו שעל גופתו ניכרו סימני עינויים לאחר שנעצר בחודש יוני בחברון בידי שירות הביטחון הכללי של הרשות הפלשתינית (בחודש נובמבר עדיין התנהל משפטם של גורמים רשמיים שלכאורה היו מעורבים במקרה). נכון לחודש אוקטובר, המועצה העצמאית לזכויות האדם, שהנה גוף פלשתיני, קיבלה לידיה 150 תלונות על עינויים במשמורת הרשות הפלשתינית בגדה המערבית.
הריסת בתים ופינוי
נכון לסוף חודש אוקטובר הרסו הרשויות הישראליות 103 מבני מגורים בגדה המערבית (כולל מזרח ירושלים) והותירו 581 בני אדם ללא קורת גג. ישראל הצדיקה את פעולות ההריסה בטענה שהמבנים הוקמו ללא רישיון. בפועל, פלשתינאים כמעט שאינם יכולים להשיג רישיונות בנייה. באחד המקרים, בחודש יוני, הרסו הרשויות הישראליות בתי מגורים ומכלאות לבעלי חיים השייכים ל-18 משפחות רועים בצפון בקעת הירדן. פעולה זו, אשר בוצעה חמישה ימים לאחר שישראל הורתה למשפחות להתפנות ממקום מגוריהם שנמצא, לטענת הרשויות, בתוך "שטח צבאי סגור", הותירה כ-130 בני אדם ללא קורת גג. כמה מהמשפחות שבתיהן נהרסו גרו במקום זה לפחות מאז שנות החמישים.
בחודש אוגוסט פינתה משטרת ישראל בכוח 53 פלשתינאים, ובהם 20 ילדים, מבתיהם שבשכונת שיח' ג'ראח במזרח ירושלים, בעקבות פסיקת בית המשפט. מיד לאחר מכן עברו לגור בבתים אלה מתנחלים ישראלים.
ישראל המשיכה ליישם את מדיניות הריסת בתי משפחותיהם של לוחמים פלשתינאים שלקחו חלק בפעולות טרור. זאת, לאחר שבג"ץ אישר את המדיניות על-יסוד הגדרתה כאמצעי הרתעה מפני התקפות עתידיות, אף כי לא נטען שבני המשפחה היו מעורבים בפעילות לחימה.
במהלך המחצית הראשונה של שנת 2009 השלימה ישראל את הקמתן של 881 יחידות מגורים והתחילה בבנייתן של 666 יחידות מגורים חדשות בהתנחלויות בלתי חוקיות בגדה המערבית. על-פי נתוני "שלום עכשיו", נכון לחודש יולי, לפחות 96 מבנים חדשים הוקמו בהתנחלויות לא-מאושרות המכונות "מאחזים", ונכון לחודש ספטמבר, הרשויות הישראליות אישרו את הקמתן של 455 יחידות דיור חדשות.
חופש התנועה
ישראל המשיכה להטיל הגבלות רבות על תנועת פלשתינאים בגדה המערבית. בחודש ספטמבר הודיעו הרשויות הישראליות כי בקרוב יוסרו 100 חסימות (הכוללות מחסומים מאוישים, סוללות עפר וקוביות בטון). אם אמנם יוסרו החסימות שהוזכרו, ייוותרו על כנן 519 חסימות.
ישראל המשיכה לבנות את חומת ההפרדה או מכשול ההפרדה. מטרתו המוצהרת של הפרויקט הייתה לספק הגנה מפני פיגועי התאבדות, אך במקום שהתוואי ייסלל לאורך הקו הירוק המפריד בין הגדה המערבית לבין ישראל, כ-87% מתוכו נסללו על אדמות המצויות בתוך הגדה המערבית. הפקעתה של קרקע פרטית הביאה בין השאר לידי כך שחקלאים ורועי צאן מופרדים מאדמותיהם. בין החודשים מאי ואוגוסט 2009 דיווח האו"ם על כך שכוחות הביטחון הישראליים פצעו 94 פלשתינאים בהפגנות נגד המכשול.
בחודש מארס החליט בג"ץ להותיר על כנו איסור יציאה שהוטל על שהוואן ג'בארין, מנכ"ל ארגון "אל-חק" לזכויות האדם בגדה המערבית. בעקבות זאת, נמנע מג'בארין לצאת להולנד כדי לקבל פרס שהוענק לארגונו עבור פעילות בתחום זכויות האדם. הרשויות הישראליות הציגו ראיות חסויות, שג'בארין ועורך דינו לא הורשו לעיין בהן, ואשר לכאורה הוכיחו כי הוא חבר פעיל בחזית העממית לשחרור פלשתין. יחד עם זאת, הרשויות הישראליות לא העמידו את ג'בארין לדין על כל פשע שהוא.
בחודש אוגוסט התחילו הרשויות הישראליות להגביל את תנועתם של אזרחים זרים מסוימים שיש להם קשרי משפחה, עבודה, עסקים או לימודים אקדמיים בגדה המערבית ואשר נכנסו לגדה דרך ירדן, והותירו להם לשהות רק באזורי הגדה המערבית הנשלטים על-ידי הרשות הפלשתינית. בכך, מנעה ישראל מאזרחים זרים אלה גישה לשטחה וכן למזרח ירושלים ול"אזורי C" שבגדה המערבית.
מעצר שרירותי
בעוד בתי המשפט האזרחיים של ישראל מגדירים ישראלים מתחת לגיל 18 כילדים, בתי המשפט הצבאיים של ישראל ממשיכים להתייחס לפלשתינאים מעל גיל 16 כ"בגירים" ושופטים אותם על-פי גילם בזמן המשפט ולא על-פי גילם ביום ביצוע העברה. הארגון הלא ממשלתי " Defense for Children International " דיווח על מקרים רבים שבהם הרשויות הישראליות התעללו בילדים במשמורת כדי לאלץ אותם לחתום על כתבי הודאה בשפה העברית שכלל אינם מבינים.
בחודש יולי הקים צה"ל בית דין נפרד שידון בעבירות שביצעו ילדים פלשתינאים מהגדה המערבית. בעבר העמיד צה"ל לדין ילדים פלשתינאים ובגירים פלשתינאים באותה מערכת משפט.
נכון לחודש נובמבר ישראל מחזיקה 335 פלשתינאים במעצר מנהלי מכוח צו צבאי מס' 1591 משנת 2007, המתיר לעצור בני אדם ללא משפט לתקופות של עד שישה חודשים שניתן לחדשן שוב ושוב ללא הגבלה.
גירוש של מבקשי מקלט
ישראל המשיכה ליישם את מדיניות "ההחזרה החמה" שלה, נוהל שאומץ בשנת 2007. במסגרת מדיניות זו, כוחות צה"ל מחזירים בכפייה למצרים מהגרים שנכנסו לשטח ישראל ללא היתר דרך סיני בתוך 72 שעות שבמהלכן הם מוחזקים במעצר מבלי שתינתן להם הזדמנות נאותה להגיש בקשות למקלט מדיני. מתחילת השנה ועד ה-12 בספטמבר החזירה ישראל בכפייה 217 מהגרים למצרים. נכון לחודש נובמבר, אנשי משטרת הגבולות המצרית הרגו לפחות 16 מהגרים ליד הגבול עם ישראל בסיני.
גורמי מפתח בינלאומיים
ישראל היא המדינה הזוכה לסיוע הנרחב ביותר מארה"ב: סיוע צבאי בשווי של 2.7 מיליארד דולר בשנת 2009 ללא תנאים הקשורים בזכויות האדם. ממשל אובמה הפציר בישראל להפסיק כל בנייה חדשה בהתנחלויות, אך לאחר מכן אימץ והגדיר כ"התקדמות" הקפאה זמנית של התחלות הבנייה שלא כללה תכניות קיימות או בנייה במזרח ירושלים. ארה"ב המשיכה לאמן ולצייד כוחות ביטחון פלשתינאים.
תכנית הפעולה הנוכחית של האיחוד האירופי וישראל מזכירה רק במעומעם נושאים הקשורים בזכויות האדם, וזאת בניגוד לתכניות דומות בין האיחוד האירופי לבין מדינות אחרות באזור. בעקבות מבצע "עופרת יצוקה" הקפיא האיחוד האירופי באופן לא רשמי את שדרוג היחסים עם ישראל.
לאחר המלחמה ברצועת עזה התחייבו תורמים בינלאומיים להשקיע 4.4 מיליארד דולר בסיוע לשיקום. למרות זאת, בשל ההגבלות שישראל מטילה על יבוא, אונר"א ציינה בחודש אוגוסט כי "אפילו אגורה שחוקה של סיוע לא הגיעה לרצועת עזה".
הן מועצת זכויות האדם של האו"ם והן העצרת הכללית קיבלו החלטות המאמצות את דו"ח הוועדה לבדיקת העובדות של האו"ם בנוגע לעימות ברצועת עזה וקראו להקמת מנגנון שיפקח על הצעדים שישראל וחמאס ינקטו כדי לחקור הפרות קשות של דיני המלחמה, ובכלל זה פשעי מלחמה, שבוצעו בידי כל אחד מהצדדים.