Der UN-Hochkommissar für Flüchtlinge übte im April scharfe Kritik an der Asylpolitik und der Unterbringung von Flüchtlingen in Griechenland und empfahl anderen EU-Staaten, Asylsuchende nicht nach Griechenland abzuschieben. Er widersprach damit einer EU-Richtlinie, nach der Asylanträge im Ankunftsland der EU geprüft werden und Aufnahmebedingungen und Asylverfahren einheitliche Standards erfüllen. Der Hochkommissar beklagte, dass Asylbewerber in Griechenland „häufig grundlegende Rechtsansprüche [verwehrt werden], etwa auf einen Übersetzer und auf einen Rechtsbeistand, die sicherstellen, dass die Asylanträge von den Behörden angemessen geprüft werden können". Im Jahr 2007 wurden in Griechenland nur 1,2 Prozent der Asylanträge in erster Instanz anerkannt.
Die griechische Polizei verhaftet systematisch Einwanderer, vor allem Iraker, auf ihrem Hoheitsgebiet und hält sie tagelang ohne die rechtlich erforderliche Registrierung fest. In Einzelfällen wurden Immigranten geschlagen oder auf andere Weise misshandelt. Regelmäßig werden heimliche Zwangsabschiebungen in die Türkei durchgeführt, bei denen die Schutzbedürftigkeit der Betroffenen nicht geprüft wird.
Im vergangenen Jahr kamen etwa 1.000 unbegleitete minderjährige Migranten nach Griechenland, der Großteil von ihnen aus Afghanistan. In zahlreichen Fällen wurden Flüchtlingskinder von der griechischen Küstenwache, Polizei und Hafenpolizei bei der Festnahme oder in Haft geschlagen und getreten. Minderjährige werden häufig zusammen mit Erwachsenen inhaftiert. Die meisten der Kinder erhalten kein Asyl, besitzen keinen Rechtsstatus und sind ständig in Gefahr, abgeschoben zu werden. Häufig leben die schutzbedürftigen Kinder nicht in Betreuungseinrichtungen und müssen unter gefährlichen und ausbeuterischen Bedingungen arbeiten. Besonders Mädchen sind außerdem gefährdet, in die Hände von Menschenhändlern zu geraten.