תחת הכותרת "מערכת פוגענית: תחלואי המשפט הפלילי בעזה" מתועדות לאורך 34 עמודי הדו"ח הפרות נרחבות שביצעו מנגנוני הביטחון של חמאס, ובכלל זה מקרים של מעצר ללא צו, אי-יידוע המשפחות מיד לאחר מעצר קרוביהן על מקום כליאתם ועינוי עצירים. בדו"ח אף מתועדים מקרים של הפרת זכויות עצירים בידי התביעה ובתי המשפט. לעתים קרובות מועמדים אזרחים לדין בפני בתי משפט צבאיים, והדבר מפר את כללי המשפט הבינלאומי. מהמחקר שערך ארגון Human Rights Watch עולה כי תובעים מונעים לא פעם מעצירים להיפגש עם עורך דין, וכי בתי המשפט אינם שומרים על זכויות ההליך ההוגן של העצירים במקרים של מעצר ללא צו ושל התעללות בחקירה.